게워크벤치

Geworkbench
geWorkbench
개발자컬럼비아 대학교,
퍼스트 제네틱 트러스트
국립암연구소
초기 릴리즈2004; 18년 전(2004)
안정적 해제
2.6.0.3 / 2016년 12월 21일; 5년 전(2016-12-21)
운영 체제Windows, Linux, Mac OS X
플랫폼x86
다음에서 사용 가능영어
유형게놈 데이터 분석
면허증BSD와 같은[1]
웹사이트www.geworkbench.org

geWorkbench[2](genomics Workbench)는 통합 게놈 데이터 분석을 위한 오픈 소스 소프트웨어 플랫폼이다.프로그래밍 언어로 작성된 데스크톱 애플리케이션이다. geWorkbench는 구성요소 아키텍처를 사용한다.2016년 현재 사용할 수 있는 플러그인은[3] 70개 이상으로 유전자 발현, 시퀀스, 구조 데이터의 시각화 및 분석을 제공한다.

geWorkbench는 NIH 로드맵(NIH Common Fund[6])을 통해 자금을 조달한 8개 국립 바이오메디컬 컴퓨팅[5] 센터 중 하나인 Genomic 및 Cellular Networks의 다단계 분석을 위한 국립 센터 [4]MAGNet의 생물정보학 플랫폼이다.MAGNet 조사원이 개발한 많은 시스템과 구조 생물학 도구를 geWorkbench 플러그인으로 이용할 수 있다.

특징들

  • t-테스트, 계층적 클러스터링, 자가조직 지도, 규제망 재구성, 블라스트 검색, 패턴-모티프 발견, 단백질 구조 예측, 구조 기반 단백질 주석 등의 연산 분석 도구.
  • 유전자 발현(열 지도, 화산 그림), 분자 상호작용 네트워크(사이토스케이프를 통한), 단백질 시퀀스 및 단백질 구조 데이터(예: MarkUs)의 시각화.
  • Gene Ontology 농축 분석을 통해서뿐만 아니라 큐레이션된 출처로부터의 유전자 및 경로 주석 정보의 통합.
  • 입력 및 출력의 플랫폼 관리를 통한 구성요소 통합.구성 요소 간에 공유할 수 있는 데이터로는 표현식 데이터셋, 상호작용 네트워크, 샘플 및 마커(gene) 세트와 시퀀스가 있다.
  • 데이터 세트 내역 추적 - 사용된 데이터 세트 및 입력 설정에 대한 전체 기록.
  • Genepattern, Cytoscape 및 Genomespace와 같은 타사 도구와의 통합.

기술된 각 기능에 대한 데모는 http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Tutorials에서 확인할 수 있다.

버전

  • geWorkbench는 로컬로 다운로드하여 설치할 수 있는 오픈 소스 소프트웨어다.출시된 버전의 자바 소스의 zip 파일도 이용할 수 있다.
  • Windows, Macintosh 및 Linux용 사전 패키지 설치 프로그램 버전도 있다[7].

참고 항목

참조

  1. ^ geWorkbench 라이센스
  2. ^ Floratos, A.; Smith, K.; Ji, Z.; Watkinson, J.; Califano, A. (2010). "GeWorkbench: An open source platform for integrative genomics". Bioinformatics. 26 (14): 1779–1780. doi:10.1093/bioinformatics/btq282. PMC 2894520. PMID 20511363.
  3. ^ "Plugins - Workbench".
  4. ^ 마그넷
  5. ^ http://www.ncbcs.org
  6. ^ "Archived copy". Archived from the original on 2013-06-21. Retrieved 2013-07-16.{{cite web}}: CS1 maint: 타이틀로 보관된 사본(링크)
  7. ^ "Download and Installation - Workbench".

외부 링크