내부 루프
Internal loopRNA의 내부 루프(내부 루프라고도 함)는 뉴클레오티드 사이에 왓슨-크릭-프랭클린 염기쌍이 없기 때문에 이중 가닥 RNA가 분리되는 곳에서 발견됩니다.내부 루프(internal-loops)는 이중으로 연결된 RNA의 중간에서 발생하기 때문에 스템 루프(Stem-loops)와 다릅니다.비 카노니코알 잔류물은 풀림, 풀림 및 꼬임으로 인해 이중 나선이 왜곡됩니다.
내부 루프는 대칭 또는 비대칭으로 분류할 수 있으며, 일부 비대칭 내부 루프는 벌지라고도 합니다.많은 중요한 구조 모티브는 C 루프,[1] 도킹 엘보우,[2] 킨크턴(k-턴),[3][4] 직각,[5] 사르신/리신 루프(일명 불룩-G [6][7][8]모티브), 트위스트업[9] 모티브 및 UAA/GAN 내부 루프 [10]모티브와 같은 내부 루프로 구성됩니다.
내부 루프를 호스트하는 RNA 모티브 갤러리 | |
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![A consensus secondary structure and primary sequence for the 3` Sarcin-Ricin (or bulged-G) RNA motif.[6]](/wiki/File:Sarcin-ricin-1-secondary-structure.svg)
![A consensus secondary structure and primary sequence for the 5` Sarcin-Ricin (or bulged-G) RNA motif.[6]](/wiki/File:Sarcin-ricin-2-secondary-structure.svg)
![A consensus secondary structure and primary sequence for the twist-up RNA motif.[9]](/wiki/File:Twist_up-secondary-structure.svg)
![A consensus secondary structure and primary sequence for the UAA-GAN RNA motif.[10]](/wiki/File:UAA_GAN-secondary-structure.svg)
레퍼런스
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- ^ Lehmann, J; Jossinet, F; Gautheret, D (May 1, 2013). "A universal RNA structural motif docking the elbow of tRNA in the ribosome, RNAse P and T-box leaders". Nucleic Acids Research. 41 (10): 5494–502. doi:10.1093/nar/gkt219. PMC 3664808. PMID 23580544.
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- ^ Grabow, WW; Zhuang, Z; Swank, ZN; Shea, JE; Jaeger, L (Nov 23, 2012). "The right angle (RA) motif: a prevalent ribosomal RNA structural pattern found in group I introns". Journal of Molecular Biology. 424 (1–2): 54–67. doi:10.1016/j.jmb.2012.09.012. PMC 3488136. PMID 22999957.
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- ^ Leontis, NB; Westhof, E (Oct 30, 1998). "A common motif organizes the structure of multi-helix loops in 16 S and 23 S ribosomal RNAs". Journal of Molecular Biology. 283 (3): 571–83. doi:10.1006/jmbi.1998.2106. PMID 9784367.
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- ^ a b Zhong, C; Zhang, S (Feb 2012). "Clustering RNA structural motifs in ribosomal RNAs using secondary structural alignment". Nucleic Acids Research. 40 (3): 1307–17. doi:10.1093/nar/gkr804. PMC 3273805. PMID 21976732.
- ^ a b Lee, JC; Gutell, RR; Russell, R (Jul 28, 2006). "The UAA/GAN internal loop motif: a new RNA structural element that forms a cross-strand AAA stack and long-range tertiary interactions". Journal of Molecular Biology. 360 (5): 978–88. doi:10.1016/j.jmb.2006.05.066. PMID 16828489.
