포맷db

formatdb

formatdb는 BLAST를 위한 단백질 또는 뉴클레오티드 데이터베이스를 포맷하기 위해 분자생물정보학에서 사용된 단종된 소프트웨어 도구입니다.makeblastdb로 대체되었으며 NCBI는 사용자에게 formatdb 사용을 "강력하게"[1] 권장하고 있습니다.

단백질 또는 뉴클레오티드 소스 데이터베이스를 포맷하려면 formatdb를 사용해야 합니다.[2]소스 데이터베이스는 FASTA 또는 ASN.1 형식 중 하나입니다.formatdb에 대한 입력으로 FASTA 형식이 가장 많이 사용되지만 ASN.1을 GenBank 보고서 등 다른 형식의 공통 소스로 사용하는 사용자에게 ASN.1을 사용하는 것이 좋습니다.

fastacmd 프로그램을 사용하면 formatdb의 조작과 반대로 blast 형식의 데이터베이스에서 시퀀스를 추출할 수 있습니다.이 프로그램은 같은 [3]패키지에 포함되어 있습니다.

BLAST+ 버전에서는 formatdb는 makeblastdb에 [4]의해 계승되고 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ "Download BLAST Software and Databases Documentation".
  2. ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (October 1990). "Basic local alignment search tool". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
  3. ^ "formatdb and fastacmd". www.ncbi.nlm.nih.gov. Archived from the original on 2007-09-12.
  4. ^ BLAST Command Line Applications User Manual. NCBI Bookshelf. 2009-10-16.

외부 링크

  • NCBI BLAST 데이터베이스 형식: 데이터베이스의 내용을 덤프하는 샘플 프로그램과 함께 BLAST 데이터베이스 형식에 대한 설명입니다.