고분자 계층 편집 언어

Hierarchical editing language for macromolecules

고분자에 대한 계층적 편집 언어(HELM)는 복잡한 생물학적 분자를 기술하는 방법이다.이는 펩타이드, 단백질, 올리고뉴클레오티드 및 관련된 소분자 [1]결합체의 구성과 구조를 표현하기 위해 기계적으로 판독 가능한 표기법이다.

HELM은 피스토이아 얼라이언스로 알려진 제약회사 컨소시엄에 의해 개발되었다.개발은 2008년에 시작되었다.2012년에 이 표기법은 공개적이고 [2]무료로 출판되었다.

HELM 오픈소스 프로젝트는 GitHub에서 [2]찾을 수 있습니다.

조타

HELM의 필요성은 연구자들이 이러한 유형의 분자와 공학적 생체 분자를 포함하는 모델링 및 계산 프로젝트에 착수함에 따라 명백해졌다.구성, 복잡한 분기와 이러한 유형의 [1]공통 구조를 모두 설명하는 정확한 방법으로 실체를 기술하는 언어는 없었다.단백질 배열은 더 큰 단백질을 설명할 수 있고, 몰 파일과 같은 화학 언어 파일은 단순한 펩타이드를 설명할 수 있다.그러나 새로운 연구 생체 분자의 복잡성으로 인해 큰 복합 분자를 화학적 형태로 기술하는 것이 어려워지고, 펩타이드 형태는 비자연 아미노산과 [3]다른 화학 물질을 기술하기에 충분히 유연하지 않다.

HELM에서 분자는 계층 [4]구조에서 4가지 수준으로 나타납니다.

    • 복합 폴리머
    • 단순 폴리머
    • 단량체
    • 아톰

모노머에는 내부 HELM 데이터베이스에서 짧은 고유 식별자가 할당되어 문자열의 식별자로 나타낼 수 있습니다.이 접근방식은 Simplified Molecular Input Line-Entry System(SMILS; 단순 분자 입력 라인 입력 시스템)에서 사용되는 접근방식과 유사합니다.교환 가능한 파일 형식을 사용하면 모노머에 [5]서로 다른 식별자를 할당한 회사 간에 데이터를 공유할 수 있습니다.

2014년 ChEMBL은 2014년까지 [6]HELM을 채택할 계획을 발표했다.정보학 회사 바이오비아는 SCSR(Self-Contained Sequence Representation)라 불리는 수정된 Molfile 형식을 개발했습니다. 문제를 해결하고 보편적으로 사용되며 표준의 확산을 피할 수 있는 표준은 [5]HELM의 목표입니다.

도구들

정확한 세부 수준에서 생체 분자를 시각화하고 사용하려면 편집기 도구가 필요합니다.편집자는 아미노산 배열 수준에서 큰 분자를 보기 위해 "줌아웃"한 다음 결합 또는 유도체의 특정 [7]부위에서 원자 수준으로 "줌인"해야 합니다.

HELM Editor와 HABE(HELM 항체 편집기)는 향후 웹 기반 [8]응용 프로그램으로 출시될 예정인 두 가지 클라이언트 도구입니다.

피스토이아 동맹

이탈리아 피스토이아에서 열린 회의에서, 화이자 아스트라제네카, 글락소스미스클라인, 그리고 노바티스의 연구자 그룹이 피스토이아 동맹으로 알려진 것을 결성했다.모든 당사자들은 제약 연구를 위한 데이터 집계, 데이터 공유 및 분석 문제를 해결하는 데 관심이 있었습니다.이 동맹은 2008년에 설립되었습니다.이 동맹은 현재 정보학 전문가와 산업, 학계, 생명과학 서비스 기관의 연구원들로 구성되어 있다.[9]

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ a b Zhang, Tianhong; Li, Hongli; Xi, Hualin; Stanton, Robert V.; Rotstein, Sergio H. (2012). "HELM: A Hierarchical Notation Language for Complex Biomolecule Structure Representation". J. Chem. Inf. Model. 52 (10): 2796–2806. doi:10.1021/ci3001925. PMID 22947017.
  2. ^ a b "About". OpenHELM.org. Retrieved 14 Nov 2014.
  3. ^ "HELM in ChEMBL". Feb 2014. Retrieved 17 Nov 2014.
  4. ^ Tianhong Zhang (2017-07-09). 2014 07 09 Pistoia Alliance HELM Showcase Webinar. youtube.com. Retrieved 2016-01-28.
  5. ^ a b Krol, Aaron (18 Jul 2014). "Universal Language: The Pistoia Alliance Takes on Indescribable Biology". bio-itworld.com. Retrieved 17 Nov 2014.
  6. ^ "The Pistoia Alliance and EMBL-EBI announce HELM collaboration for cheminformatics". ebi.ac.uk. Retrieved 17 Nov 2014.
  7. ^ Rotstein, Sergio H. (May 2013). "What about the "big guys"? The emerging HELM standard for macromolecular representation and the Pistoia Alliance" (PDF). www.chemaxon.com/library. Retrieved 28 Jan 2016.
  8. ^ "RFI published: HELM Web-based Editor". 7 Jan 2016. Retrieved 15 Jan 2016.
  9. ^ "Mission&History". www.pistoiaalliance.org/. Archived from the original on 29 April 2011. Retrieved 15 Nov 2014.