바이오 모델
BioModels | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 생물학적 관심 계산 모델을 저장, 교환 및 검색하는 저장소입니다. |
| 데이터형 발동. | 계산 모델 |
| 유기체 | 모든. |
| 연락 | |
| 연구소 | EMBL-EBI, BI, Caltech |
| 주요 인용문 | PMID 20587024 |
| 발매일 | 2005 |
| 접근 | |
| 표준 | 미리암 |
| data 형식 | SBML, BioPAX, SciLab, Octab, XPP, VCML, RDF/XML |
| 웹 사이트 | EBI 메인 인스턴스, Caltech 미러 |
| 다운로드 URL | EBI FTP |
| 웹 서비스 URL | 비누. |
| 도구들 | |
| 웹 | 모델 표시, 다중 브라우징 전략, 고급 검색, 대량 다운로드, 이달의 모델 |
| 여러가지 종류의 | |
| 면허증. | CC0 퍼블릭 도메인 전용 |
| 버전 | 28 (2014년 9월) |
| 큐레이션 정책 | ○(수동) |
| 북마크 가능 엔티티 | 네. |
Bio Models는 [1][2][3]2006년에 작성된 생물학적 관심의 정량적 모델을 저장, 교환 및 검색할 수 있는 무료 오픈 소스 저장소입니다.BioModels Database의 큐레이션 섹션에 있는 모든 모델은 동료 검토된 과학 문헌에 설명되어 있다.
BioModels의 큐레이션 분기에 저장된 모델은 모델 큐레이션 및 주석의 표준인 MILIAM을 준수합니다.모델은 큐레이터에 의해 시뮬레이션되어 시뮬레이션에서 실행될 때 출판물에 설명된 것과 동일한 결과를 제공하는지 확인되었습니다.모델 컴포넌트에 주석을 달기 때문에 사용자는 각 모델 요소를 쉽게 식별하고 다른 리소스에서 추가 정보를 검색할 수 있습니다.
모델 제작자는 모델을 SBML 및 CellML로 제출할 수 있습니다.모델은 SBML, VCML, XPP, SciLab, Octabe, BioPAX 및 RDF/XML로 다운로드 할 수 있습니다.모델의 반응 네트워크는 PNG, SVG, Java 애플릿 등의 그래픽 형식으로 표시됩니다.그리고 각 모델의 사람이 읽을 수 있는 요약은 PDF로 제공됩니다.
내용
Bio Models는 여러 지사로 구성되어 있습니다.큐레이티드 브랜치는 잘 큐레이팅되고 주석이 달린 모델을 호스트합니다.비큐레이션 브랜치는 아직 큐레이션되지 않은 모델, 큐레이션 불가능한 모델(공간 모델, 정상 상태 모델 등) 또는 너무 커서 큐레이션할 수 없는 모델을 제공합니다.큐레이션되지 않은 모델은 나중에 큐레이션된 분기로 이동할 수 있습니다.또한 이 저장소는 경로 데이터베이스에서 자동으로 생성된 모델을 호스트합니다.
모든 모델은 Creative Commons CC0 Public Domain Dedication에서 무료로 이용할 수 있으며 웹 사이트 또는 [4]웹 서비스를 통해 쉽게 액세스할 수 있습니다.EBI FTP 서버에서 모든 모델의 아카이브를 다운로드할 수도 있습니다.
바이오모델은 2017년 [5]6월 26일 31번째 출시를 발표했다.현재는 144,710개의 모델을 공개하고 있습니다.이는 문헌에 발표된 1,640개 모델과 경로 리소스에서 자동으로 생성된 143,070개 모델에 해당한다.
BioModels에서의 모델 퇴적은 분자 시스템 생물학, 과학 공공도서관의 모든 저널, BioMed Central의 모든 저널 및 왕립 화학 협회가 발행하는 모든 저널을 포함한 많은 과학 저널에 의해 주장되고 있습니다.
발전
Bio Models는 영국 EMBL-EBI의 BioModels.net 팀, 영국 Babraham Institute의 Le Novér 랩 및 미국 [6]Caltech의 SBML 팀에 의해 개발되었습니다.
자금 조달
바이오모델 개발은 유럽분자생물학연구소, 생명공학 및 생물과학연구위원회, 혁신적인 의약품 이니셔티브, 제7 프레임워크 프로그램(FP7), 국립일반의학연구소, DARPA 및 국립연구자원센터의 자금 지원을 받아 왔습니다.
레퍼런스
- ^ Le Novér N., Bornstein B., Broicher A., Courtot M., Donizelli M., Daruri H., Li L., Sauro H., Schilstra M., Shapiro B., Snoep J.L, Huck M.바이오모델 데이터베이스:생화학 및 세포 시스템의 큐레이티드, 공개, 정량적 키네틱 모델의 무료 중앙 집중식 데이터베이스.핵산 연구(2006년), 34: D689-D691.
- ^ Li, Chen; Donizelli, Marco; Rodriguez, Nicolas; Dharuri, Harish; Endler, Lukas; Chelliah, Vijayalakshmi; Li, Lu; He, Enuo; Henry, Arnaud; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). "BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models". BMC Systems Biology. 4 (1): 92. doi:10.1186/1752-0509-4-92. PMC 2909940. PMID 20587024.
- ^ 첼리아 V., 쥬티 N., 아즈메라 I., 라자 A., 뒤무소 M., 글론트 M., 허카 M., 잘로위키 G. 키팅 S., 나이트슈라이버 V. 로레트 빌라스 A. 나타라.Bio Models: 10주년 기념.핵산 연구 (2015) 43 (D1) : D542-D548
- ^ Li C., Courtot M., Le Novér N. 및 Laibe C(2009) BioModels.net Web Services, 컴퓨터 모델링 소프트웨어용 무료 통합 툴킷, Briefings in Bioinformatics, doi: 10.1093/bp056
- ^ 바이오모델 데이터베이스:힌스턴, 2017년 6월 26일
- ^ Bio Models의 자금 제공자 및 협력자
외부 링크
