뇌영상 데이터 구조

Brain Imaging Data Structure
뇌영상 데이터 구조
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줄임말입찰
상황출판된
시작한 해2014
최신 버전1.7.0
2022년 2월
관련 기준JSON, TSV, NIFTI
도메인신경 영상 촬영
면허증.CC-BY 4.0
웹 사이트bids. 이미지 생성.이오

BIDS(Brain Imaging Data Structure)는 신경 이미징 실험 중에 수집된 데이터를 구성, 주석 달기 및 설명하기 위한 표준입니다.이것은 정규화된 파일/폴더 구조와 제어된 [1]어휘를 가진 JSON 기반 메타데이터 파일을 기반으로 합니다.이 표준은 OpenNeuro, SyschoConnect, Developing Human Connectome Project, FCP-INDI 등의 데이터베이스뿐만 아니라 전 세계의 많은 연구소에서 채택되어 점점 더 많은 연구에서 [2][3][4]채택되고 있습니다.

원래 MRI 데이터에 대해 지정되었지만 BID는 MEG,[5] EEG [6]및 두개 내 [7]EEG와 같은 다른 여러 영상 촬영 방식으로 확장되었습니다.

역사

이 프로젝트는 지역 사회 주도의 노력이다.원래 OBIDS(Open Brain Imaging Data Structure)였던 BIDS는 스탠포드 대학에서 열린 INCF 후원 데이터 공유 워킹 그룹 회의(2015년 1월)에서 시작되었습니다.그 후 Chris Gorgolewski에 의해 주도되고 유지되었다.이 프로젝트는 현재 Steering Group이 이끌고 있으며, Franklin Feingold, Stefan Appelhoff, Chris Markiewicz 및 스탠포드의 Poldrack Lab이 관리하고 있습니다.BIDS는 공유와 분석을 용이하게 하기 위해 신경 영상 데이터를 표준화하는 가치를 인정하는 연구자들의 커뮤니티인 기여자들의 지시와 노력에 따라 발전해 왔다.

레퍼런스

  1. ^ Gorgolewski, Krzysztof J.; Auer, Tibor; Calhoun, Vince D.; Craddock, R. Cameron; Das, Samir; Duff, Eugene P.; Flandin, Guillaume; Ghosh, Satrajit S.; Glatard, Tristan; Halchenko, Yaroslav O.; Handwerker, Daniel A.; Hanke, Michael; Keator, David; Li, Xiangrui; Michael, Zachary; Maumet, Camille; Nichols, B. Nolan; Nichols, Thomas E.; Pellman, John; Poline, Jean-Baptiste; Rokem, Ariel; Schaefer, Gunnar; Sochat, Vanessa; Triplett, William; Turner, Jessica A.; Varoquaux, Gaël; Poldrack, Russell A.; et al. (2016). "The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments". Scientific Data. 3: 160044. Bibcode:2016NatSD...360044G. doi:10.1038/sdata.2016.44. PMC 4978148. PMID 27326542.
  2. ^ Poldrack, Russell A.; Congdon, Eliza; Triplett, William; Gorgolewski, Krzysztof J.; Karlsgodt, Katherine H.; Mumford, Jeanette A.; Sabb, Fred W.; Freimer, Nelson B.; London, Edythe D.; Cannon, Tyrone D.; Bilder, Robert M. (2016). "A phenome-wide examination of neural and cognitive function". Scientific Data. 3: 160110. Bibcode:2016NatSD...360110P. doi:10.1038/sdata.2016.110. PMC 5139672. PMID 27922632. S2CID 33368149.
  3. ^ Bigdely-Shamlo, Nima; Makeig, Scott; Robbins, Kay A. (2016). "Preparing Laboratory and Real-World EEG Data for Large-Scale Analysis: A Containerized Approach". Frontiers in Neuroinformatics. 7: 10. doi:10.3389/fninf.2016.00007. PMC 4782059. PMID 27014048.
  4. ^ Nichols, Thomas E.; Das, Samir; Eickhoff, Simon B; Evans, Alan C.; Glatard, Tristan; Hanke, Michael; Kriegeskorte, Nikolaus; Milham, Michael P.; Poldrack, Russell A.; Poline, Jean-Baptiste; Proal, Erika; Thirion, Bertrand; Van Essen, David C; White, Tonya; Yeo, B. T. Thomas (2017). "Best practices in data analysis and sharing in neuroimaging using MRI". Nature Neuroscience. 20 (3): 299–303. doi:10.1038/nn.4500. PMC 5685169. PMID 28230846.
  5. ^ Niso, Guiomar; Gorgolewski, Krzysztof J.; Bock, Elizabeth; Brooks, Teon L.; Flandin, Guillaume; Gramfort, Alexandre; Henson, Richard N.; Jas, Mainak; Litvak, Vladimir; T. Moreau, Jeremy; Oostenveld, Robert; Schoffelen, Jan-Mathijs; Tadel, Francois; Wexler, Joseph; Baillet, Sylvain (19 June 2018). "MEG-BIDS, the brain imaging data structure extended to magnetoencephalography". Scientific Data. 5: 180110. Bibcode:2018NatSD...580110N. doi:10.1038/sdata.2018.110. PMC 6007085. PMID 29917016.
  6. ^ Pernet, Cyril R.; Appelhoff, Stefan; Gorgolewski, Krzysztof J.; Flandin, Guillaume; Phillips, Christophe; Delorme, Arnaud; Oostenveld, Robert (December 2019). "EEG-BIDS, an extension to the brain imaging data structure for electroencephalography". Scientific Data. 6 (1): 103. Bibcode:2019NatSD...6..103P. doi:10.1038/s41597-019-0104-8. ISSN 2052-4463. PMC 6592877. PMID 31239435.
  7. ^ Holdgraf, Christopher; Appelhoff, Stefan; Bickel, Stephan; Bouchard, Kristofer; D’Ambrosio, Sasha; David, Olivier; Devinsky, Orrin; Dichter, Benjamin; Flinker, Adeen; Foster, Brett L.; Gorgolewski, Krzysztof J.; Groen, Iris; Groppe, David; Gunduz, Aysegul; Hamilton, Liberty; Honey, Christopher J.; Jas, Mainak; Knight, Robert; Lachaux, Jean-Philippe; Lau, Jonathan C.; Lee-Messer, Christopher; Lundstrom, Brian N.; Miller, Kai J.; Ojemann, Jeffrey G.; Oostenveld, Robert; Petridou, Natalia; Piantoni, Gio; Pigorini, Andrea; Pouratian, Nader; Ramsey, Nick F.; Stolk, Arjen; Swann, Nicole C.; Tadel, François; Voytek, Bradley; Wandell, Brian A.; Winawer, Jonathan; Whitaker, Kirstie; Zehl, Lyuba; Hermes, Dora (December 2019). "iEEG-BIDS, extending the Brain Imaging Data Structure specification to human intracranial electrophysiology". Scientific Data. 6 (1): 102. Bibcode:2019NatSD...6..102H. doi:10.1038/s41597-019-0105-7. ISSN 2052-4463. PMC 6592874. PMID 31239438.
  8. ^ "Meet the BIDS Steering Group". 31 December 2019.

외부 링크


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