게놈 온라인 데이터베이스
Genomes OnLine DatabaseGenome Online Database(GOLD)는 게놈 및 메타게놈 염기서열 프로젝트 및 관련 메타데이터에 관한 포괄적인 정보를 전 세계 웹 기반 리소스다.[1]2011년부터 GOLD 데이터베이스는 DOE 공동 게놈 연구소에 의해 운영되고 있다.
GOLD 데이터베이스는 1997년에 만들어졌는데, 첫 번째 데이터베이스 버전은 350개의 시퀀싱 프로젝트에 대한 정보를 포함하고 있었고, 그 중 48개는 분석이 발표되면서 완전히 서열화되었다.[1]
GOLD v.5는 2014년 5월 28일에 출시되었다.GOLD 데이터베이스에는 2015년[update] 8월 5일 현재 67,879건의 게놈 염기서열 프로젝트에 대한 정보가 수록되어 있으며 이 중 7,210건이 완료되었다.[2]
GOLD의 정보와 다른 데이터베이스(예: GenBank와 EMBL)의 정보 간 비교 분석을 용이하게 하기 위해 Genomic Standards Consortium에서 권장하는 최소 정보 표준 메타데이터 사양, 특히 Genomic Standards Consortium에서 권장하는 MIxS(모든 (x) 시퀀스에 대한 최소 정보) 사양을 지원한다.[2]GOLD는 또한 DOE JGI 통합 미생물 게놈 시스템을 사용하여 게놈이나 메타게놈의 주석을 허용하고, 게놈과학의 바이오메드 중앙 저널 표준에 연계가 있어 (메타)게놈 데이터를 공표할 수 있다.[2][3]
참고 항목
참조
- ^ a b Kyrpides NC (September 1999). "Genomes OnLine Database (GOLD 1.0): a monitor of complete and ongoing genome projects world-wide". Bioinformatics. 15 (9): 773–4. doi:10.1093/bioinformatics/15.9.773. PMID 10498782.
- ^ a b c Reddy, T. B. K.; Thomas, A. D.; Stamatis, D.; Bertsch, J.; Isbandi, M.; Jansson, J.; Mallajosyula, J.; Pagani, I.; Lobos, E. A.; Kyrpides, N. C. (27 October 2014). "The Genomes OnLine Database (GOLD) v.5: a metadata management system based on a four level (meta)genome project classification". Nucleic Acids Research. 43 (D1): D1099–D1106. doi:10.1093/nar/gku950. PMC 4384021. PMID 25348402.
- ^ "JGI GOLD - Home". Retrieved 5 August 2015.
