상호작용 단백질 데이터베이스
Database of Interacting Proteins | |
|---|---|
| 내용 | |
| 설명 | 단백질 상호작용 데이터베이스 |
| 연락처 | |
| 리서치센터 | 캘리포니아 대학교 로스앤젤레스 |
| 작가들 | 데이비드 아이젠베르크 |
| 1차 인용 | 제나리오스, & 알. (2002)[1] |
| 출시일자 | 2002 |
| 접근 | |
| 웹사이트 | http://dip.doe-mbi.ucla.edu |
| 잡다한 | |
| 면허증 | CC BY-ND 3.0 |
DIP(Database of Interactiving Stephants)는 실험적으로 결정된 단백질 간의 상호작용을 목록으로 만드는 생물학적 데이터베이스다.[2][3]그것은 다양한 출처의 정보를 결합하여 단백질-단백질 상호작용의 단일 집합을 만든다.DIP 내에 저장된 데이터는 전문 큐레이터에 의해 수동으로, 그리고 DIP 데이터의 가장 신뢰할 수 있는 핵심 부분 집합에서 추출한 단백질-단백질 상호작용 네트워크에 대한 지식을 활용하는 계산 접근법을 사용하여 자동으로 큐레이션되었다.이 데이터베이스는 2002년에 처음 공개되었다.2014년 현재 DIP는 UCLA의 David Eisenberg의 연구 그룹에 의해 큐레이션되고 있다.
DIP는 웹 인터페이스를 통해 검색될 수 있다. 검색은 선택된 저널 기사에 기술된 상호 작용 또는 다른 것들 간의 실험 증거에 의해 지원되는 상호작용을 기반으로 할 수 있다.[4]
DIP는 상호 작용 데이터의 주요 공공 제공자의 그룹인 국제 [5]분자 교환 컨소시엄(IMEx)의 회원이다.기타 참여 데이터베이스로는 BIND([6]Biomolecular Interaction Network Database), IntAct,[7] MINT(Molecular Interaction Database), MIPS, [8]MPact,[9] BioGRID 등이 있다.[5]IMEx의 데이터베이스는 노력의 중복을 방지하고, 중복되지 않는 소스에서 데이터를 수집하며, 큐레이션된 상호 작용 데이터를 공유하기 위해 함께 작동한다.IMEX 컨소시엄은 HUPO-PSI-MI XML 포맷 개발에도 힘써 현재 널리 구현되고 있다.[5][10]
DIP 내의 모든 정보는 Creative Commons BY-ND 3.0 라이센스에 따라 자유롭게 이용할 수 있다.[2]
참조
- ^ Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (Jan 1, 2002). "DIP, the Database of Interacting Proteins: a research tool for studying cellular networks of protein interactions". Nucleic Acids Research. 30 (1): 303–5. doi:10.1093/nar/30.1.303. PMC 99070. PMID 11752321.
- ^ a b "DIP:Home". dip.doe-mbi.ucla.edu. Retrieved 8 September 2014.
- ^ Salwinski, L.; Miller, C. S.; Smith, A. J.; Pettit, F. K.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. (2004). "The Database of Interacting Proteins: 2004 update". Nucleic Acids Research. 32 (90001): D449–D451. doi:10.1093/nar/gkh086. PMC 308820. PMID 14681454.
- ^ "DIP:Search". dip.doe-mbi.ucla.edu. Retrieved 8 September 2014.
- ^ a b c Orchard, S.; Kerrien, S.; Abbani, S.; Aranda, B.; Bhate, J.; Bidwell, S.; Bridge, A.; Briganti, L.; Brinkman, F.; Cesareni, G.; Chatr-Aryamontri, A.; Chautard, E.; Chen, C.; Dumousseau, M.; Goll, J.; Hancock, R.; Hannick, L. I.; Jurisica, I.; Khadake, J.; Lynn, D. J.; Mahadevan, U.; Perfetto, L.; Raghunath, A.; Ricard-Blum, S.; Roechert, B.; Salwinski, L.; Stümpflen, V.; Tyers, M.; Uetz, P.; Xenarios, I. (2012). "Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium". Nature Methods. 9 (4): 345–350. doi:10.1038/nmeth.1931. PMC 3703241. PMID 22453911.
- ^ Alfarano, C. (17 December 2004). "The Biomolecular Interaction Network Database and related tools 2005 update". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D418–D424. doi:10.1093/nar/gki051. PMC 540005. PMID 15608229.
- ^ Kerrien, S.; Aranda, B.; Breuza, L.; Bridge, A.; Broackes-Carter, F.; Chen, C.; Duesbury, M.; Dumousseau, M.; Feuermann, M.; Hinz, U.; Jandrasits, C.; Jimenez, R. C.; Khadake, J.; Mahadevan, U.; Masson, P.; Pedruzzi, I.; Pfeiffenberger, E.; Porras, P.; Raghunath, A.; Roechert, B.; Orchard, S.; Hermjakob, H. (24 November 2011). "The IntAct molecular interaction database in 2012". Nucleic Acids Research. 40 (D1): D841–D846. doi:10.1093/nar/gkr1088. PMC 3245075. PMID 22121220.
- ^ Zanzoni, A; Montecchi-Palazzi, L; Quondam, M; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Cesareni, G (Feb 20, 2002). "MINT: a Molecular INTeraction database". FEBS Letters. 513 (1): 135–40. doi:10.1016/s0014-5793(01)03293-8. PMC 1751541. PMID 11911893.
- ^ Guldener, U. (1 January 2006). "MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast". Nucleic Acids Research. 34 (90001): D436–D441. doi:10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366. PMID 16381906.
- ^ Hermjakob, Henning; Montecchi-Palazzi, Luisa; Bader, Gary; Wojcik, Jérôme; Salwinski, Lukasz; Ceol, Arnaud; Moore, Susan; Orchard, Sandra; Sarkans, Ugis; von Mering, Christian; Roechert, Bernd; Poux, Sylvain; Jung, Eva; Mersch, Henning; Kersey, Paul; Lappe, Michael; Li, Yixue; Zeng, Rong; Rana, Debashis; Nikolski, Macha; Husi, Holger; Brun, Christine; Shanker, K; Grant, Seth G N; Sander, Chris; Bork, Peer; Zhu, Weimin; Pandey, Akhilesh; Brazma, Alvis; Jacq, Bernard; Vidal, Marc; Sherman, David; Legrain, Pierre; Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004). "The HUPO PSI's Molecular Interaction format—a community standard for the representation of protein interaction data". Nature Biotechnology. 22 (2): 177–183. doi:10.1038/nbt926. PMID 14755292. S2CID 17557764.
