폴딩@홈 코어 목록
List of Folding@home cores분산 컴퓨팅 프로젝트 폴딩@home은 "코끼리" 또는 "파우코끼리"로 불리는 과학적인 컴퓨터 프로그램을 사용하여 계산을 수행한다.[1][2] 폴딩@home의 코어는 팅커, 그로맥스, 엠버, CPMD, 샤펜, 프로토몰, 데스몬드 등 계산을 위한 분자 시뮬레이션 프로그램의 수정 및 최적화 버전을 기반으로 한다.[1][3][4] 이러한 변형은 각각 임의 식별자(Core xx)가 주어진다. 클라이언트의 다양한 버전에서 동일한 코어를 사용할 수 있지만, 코어를 클라이언트에서 분리하면 클라이언트 업데이트 없이 필요에 따라 과학적인 방법이 자동으로 업데이트될 수 있다.[1]
활성 코어
아래 나열된 코어는 현재 프로젝트에서 사용되고 있다.[1]
그로맥스
- 코어 a7
- Windows, Linux 및 MacOS에서 사용 가능한 경우, 상당한 속도 향상을 위해 Advanced Vector Extensions를 사용하십시오. [5]
- 코어 a8
- Windows, Linux, MacOS 및 ARM에 사용 가능하며 Gromacs 2020.5
GPU
Graphics Processing Unit의 코어는 분자역학을 수행하기 위해 현대 비디오 카드의 그래픽 칩을 사용한다. GPU 그로맥스 코어는 진정한 그로맥스 항이 아니라 GPU 기능을 위해 Gromacs의 핵심 요소들을 취하여 강화하였다.[7]
GPU3
이들은 3세대 GPU 코어로, 분자 시뮬레이션을 위한 판데그룹 자체 오픈 라이브러리인 오픈MM을 기반으로 한다. GPU2 코드를 기반으로 하지만 안정성과 새로운 기능을 추가한다.[8]
- 코어 22
- v0.0.18 가능한 경우 OpenCL 및 CUDA를 사용하는 AMD 및 NVIDIA GPU에 대해 윈도우즈 및 Linux에서 사용 가능. OpenMM 7.4.2를 사용한다.
- v0.0.20 가능한 경우 OpenCL 및 CUDA를 사용하는 AMD 및 NVIDIA GPU에 대해 윈도우즈 및 Linux에서 사용 가능. 성능 향상과 많은 새로운 과학 기능을 제공하는 OpenMM 7.7.0을 사용한다.
비활성 코어
이들 코어는 노후화돼 폐기되거나 아직 일반 출시 준비가 되지 않아 현재 프로젝트에서 사용하지 않고 있다.[1]
팅커
TINKER는 분자역학 및 분자역학을 위한 완전하고 일반적인 패키지와 함께 분자역학 시뮬레이션을 위한 컴퓨터 소프트웨어 애플리케이션으로, 바이오폴리머를 위한 몇 가지 특수 기능이 있다.[11]
- 팅커 코어(코어 65)
- 최적화되지 않은 단일 프로세서 코어로서, 이는 황색 코어와 그로맥 코어가 동일한 작업을 훨씬 더 빨리 수행함에 따라 공식적으로 폐기되었다. 이 코어는 Windows, Linux, Mac에서 사용할 수 있었다.[12]
그로맥스
- GroGPU(핵심 10)
- Gro-SMP(핵심 a1)
- GroCVS(핵심 a2)
- 그로PS3
- 그로맥스(Core 78)
- 그로맥스 33(핵심 a0)
- 그로맥스 SREM(코어 80)
- 그로심T(코어81)
- DGromacs (Core 79)
- DGromacsB(Core 7b)
- DGromaccC(Core 7c)
- Core 79와 매우 유사하며, Windows, Linux 및 MacOS 단일 프로세서 클라이언트용으로 2008년 4월에 처음 출시되었다.[30]
- GB 그로맥스(Core 7a)
- GB 그로맥스(핵심 a4)
- SMP2(핵심 a3)
- SMP2 bigadv(핵심 a5)
- SMP2 bigadv(핵심 a6)
- a5 코어의 최신 버전.
