덴드로그램
Dendrogram |
노드 높이에 따른 계층 클러스터링(UPGMA) 덴드로그램(세균 5S rRNA 시퀀스[1] 데이터에서 적용됨).
스펀지 [2]종의 유무를 이용한 해양 지방의 계층적 군집화를 위한 덴드로그램 출력.
왼쪽 및 위쪽 여백에 두 개의 덴드로그램이 표시된 RNA-Seq 데이터의 열 지도.
덴드로그램은 트리를 나타내는 다이어그램입니다.이 그림은 다양한 컨텍스트에서 자주 사용됩니다.
- 계층적 군집 분석에서는 해당 [4]분석에 의해 생성된 군집의 배치를 보여 줍니다.
- 컴퓨터 생물학에서, 그것은 유전자나 샘플의 군집을 보여주며, 때로는 열 [5]지도의 가장자리에 있다.
- 계통학에서, 그것은 다양한 생물학적 분류군 사이의 진화적 관계를 보여준다.이 경우 덴드로그램은 [6]계통수라고도 불린다.
덴드로그램이라는 이름은 "나무"를 뜻하는 고대 그리스어 wordsδνννννν(덴드론)과 "그림, 수학적 수치"[7][8]를 뜻하는 ρμμα(그라마)에서 유래했다.
클러스터링 예시
예를 들어, 5개의 분류군(\a a e이 UPGMA에 의해 유전적 거리 매트릭스에 기초하여 클러스터화되었다고 가정합니다.계층적 클러스터링 덴드로그램은 초기 데이터(여기서는 개별 분류군)를 나타내는 5개 노드의 열을 나타내고 나머지 노드는 거리(차이성)를 나타내는 화살표로 데이터가 속한 클러스터를 나타낸다.병합된 클러스터 간의 거리는 병합 수준에 따라 증가하는 단조입니다. 그림에서 각 노드의 높이는 두 딸 사이의 그룹 간 차이 값에 비례합니다(오른쪽 노드는 모두 0 높이로 표시된 개별 관측치를 나타냅니다).
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
인용문
- ^ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Phylogenetic inference". In Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Molecular Systematics, 2nd edition. Sunderland, MA: Sinauer. pp. 407–514. ISBN 9780878932825.
- ^ Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J (2012). "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS ONE. 7 (4): e35105. Bibcode:2012PLoSO...735105V. doi:10.1371/journal.pone.0035105. PMC 3338747. PMID 22558119.
- ^ Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya" (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- ^ Everitt, Brian (1998). Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. p. 96. ISBN 0-521-59346-8.
- ^ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (May 2009). "The History of the Cluster Heat Map". The American Statistician. 63 (2): 179–184. doi:10.1198/tas.2009.0033. S2CID 122792460.
- ^ "Phylogenetic tree (biology)". Encyclopedia Britannica. Retrieved 2018-10-22.
- ^ Bailly, Anatole (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC 461974285.
- ^ Bailly, Anatole. "Greek-french dictionary online". www.tabularium.be. Retrieved October 20, 2018.
원천
- Galili, T. (2015). "dendextend: an R package for visualizing, adjusting and comparing trees of hierarchical clustering". Bioinformatics. 31 (22): 3718–3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. PMC 4817050. PMID 26209431.
