바이오 크리에이티브

BioCreative

BioCreAtIvE(분자생물학에서 텍스트 마이닝 방법에 대한 비판적 평가)는 생물 영역의 정보 추출 및 텍스트 마이닝 개발을 평가하기 위한 지역사회 차원의 노력으로 구성된다.[1]

유전자 언급 감지를 위한 KDD(Knowledge Discovery) 챌린지컵이 선행됐다.[2]

커뮤니티 과제

초판

첫 번째 BioCreAtIvE 과제에서는 개체 추출 과제,[3] 유전자 이름 표준화 과제,[4][5] 유전자 제품 기능 주석 과제 등 3가지 주요 과제가 제시됐다.[6]본 콘테스트에서 제작한 데이터 세트는 Bio-NER 도구와 주석 추출 도구를 평가하고 교육하는 골드 표준 교육 및 테스트 세트의 역할을 한다.

제2판

제2차 BioCreAtIvE 챌린지(2006~2007)도 유전자 언급 검출, 유전자에 대한 고유 공칭 추출, 물리적 단백질-단백질 상호작용과 관련된 정보 추출 등 3가지 과제가 있었다.[7]13개국 44개 팀이 참가한 가운데 집계되었다.[7]

제3판

바이오 크리에이티브 제3판은 실제 생체 구성 작업에서 텍스트 마이닝 도구의 실용성을 평가하기 위해 설계된 인터액티브 작업(IAT)을 최초로 포함했다.[8][9]

제5판

바이오크리에이티브 V는 텍스트 마이닝 시스템의[11] 사용성을 위한 인터랙티브 과제(IAT)와 바이오GRID 정보 큐레이션에 바이오C 형식을 사용하는 트랙 등 [10]5개의 트랙을 가지고 있었다.[12]

참고 항목

참조

  1. ^ Hirschman, L.; Yeh, A.; Blaschke, C.; Valencia, A. (2005). "Overview of BioCreAtIvE: Critical assessment of information extraction for biology". BMC Bioinformatics. 6: S1. doi:10.1186/1471-2105-6-S1-S1. PMC 1869002. PMID 15960821.
  2. ^ Yeh, A. S.; Hirschman, L.; Morgan, A. A. (2003-07-03). "Evaluation of text data mining for database curation: lessons learned from the KDD Challenge Cup". Bioinformatics. 19 (Suppl 1): i331–i339. doi:10.1093/bioinformatics/btg1046. ISSN 1367-4803. PMID 12855478.
  3. ^ Yeh, A.; Morgan, A.; Colosimo, M.; Hirschman, L. (2005). "BioCreAtIvE Task 1A: Gene mention finding evaluation". BMC Bioinformatics. 6: S2. doi:10.1186/1471-2105-6-S1-S2. PMC 1869012. PMID 15960832.
  4. ^ Hirschman, L.; Colosimo, M.; Morgan, A.; Yeh, A. (2005). "Overview of BioCreAtIvE task 1B: Normalized gene lists". BMC Bioinformatics. 6: S11. doi:10.1186/1471-2105-6-S1-S11. PMC 1869004. PMID 15960823.
  5. ^ Colosimo, M. E.; Morgan, A. A.; Yeh, A. S.; Colombe, J. B.; Hirschman, L. (2005). "Data preparation and interannotator agreement: BioCreAtIvE Task 1B". BMC Bioinformatics. 6: S12. doi:10.1186/1471-2105-6-S1-S12. PMC 1869005. PMID 15960824.
  6. ^ Blaschke, C.; Leon, E.; Krallinger, M.; Valencia, A. (2005). "Evaluation of BioCreAtIvE assessment of task 2". BMC Bioinformatics. 6: S16. doi:10.1186/1471-2105-6-S1-S16. PMC 1869008. PMID 15960828.
  7. ^ a b Krallinger, Martin; Morgan, Alexander; Smith, Larry; Leitner, Florian; Tanabe, Lorraine; Wilbur, John; Hirschman, Lynette; Valencia, Alfonso (2008). "Evaluation of text-mining systems for biology: overview of the Second BioCreative community challenge". Genome Biology. 9 (Suppl 2): S1. doi:10.1186/gb-2008-9-s2-s1. ISSN 1465-6906. PMC 2559980. PMID 18834487.
  8. ^ Arighi, Cecilia; Roberts, Phoebe M.; Agarwal, Shashank; Bhattacharya, Sanmitra; Cesareni, Gianni; Chatr-Aryamontri, Andrew; Clematide, Simon; Gaudet, Pascale; Giglio, Michelle; Harrow, Ian; Huala, Eva (2011-10-03). "BioCreative III interactive task: an overview". BMC Bioinformatics. 12 Suppl 8 (Suppl 8): S4. doi:10.1186/1471-2105-12-S8-S4. PMC 3269939. PMID 22151968.
  9. ^ Carterette, Ben; Cohen, Kevin Bretonnel; Cooper, Laurel; Li, Donghui; Jimenez, Silvia; Roberts, Phoebe; Drabkin, Harold; Bello, Susan; Schaeffer, Mary L.; Park, Julie; Li, Yuling (2013-01-17). "An overview of the BioCreative 2012 Workshop Track III: interactive text mining task". Database. 2013: bas056. doi:10.1093/DATABASE/BAS056. PMC 3625048. PMID 23327936.
  10. ^ "BioCreative - Call for Participation". biocreative.bioinformatics.udel.edu. Retrieved 2021-04-21.
  11. ^ Wang, Qinghua; Abdul, Shabbir S.; Almeida, Lara; Ananiadou, Sofia; Balderas-Martínez, Yalbi I.; Batista-Navarro, Riza; Campos, David; Chilton, Lucy; Chou, Hui-Jou; Contreras, Gabriela; Cooper, Laurel (2016-01-01). "Overview of the interactive task in BioCreative V". Database. 2016: baw119. doi:10.1093/DATABASE/BAW119. PMC 5009325. PMID 27589961.
  12. ^ Kim, Sun; Doğan, Rezarta Islamaj; Chatr-Aryamontri, Andrew; Chang, Christie S.; Oughtred, Rose; Rust, Jennifer; Batista-Navarro, Riza; Carter, Jacob; Ananiadou, Sofia; Matos, Sérgio; Santos, André (2016-09-01). "BioCreative V BioC track overview: collaborative biocurator assistant task for BioGRID". Database. 2016: baw121. doi:10.1093/DATABASE/BAW121. PMC 5009341. PMID 27589962.

외부 링크


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