CPMD
Car-Parrinello Molecular Dynamics의 줄임말로 이 코어는 아비니티오 양자역학 분자역학을 수행한다. 힘장 접근법을 사용하는 고전적인 분자역학 계산과는 달리, CPMD는 에너지, 힘 및 운동 계산에 전자의 운동을 포함한다.[39][40] 양자 화학적 계산은 매우 신뢰할 수 있는 잠재적 에너지 표면을 산출할 가능성이 있으며, 자연적으로 다체 상호작용을 통합할 수 있다.[40]
- QMD(Core 96)
샤펜
- 샤펜 코어[43][44]
- 2010년 초 Vijay Pande는 "우리는 당분간 샤펜을 보류했다. ETA는 줄 수 없어, 미안해. 그것을 더 밀어붙이는 것은 당시의 과학적인 요구에 많이 달려 있다."[45] 이 코어는 클라이언트로 전송되는 각 작업 패킷에 둘 이상의 "작업 단위"(정상 정의 사용)가 있다는 점에서 표준 F@H 코어에 다른 형식을 사용한다.
데스몬드
이 코어의 소프트웨어는 D. E. Shaw Research에서 개발되었다. 데스몬드는 기존 컴퓨터 클러스터에서 생물학적 시스템의 고속 분자 역학 시뮬레이션을 수행한다.[46][47][48][49] 코드는 새로운 병렬 알고리즘과[50] 숫자 기술을 사용하여[51] 다수의 프로세서를 포함하는 플랫폼에서 높은 성능을 달성하지만,[52] 단일 컴퓨터에서도 실행될 수 있다. 데스몬드와 그 소스 코드는 대학과 기타 비영리 연구기관에서 비상업적으로 사용할 수 있도록 비용 없이 이용할 수 있다.
호박
에너지 정제 기능을 갖춘 어시스턴스 모델 빌딩의 줄임말인 앰버는 분자 역학을 위한 힘 분야와 이러한 힘 분야를 시뮬레이션하는 소프트웨어 패키지의 이름이다.[54] 엠버(AMBER)는 원래 피터 콜먼(Peter Kollman)이 샌프란시스코 캘리포니아대학에서 개발했으며, 현재 여러 대학의 교수들에 의해 유지되고 있다.[55] 이중정밀형 앰버 코어는 현재 SSE나 SSE2로 최적화되어 있지 않지만 앰버는 팅커 코어보다 속도가 현저히 빠르며 그로맥스 코어를 사용해 수행할 수 없는 일부 기능을 추가했다.[56][57][57]
- PMD(Core 82)
- Windows 및 Linux 유니프로세서 클라이언트 전용.[56]
프로토몰
프로토몰(ProtoMol)은 객체 지향적이고, 구성요소 기반이며, 분자역학(MD) 시뮬레이션을 위한 프레임워크다. 프로토몰은 높은 유연성, 손쉬운 확장성과 유지보수를 제공하며 병렬화를 포함한 고성능 요구를 제공한다.[58] 2009년에 판데 그룹은 Normal Mode Langevin Dynamics라고 불리는 보완적인 새로운 기법을 연구하고 있었는데, 이 기법은 동일한 정확도를 유지하면서 시뮬레이션 속도를 크게 높일 수 있었다.[8][59]
- 프로토몰 코어(코어 b4)
- Linux x86/64 및 x86 Windows에서 사용 가능.[60]
GPU
GPU2
이들은 2세대 GPU 코어다. 은퇴한 GPU1 코어와 달리 이러한 변형은 ATI CAL 지원 2xx/3xx 이상 시리즈와 NVIDIA CUDA 지원 NVIDIA 8xx 이상 시리즈 GPU를 위한 것이다.[61]
GPU3
이들은 3세대 GPU 코어로, 분자 시뮬레이션을 위한 판데그룹 자체 오픈 라이브러리인 오픈MM을 기반으로 한다. GPU2 코드를 기반으로 하지만 안정성과 새로운 기능을 추가한다.[8]
- GPU3(핵심 15)
- x86 Windows에서만 사용 가능.[64]
- GPU3(핵심 16)
- GPU3(핵심 17)
- OpenCL을 사용하는 AMD 및 NVIDIA GPU용 Windows 및 Linux에서 사용 가능. OpenMM 5.1로[65] 훨씬 향상된 성능
- GPU3(핵심 18)
- GPU3(핵심 21)
- OpenCL을 사용하는 AMD 및 NVIDIA GPU용 Windows 및 Linux에서 사용 가능. OpenMM 6.2를 사용하며 Core 18 AMD/NVIDIA 성능 문제를 해결한다. [69]
참조
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