AMAP
AMAP| 개발자 | Ariel Schwartz(UC Berkeley), Lior Pachter(UC Berkeley) |
|---|---|
| 안정된 릴리스 | 2.0 |
| 운영 체제 | UNIX, Linux, Mac |
| 유형 | 바이오 인포매틱스 툴 |
| 라이선스 | 오픈 소스 |
| 웹 사이트 | AMAP 다운로드 |
AMAP은 시퀀스 어닐링에 [1]기반한 다중 시퀀스 얼라인먼트 프로그램입니다.이 접근법은 한 번에 한 일치씩 다중 정렬을 구축하는 것으로 구성되므로 프로그레시브 얼라인먼트의 많은 문제를 회피할 수 있습니다.AMAP 파라미터를 사용하여 감도 고유의 트레이드오프를 조정할 수 있습니다.
이 프로그램은 AMAP 웹 서버를 통해 사용하거나 소스 코드를 사용하여 설치할 수 있는 독립 실행형 프로그램으로 사용할 수 있습니다.
입력/출력
이 프로그램은 FASTA 형식의 시퀀스를 수신합니다.
출력 형식에는 FASTA 형식, 클러스터 형식이 포함됩니다.
레퍼런스
- ^ S. Schwartz, A.; Pachter, L. (19 January 2007). "Multiple alignment by sequence annealing". Bioinformatics. 23 (2): e24–e29. doi:10.1093/bioinformatics/btl311.
