비베이스

비베이스(BeeBase)는 유럽 꿀벌인 아피스 멜리페라(Apis mellifera)와 일부 병원균 및 기타 종과 관련된 데이터를 호스팅하는 온라인 생물정보학 데이터베이스였습니다. 꿀벌 유전체 염기서열 분석 컨소시엄과 공동으로 개발했습니다.^[1] 2020년에는 하이메놉테라 유전체 데이터베이스(Hymenoptera Genome Database)로 보관 및 대체되었습니다.

데이터 및 서비스

BeeBase에서 사용할 수 있는 생물학적 데이터 및 서비스는 다음과 같습니다.

DNA 및 단백질 서열 데이터
공식 벌 유전자 세트 (비베이스에서 개발 및 주최)
게놈 브라우저
연계 지도
BLAST를 사용하여 꿀벌 게놈을 검색하는 서버

서비스

2007년 2월, BeBase는 GMOD(Generic Model Organism Database) 프로젝트의 두 모듈인 GBrowser 기반 게놈 뷰어와 Cmap 기반 비교 지도 뷰어로 구성되었습니다. 게놈 뷰어에는 알려진 꿀벌 유전자, 예측된 유전자 세트(Essemble, NCBI, EMBL-Haidelberg), STS 마커(Solignac 및 Hunt 연결 맵), 꿀벌 표현 서열 태그(EST), 초파리, 모기 및 기타 곤충의 상동체 및 전위 요소에 대한 트랙이 포함되었습니다. 꿀벌 비교지도 뷰어는 연계지도와 물리지도(유전체 집합체)를 표시하여 지도 중 공통적으로 나타나는 마커를 강조하였습니다.

또한, QTL 뷰어와 유전자 발현 데이터베이스를 계획하였습니다. 게놈 서열은 이러한 다양한 데이터 유형을 연결하는 참조 역할을 했습니다.

비베이스는 베일러 의과대학 인간 게놈 시퀀싱 센터와 공동으로 벌 게놈의 커뮤니티 주석을 구성했습니다.^[2]

데이터.

현재 보관된 사이트는 다음 병원체와 함께 아피스 멜리페라에 대한 유전체 서열을 보유하고 있습니다.^[1]

추가로 두 종이 분석 중에 있습니다:^[1]

참고 항목

참고문헌

^ ^a ^b ^c BeeBase 웹사이트 - http://hymenopteragenome.org/beebase/
^ Elsik, C. G.; Worley, K. C.; Zhang, L.; Milshina, N. V.; Jiang, H.; Reese, J. T.; Childs, K. L.; Venkatraman, A.; Dickens, C. M.; Weinstock, G. M.; Gibbs, R. A. (25 October 2006). "Community annotation: Procedures, protocols, and supporting tools". Genome Research. 16 (11): 1329–1333. doi:10.1101/gr.5580606. PMID 17065605.

외부 링크

비베이스

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[Website-1] BeeBase 웹사이트 - http://hymenopteragenome.org/beebase/

[2] Elsik, C. G.; Worley, K. C.; Zhang, L.; Milshina, N. V.; Jiang, H.; Reese, J. T.; Childs, K. L.; Venkatraman, A.; Dickens, C. M.; Weinstock, G. M.; Gibbs, R. A. (25 October 2006). "Community annotation: Procedures, protocols, and supporting tools". Genome Research. 16 (11): 1329–1333. doi:10.1101/gr.5580606. PMID 17065605.

[1]

[2]

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