어레이 트랙
ArrayTrack | |
| 개발자 | 미국 식품의약국 |
|---|---|
| 안정된 릴리스 | 3.5.0 / 2010년 3월 3일, 전( |
| 운영 체제 | Linux, Mac OS X, Windows |
| 플랫폼 | 자바 |
| 유형 | 생물정보학 데이터 관리, 분석 및 해석 |
| 웹 사이트 | [1] |
Array Track은 주로 마이크로 어레이 데이터 관리, 분석 및 해석에 사용되는 다목적 바이오 인포매틱스 도구입니다.Array Track은 2001년 미국 식품의약국(FDA)의 사내 필터 어레이 연구를 지원하기 위해 개발되었으며,[1] 2003년 마이크로어레이의 통합 연구 도구로 일반인에게 무료로 제공되었습니다.이후 Array Track은 연평균 약 5,000명의 사용자를 보유하고 있습니다.그것은 국립 독성 연구 센터에 의해 정기적으로 갱신된다.
특징들
Array Track은 다음 3가지 주요 컴포넌트로 구성되어 있습니다.Study Database(스터디 데이터베이스), Tools(도구) 및 Libraries(라이브러리)는 각각 데이터 관리, 분석 및 해석을 주로 처리합니다.이들 각 구성요소는 다른 두 가지 요소에서 직접 액세스할 수 있다. 예를 들어 분석 도구는 연구 데이터베이스에 저장된 실험 데이터에 직접 사용할 수 있으며, 그 결과에서 발견된 중요한 유전자는 라이브러리에서 추가 주석 및 관련 단백질, 경로, 유전자 온톨로지 [2]용어 등을 보기 위해 조회할 수 있다.
- 스터디 데이터베이스:Study Database(스터디 데이터베이스)에는 Raw data(로우 데이터) 및 Annotation data(주석 데이터)를 포함하여 사용자가 가져온 실험 데이터가 포함되어 있습니다.주로 마이크로 어레이 데이터를 관리하는 데 사용되지만 단백질학 및 대사학 데이터도 지원합니다.Import된 데이터는 처음에는 소유자에게만 공개되지만 다른 사용자가 사용할 수 있습니다.Study Database에는 ArrayTrack의 데이터 분석 결과에서 직접 생성할 수 있는 중요한 유전자 목록도 저장됩니다.
- 도구: ArrayTrack에는 T 테스트, 분산 분석, SAM 테스트를 포함한 통계 분석 도구, 계층 클러스터링 분석 및 주요 컴포넌트 분석을 포함한 비감독 패턴 검출 도구, K-Nearest를 포함한 모델 예측 도구 등 다양한 분석 및 시각화 도구가 있습니다.선형 판별 분석(IGhbors and Linear Discrientant Analysis)이 있습니다.Array Track 툴은 Import된 데이터를 수용할 수 있도록 설계되어 있지만 외부 데이터와의 호환성도 있습니다.
- 라이브러리:ArrayTrack은 특정 주석 데이터를 저장하는 라이브러리 컬렉션을 호스트하며 동적 스프레드시트 형식으로 볼 수 있습니다.유전자, 단백질, 경로, Gene Ontology 용어, 화합물, SNP, QTL, 칩 유형 등에 대한 특정 라이브러리가 있습니다.각 라이브러리는 다중 입력 검색, 정렬, 필터링, 복사 붙여넣기 및 내보내기를 지원합니다.저장된 유전자 목록, 분석 결과 및 기타 라이브러리의 원하는 내용에 대해 라이브러리를 직접 쿼리할 수 있습니다.모든 라이브러리의 특정 항목은 원본 데이터 소스를 포함하여 많은 인기 있는 공공 지식 기반에 동등한 항목과 연결될 수 있습니다.
ArrayTrack은 경로 분석 도구인 GeneGo MetaCore 및 Innituity Path [3][4]Analysis와 같은 다양한 다른 생물 정보학 소프트웨어와 직접 통합됩니다.
접근성
Array Track은 일반인이 무료로 이용할 수 있으며 온라인으로 접속할 수 있습니다.FDA가 호스팅하는 Oracle 데이터베이스에 연결하는 Java 기반 인터페이스를 사용하여 클라이언트 컴퓨터에서 실행됩니다.Java 기반 애플리케이션인 Array Track은 Windows, Mac 및 Linux 머신과 호환됩니다.
레퍼런스
- ^ Tong, Weida; Cao, Xiaoxi; Harris, Stephen; Sun, Hongmei; Fang, Hong; Fuscoe, James; Harris, Angela; Hong, Huixiao; et al. (2003). "ArrayTrack—supporting toxicogenomic research at the U.S. Food and Drug Administration National Center for Toxicological Research". Environmental Health Perspectives. 111 (15): 1819–26. doi:10.1289/ehp.6497. PMC 1241745. PMID 14630514.
- ^ Fang, Hong; Harris, Stephen C.; Su, Zhenjiang; Chen, Minjun; Qian, Feng; Shi, Leming; Perkins, Roger; Tong, Weida (2009). "ArrayTrack: An FDA and Public Genomic Tool". Protein Networks and Pathway Analysis. Methods in Molecular Biology. Vol. 563. p. 379. doi:10.1007/978-1-60761-175-2_20. ISBN 978-1-60761-174-5.
- ^ "The U.S. Food and Drug Administration will use GeneGo's Metacore for "omics" research and reviewing of genomics data" (PDF). Retrieved 2011-04-13.
- ^ "The U.S. Food and Drug Administration to use Ingenuity Pathway Analysis in review of Pharmacogenomics Submissions" (PDF). Retrieved 2011-04-13.
