코트 분석

Cot analysis

DNA0 재결합 동태의 원리에 기초한 기술인 Ct [1]분석은 게놈과 같은 DNA 샘플에 얼마나 반복적인 DNA가 있는지를 측정하는 생화학 기술이다.이것은 게놈 구조와 구성을 연구하는 데 사용되며 많은 양의 반복 [2]배열을 포함하는 게놈의 염기서열을 단순화하는 데에도 사용되어 왔다.

절차.

이 과정은 게놈 DNA 샘플을 단일 가닥 형태로 변성할 때까지 가열하고, 그 후 천천히 냉각시켜 가닥들이 다시 짝을 이룰 수 있도록 하는 것을 포함한다.표본이 냉각되는 동안 각 온도에서 얼마나 많은 DNA가 염기쌍으로 형성되는지 측정됩니다.

단일 및 이중 가닥 DNA의 양은 샘플을 빠르게 희석하여 재결합을 늦추고 DNA를 히드록실라파타이트 컬럼에 결합함으로써 측정됩니다.컬럼은 먼저 단일 가닥 DNA를 배출하는 저농도의 인산나트륨 완충액과 이중 가닥 DNA를 배출하는 고농도의 인산나트륨 완충액으로 세척됩니다.이 두 용액에 있는 DNA의 양은 분광 광도계를 사용하여 측정됩니다.

반복 DNA 염기서열은 단일 복사 염기서열보다 낮은0 Ct 값으로 재지정됩니다.

분석.

단일 가닥 DNA의 배열은 이중 나선을 형성하기 위해 그것의 보완적인 가닥을 찾아야 하기 때문에, 일반적인 배열은 희귀한 배열보다 더 빨리 재결합한다.실제로 배열이 다시 결합되는 속도는 DNA 샘플에서 해당 배열의 복사본 수에 비례합니다.반복성이 높은 시퀀스를 가진 샘플은 빠르게 재기동되지만 복잡한 시퀀스는 천천히 재기동됩니다.

그러나 단순히 시간 대비 이중 가닥 DNA의 비율을 측정하는 대신 Ct 값에0 대해 재작성의 양을 측정합니다.Ct0 값은 C(DNA의 초기 농도), t(초단위 시간) 및 버퍼 내의 양이온 농도에 따라 달라지는 상수의0 곱입니다.반복 DNA는 낮은0 Ct 값에서 재기동하고 복잡하고 고유한 DNA 배열은 높은0 Ct 값에서 재기동합니다.반복 DNA의 빠른 재변성은 수많은 상보적 배열의 가용성 때문이다.

게놈 배열에 적용

주요 기사:Ct0 여과

Ct0 여과는 많은 진핵생물의 게놈을 지배하는 반복적인 DNA 염기서열을 "유전자가 풍부한" 단일/저복사 [2]염기서열에서 분리하기 위해 DNA 재생 속도론의 원리를 사용하는 기술이다.이것은 DNA 염기서열 분석을 가장 유익하고 흥미로운 게놈 부분에 집중할 수 있게 해주며, 이것은 새로운 유전자의 발견을 가속화하고 그 과정을 [3][4]더 효율적으로 만들 것이다.

역사

그것은 1960년대 [5][6]워싱턴 카네기 연구소의 로이 브리튼과 그의 동료들에 의해 처음 개발되고 이용되었다.특히 진핵생물 게놈의 중복(반복) 성질이 처음 [7]발견된 것은 Ct 분석을 통해서였다0.하지만, 브리튼과 그의 동료들의 획기적인 DNA 재결합 속도학 실험이 있은 후에야 모든 DNA가 유전자에 대해 코드화된 것은 아니라는 것이 밝혀졌다.사실, 그들의 실험은 진핵생물 게놈 DNA의 대부분이 반복적이고 코드화되지 않은 요소들로 [1]구성되어 있다는 것을 보여주었다.

레퍼런스

  1. ^ a b Waring M, Britten RJ (1966). "Nucleotide sequence repetition: a rapidly reassociating fraction of mouse DNA". Science. 154 (3750): 791–4. Bibcode:1966Sci...154..791W. doi:10.1126/science.154.3750.791. PMID 5919450. S2CID 39686808.
  2. ^ a b Peterson DG, Wessler SR, Paterson AH (2002). "Efficient capture of unique sequences from eukaryotic genomes". Trends Genet. 18 (11): 547–50. doi:10.1016/S0168-9525(02)02764-6. PMID 12414178.
  3. ^ LLamoureux D, Peterson DG, Li W, Fellers JP, Gill BS (2005). "The efficacy of Cot-based gene enrichment in wheat (Triticum aestivum L.)". Genome. 48 (6): 1120–6. doi:10.1139/g05-080. PMID 16391681. Archived from the original on 2012-07-07. Retrieved 2008-02-24.
  4. ^ Yuan Y, SanMiguel PJ, Bennetzen JL (2003). "High-Cot sequence analysis of the maize genome". Plant J. 34 (2): 249–55. doi:10.1046/j.1365-313X.2003.01716.x. PMID 12694599.
  5. ^ Davidson EH, Britten RJ(1973) 동물 게놈의 조직, 전사 및 규제.쿼트, 비올 목사님48: 565-613.
  6. ^ Britten RJ, Graham DE, Neufeld BR (1974). "Analysis of repeating DNA sequences by reassociation". Meth. Enzymol. Methods in Enzymology. 29: 363–418. doi:10.1016/0076-6879(74)29033-5. ISBN 978-0-12-181892-0. PMID 4850571.
  7. ^ Britten RJ, Kohne DE (1968). "Repeated sequences in DNA". Science. 161 (841): 529–540. Bibcode:1968Sci...161..529B. doi:10.1126/science.161.3841.529. PMID 4874239.

외부 링크