넷패스

NetPath
넷패스
A screenshot of the homepage of NetPath.
내용
묘사큐레이티드 신호 전달 경로.
연락
실험실.생물정보학연구소
주요 인용문Kandasamy & al. (2010)[1]
발매일2010
접근
웹 사이트http://www.netpath.org

NetPath는[1] 인간 신호 전달 경로의 수동 큐레이션된 리소스입니다.존스홉킨스 대학의 판디랩과 인도 [2]방갈로르 생물정보학 연구소(IOB)의 공동 연구로, 다른 관계자에 의해서도 연구되고 있다.

NetPath는 면역 시스템 조절에 주요 역할을 하는 10개의 경로와 암 조절과 관련된 10개의 경로를 포함하여 45개의 신호 경로를 호스트한다.

개요

45가지 경로는 단백질-단백질 상호작용, 사후 번역수정(PTM)을 가져오는 효소-단백질 기질 반응 및 특정 리간드 매개 수용체 경로의 활성화에 따라 차등 조절되는 유전자 카탈로그를 포함한다.리간드-수용체 매개 경로의 하류에 발생하는 PTM 또는 특정 단백질-단백질 상호작용으로 인해 다른 세포 조직에 국재하는 분자는 전위 이벤트 하에서 사용할 수 있다.최근 NetPath는 면역 신호 경로의 맥락에서 유전자의 전사 조절에 관여하는 분자를 큐레이션하기도 했다.NetPath의 반응은 발표된 연구 기사에서 이용할 수 있는 실험 증거로부터 PhD 수준의 과학자들에 의해 큐레이션된다.NetPath는 또한 PTM에 대한 정보, 다양한 시그널링 반응에 대한 PTM의 의존성, 아세포 위치, 단백질 상호작용 도메인 또는 모티브 및 반응을 증명하는 세포 유형 또는 세포주에 대한 텍스트 설명을 포함합니다.NetPath의 정보는 해당 연구 기사에 링크되어 있으며 자주 업데이트됩니다.각 경로는 경로 전문가와 당국에 의해 서로 다른 수준의 내부 품질 점검과 안전 점검의 대상이 된다.

발전

NetPath는 경로 [3]리소스에 주석을 달고 개발하기 위한 오픈 소스 소프트웨어 애플리케이션인 PathBuilder를 사용하여 개발되었습니다.PathBuilder는 수동 또는 자동 방법을 통해 단백질-단백질 상호작용, 효소-기질 관계 및 단백질 전위 이벤트를 포함한 분자 이벤트의 주석을 가능하게 합니다.PathBuilder의 기능에는 데이터 형식의 자동 검증, 경로 시각화를 위한 내장 모듈, 다른 경로 리소스로부터의 데이터 자동 Import, 몇 가지 표준 데이터 교환 형식으로 데이터 내보내기 및 경로 데이터셋을 검색하기 위한 애플리케이션 프로그래밍 인터페이스가 포함됩니다.

데이터 가용성

45가지 경로 모두 BioPAX, PSI-MI 및 SBML 형식으로 무료로 다운로드할 수 있습니다.BioPAX는 경로 데이터 교환을 위한 새로운 표준이다.이러한 경로는 저자에게 적절한 공로를 제공할 경우 경로를 사용할 수 있다고 규정한 적응형 크리에이티브 커먼즈 라이센스 2.5에 따라 제공됩니다.

면역 신호 경로

다음의 면역 시그널링 패스는, Netpath 에 의해서 호스트 됩니다.

  • B세포수용체경로[4]
  • T세포수용체경로[5]
  • 인터류킨-1 경로[6]
  • 인터류킨-2 경로[7]
  • 인터류킨-3 경로[8]
  • 인터류킨-4 경로[9]
  • 인터류킨-5 경로[10]
  • 인터류킨-6 경로[11]
  • 인터류킨-7 경로[12]
  • 인터류킨-9 경로[13]

암 신호 경로

암 신호 경로는 "암 세포 지도"를 위해 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center의 Computational Biology Center와 토론토 대학의 Bader Lab과 공동으로 개발되었다.다음의 암 시그널링 패스는 Netpath에 의해서 호스트 됩니다.

  • 표피성장인자수용체경로[14]
  • 성장인자 베타 수용체[15] 경로 변환
  • 종양괴사인자α경로[16]
  • 알파6 베타4 인테그린[17] 경로
  • DNA결합경로억제제[18]
  • 고슴도치[19] 경로
  • 노치[20] 패스
  • Wnt[21] 경로
  • 안드로겐수용체경로[22]
  • 키트수용체경로[23]

현재 통계

큐레이티드 패스 45
관련된 분자 1,053
물리적 상호작용 2,448
전사적으로 조절된 유전자 7,401
운송 284
효소 촉매 작용 1,597
PubMed 인용문 2,228

커뮤니티 참여 프로그램

지역 사회 참여 프로그램은 인도의 다양한 대학에서 경로 반응 큐레이션에 대한 교육을 목적으로 한다.이는 인도 방갈로르 생물정보학 연구소가 주도하고 존스홉킨스 대학(미국)의 Akhilesh Pandey 연구소와 캐나다 토론토 대학의 Gary Bader 연구소가 적극적으로 참여한 공동 프로그램이다.현재 폰디체리 대학, 푸네 대학, 마이소르 대학 등 인도 3개 주요 대학의 학생들이 이 지역사회의 노력에 참여하고 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ a b Kandasamy, Kumaran; Mohan, Sujatha; Raju, Rajesh; Keerthikumar, Shivakumar; Kumar, Ghantasala S Sameer; Venugopal, Abhilash K; Telikicherla, Deepthi; Navarro, Daniel J; Mathivanan, Suresh (2010). "NetPath: a public resource of curated signal transduction pathways". Genome Biology. 11 (1): R3. doi:10.1186/gb-2010-11-1-r3. PMC 2847715. PMID 20067622.
  2. ^ Akhilesh Pandey 박사의 연구실
  3. ^ Kandasamy, K.; Keerthikumar, S.; Raju, R.; Keshava Prasad, T. S.; Ramachandra, Y. L.; Mohan, S.; Pandey, A. (2009). "PathBuilder--open source software for annotating and developing pathway resources". Bioinformatics. 25 (21): 2860–2. doi:10.1093/bioinformatics/btp453. PMC 2781757. PMID 19628504.
  4. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  5. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  6. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  7. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  8. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  9. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  10. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  11. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  12. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  13. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  14. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  15. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  16. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  17. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  18. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  19. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  20. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  21. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  22. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".
  23. ^ "NetPath - Signal Transduction Pathways".

외부 링크