HITS-CLIP

HITS-CLIP

가교면역침강(HITS-CLIP, CLIP-Seq라고도 함)에 의해 분리된 RNA의 높은 처리량 시퀀싱은 단백질 매핑을 위한 게놈 전체의 수단이다.RNA 결합 부위 또는 생체 [1][2][3]내 RNA 변형 부위.HITS-CLIP은 원래neuron-specific RNA결합 단백질과splicing 인자 NOVA1과 NOVA2에genome-wideprotein-RNA 상호 작용 지도를 생성하는 데, 그 이후로[2] 다른splicing 요인 지도를 수, 이런 PTB,[4]RbFox2,[5]SFRS1,[6]hnRNP C,[7]에 의해서 N6-Methyladenosine(m6A)mRNA수정을 포함하여 산출되었다 사용되었다.s.[3][8]

생쥐 뇌에서 마이크로RNA-mRNA 및 단백질-RNA [10][11]상호작용 맵을 복호화하고 이어서 케놀하브디티스 엘레강스, [12]배아줄기세포[13] [14]및 조직배양세포에서 마이크로RNA[9] 타깃 식별을 위해 RNA결합단백질 아르고네이트의 HITS-CLIP를 실행하였다.

HITS-CLIP의 새로운 변형으로 m6A-CLIP는 표적 [3][8]RNA에 대한 UV 가교 m6A 항체에 의해 mRNA 내 N6-메틸아데노신(m6A) 위치를 정밀하게 매핑하기 위해 개발되었으며, 최근에는 Argonaute HITS-CLIP에 적용된 개량된 생체정보학을 통해 단일 [15]분해능으로 뉴클레오티드 결합 부위의 식별이 가능해졌다.

유사한 방법

  • 조직배양세포에서 세포 RNA결합단백질(RBPs)과 마이크로RNA함유 리보핵단백질복합체(miRNPs)의 결합부위를 동정하기 위한 PAR-CLIP.

레퍼런스

  1. ^ Darnell RB (2010). "HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells". Wiley Interdiscip Rev RNA. 1 (2): 266–86. doi:10.1002/wrna.31. PMC 3222227. PMID 21935890.
  2. ^ a b Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (November 2008). "HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing". Nature. 456 (7221): 464–9. doi:10.1038/nature07488. PMC 2597294. PMID 18978773.
  3. ^ a b c Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (24 September 2015). "A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3′ UTR regulation". Genes & Development. 29 (19): 2037–53. doi:10.1101/gad.269415.115. PMC 4604345. PMID 26404942.
  4. ^ Xue Y, Zhou Y, Wu T, Zhu T, Ju X, Kwon YS, Zhang C, Yeo G, Black DL, Sun H, Fu XD, Zhang Y (2009), "Genome-wide analysis of PTB-RNA interactions reveals a strategy used by the general splicing repressor to modulate exon inclusion or skipping", Molecular Cell, 36 (6): 996–1006, doi:10.1016/j.molcel.2009.12.003, PMC 2807993, PMID 20064465
  5. ^ Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (2009). "An RNA code for the FOX2 splicing regulator revealed by mapping RNA-protein interactions in stem cells". Nat Struct Mol Biol. 16 (2): 130–137. doi:10.1038/nsmb.1545. PMC 2735254. PMID 19136955.
  6. ^ Sanford JR, Wang X, Mort M, Fanduyn N, Cooper DN, Mooney SD, Edenberg HJ, Liu Y (2009). "Splicing factor SFRS1 recognizes a functionally diverse landscape of RNA transcripts". Genome Research. 19 (3): 381–394. doi:10.1101/gr.082503.108. PMC 2661799. PMID 19116412.
  7. ^ Konig J, Zarnack K, Rot G, Curk T, Kayikci M, Zupan B, Turner DJ, Luscombe NM, Ule J (2010), "iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution", Nat Struct Mol Biol, 17 (7): 909–915, doi:10.1038/nsmb.1838, PMC 3000544, PMID 20601959
  8. ^ a b Ke, S; Pandya-Jones, A; Saito, Y; Fak, JJ; Vågbø, CB; Geula, S; Hanna, JH; Black, DL; Darnell, JE; Darnell, RB (15 May 2017). "m6A mRNA modifications are deposited in nascent pre-mRNA and are not required for splicing but do specify cytoplasmic turnover". Genes & Development. 31 (10): 990–1006. doi:10.1101/gad.301036.117. PMC 5495127. PMID 28637692.
  9. ^ Thomson, DW; Bracken, CP; Goodall, GJ (2011-06-07). "Experimental strategies for microRNA target identification". Nucleic Acids Research. 39 (16): 6845–6853. doi:10.1093/nar/gkr330. PMC 3167600. PMID 21652644.
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  12. ^ Zisoulis DG, Lovci MT, Wilbert ML, Hutt KR, Liang TY, Pasquinelli AE, Yeo GW (2010), "Comprehensive discovery of endogenous Argonaute binding sites in Caenorhabditis elegans", Nat Struct Mol Biol, 17 (2): 173–179, doi:10.1038/nsmb.1745, PMC 2834287, PMID 20062054
  13. ^ Leung AK, Young AG, Bhutkar A, Zheng GX, Bosson AD, Nielsen CB, Sharp PA (2011), "Genome-wide identification of Ago2 binding sites from mouse embryonic stem cells with and without mature microRNAs", Nat Struct Mol Biol, 19 (9): 1084, doi:10.1038/nsmb0911-1084a, PMC 3078052
  14. ^ Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T (2010), "Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP", Cell, 141 (1): 129–141, doi:10.1016/j.cell.2010.03.009, PMC 2861495, PMID 20371350
  15. ^ Zhang, C.; Darnell,R.B. (2011). "Mapping in vivo protein-RNA interactions at single-nucleotide resolution from HITS-CLIP data". Nature Biotechnology. 29 (7): 607–614. doi:10.1038/nbt.1873. PMC 3400429. PMID 21633356.

외부 링크

  • CLIPsim-MC: CLIPsim-MC는 CLIP-seq 데이터를 사용하여 Monte-Carlo 기반 [1]접근 방식을 사용하여 miRNA/MRE 쌍을 찾는 도구입니다.
  • 스타베이스 데이터베이스: miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA, miRNA-sncRNA, miRNA-circRNA, miRNA 의사유전자, 단백질-lncRNA, 단백질-RNA 상호작용 및 ceRNA 네트워크를 HITS-CL-CL-IP에서 탐색하기 위한 데이터베이스
  • clipz: HITS-CLIP 실험의 짧은 RNA 판독치를 분석하는 파이프라인.
  • dCLIP:dCLIP는 2개의 비교 CLIP-Seq(HITS-CLIP, PAR-CLIP 또는 iCLIP) 실험으로 차분 바인딩 영역을 검출하기 위한 Perl 프로그램입니다.
  1. ^ Peter M. Clark; Phillipe Loher; Kevin Quann; Jonathan Brody; Eric R. Londin; Isidore Rigoutsos (2014), "Argonaute CLIP-Seq reveals miRNA targetome diversity across tissue types", Scientific Reports, 4 (5947): 5947, doi:10.1038/srep05947, PMC 4894423, PMID 25103560
  2. ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (2015-08-12). "Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs". eLife. 4: e05005. doi:10.7554/eLife.05005. ISSN 2050-084X. PMC 4532895. PMID 26267216.