드로소필라 데이터베이스 목록

List of Drosophila databases

모델 유기체 Drosophila melanogaster에 대한 연구는 특정 생물학적 데이터의 저장과 큐레이션을 위한 많은 온라인 데이터베이스의 개발에 의해 촉진되었습니다.

드로아이디

Drosophila Interactions Database(DroID)는 Drosophila 유전자와 단백질 [1]상호작용의 온라인 데이터베이스입니다.그것은 러셀 L에 의해 개발되었다. 2008년 웨인 주립대학교 의과대학 핀리의 연구실은 미국 국립 인간 게놈 연구소, 국립 보건 연구소 국립 연구 자원 센터, 미시간 프로테옴 컨소시엄 [2][3]및 웨인 주립 대학에서 자금을 지원받고 있습니다.

플라이베이스

FlyBase는 Drosophila를 [4]연구하는 과학자들을 위한 주요 온라인 데이터베이스입니다.여기에는 다양한 드로소필라 종에 대한 게놈 데이터, 유전자 주석, 유전자 기능 예측 및 [5]게놈 위에 겹쳐질 수 있는 다양한 실험 데이터가 포함되어 있습니다.FlyBase는 1992년 캠브리지 대학의 Michael Ashburner에 의해 개발되었지만 현재는 하버드 대학, 캠브리지 대학, 인디애나 대학 및 뉴멕시코 대학의 [6][5]그룹 컨소시엄에 의해 운영되고 있습니다.

Fly Factor 조사

FlyFactorSurvey는 세균성 1-하이브리드 [7]시스템을 사용하여 결정된 Drosophila 전사 인자의 데이터베이스입니다.2011년 미국 매사추세츠대 의대 마이클 H. 브로드스키와 스코트 울프 연구소에 의해 개발되었으며, 미국 국립 인간 게놈[8] 연구소의 자금 지원을 받았다.

플라이마인

FlyMine은 Drosophila 및 Anopheles [9]종에 대한 전사, 단백질 발현 및 기타 단백질 데이터의 데이터베이스입니다.이것은 원래 [10]2007년 캠브리지 대학의 고스 미클렘 그룹에 의해 개발되었다.FlyMine은 주로 Wellcome Trust에서 자금을 조달하고 있으며, 데이터베이스 요소는 국립 인간 게놈 연구소 및 생명공학 및 생물과학 [11]연구 위원회에서 지원하고 있습니다.

온더플라이

On The Fly는 D. melanogaster 전사 인자와 이들이 결합하는 [12][13]DNA 배열의 데이터베이스입니다.2013년 [12]컬럼비아 대학 의대 베리 호니그 연구실에서 개발되었습니다.

레드플라이

REDfly(Regulatory Element Database)는 Drosophila cis-규제 요소의 데이터베이스입니다.[14]그것은 마크 S의 연구실에서 개발되었습니다. 2006년에 버팔로 대학에서 Halfon을 취득해, 미국 국립 과학 재단과 국립 종합 의학 [15]연구소의 자금 지원을 받고 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ "DroID - The Drosophila Interactions Database". Retrieved 10 July 2019.
  2. ^ Yu, Jingkai; Pacifico, Svetlana; Liu, Guozhen; Finley Jr, Russell L. (2008). "DroID: The Drosophila Interactions Database, a comprehensive resource for annotated gene and protein interactions". BMC Genomics. 9: 461. doi:10.1186/1471-2164-9-461. PMC 2572628. PMID 18840285.
  3. ^ "About Us". DroID. Retrieved 10 July 2019.
  4. ^ St. Pierre, Susan; McQuilton, Peter (2009). "Inside Fly Base: Biocuration as a career". Fly. 3 (1): 112–114. doi:10.4161/fly.3.1.7769. PMC 2837272. PMID 19182544.
  5. ^ a b Thurmond, Jim; Goodman, Joshua L.; Strelets, Victor B.; Attrill, Helen; Gramates, L Sian; Marygold, Steven J.; Matthews, Beverley B.; Millburn, Gillian; Antonazzo, Giulia; Trovisco, Vitor; Kaufman, Thomas C.; Calvi, Brian R.; Perrimon, Norbert; Gelbart, Susan Russo; Agapite, Julie; Broll, Kris; Crosby, Lynn; Santos, Gilberto dos; Emmert, David; Gramates, L. Sian; Falls, Kathleen; Jenkins, Victoria; Matthews, Beverley; Sutherland, Carol; Tabone, Christopher; Zhou, Pinglei; Zytkovicz, Mark; Brown, Nick; Antonazzo, Giulia; et al. (2019). "Fly Base 2.0: The next generation". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D759–D765. doi:10.1093/nar/gky1003. PMC 6323960. PMID 30364959.
  6. ^ "FlyBase:About". Retrieved 10 July 2019.
  7. ^ Zhu, Lihua Julie; Christensen Ryan G; Kazemian Majid; Hull Christopher J; Enuameh Metewo Selase; Basciotta Matthew D; Brasefield Jessie A; Zhu Cong; Asriyan Yuna; Lapointe David S; Sinha Saurabh; Wolfe Scot A; Brodsky Michael H (Jan 2011). "FlyFactorSurvey: a database of Drosophila transcription factor binding specificities determined using the bacterial one-hybrid system". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D111-7. doi:10.1093/nar/gkq858. PMC 3013762. PMID 21097781.
  8. ^ "FlyFactorSurvey Homepage". UMass. Retrieved 10 July 2019.
  9. ^ "About FlyMine". 2014-11-17. Retrieved 10 July 2019.
  10. ^ Lyne, Rachel; Smith, Richard; Rutherford, Kim; Wakeling, Matthew; Varley, Andrew; Guillier, Francois; Janssens, Hilde; Ji, Wenyan; McLaren, Peter; North, Philip; Rana, Debashis; Riley, Tom; Sullivan, Julie; Watkins, Xavier; Woodbridge, Mark; Lilley, Kathryn; Russell, Steve; Ashburner, Michael; Mizuguchi, Kenji; Micklem, Gos (2007). "Fly Mine: An integrated database for Drosophila and Anopheles genomics". Genome Biology. 8 (7): R129. doi:10.1186/gb-2007-8-7-r129. PMC 2323218. PMID 17615057.
  11. ^ "FlyMine". Retrieved 10 July 2019.
  12. ^ a b Shazman, Shula; Lee, Hunjoong; Socol, Yakov; Mann, Richard S.; Honig, Barry (2014). "OnTheFly: A database of Drosophila melanogaster melanogastertranscription factors and their binding sites". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D167–D171. doi:10.1093/nar/gkt1165. PMC 3965123. PMID 24271386.
  13. ^ "OnTheFly Homepage". Honig Lab. Retrieved 10 July 2019.
  14. ^ Rivera, John; Keränen, Soile V E; Gallo, Steven M.; Halfon, Marc S. (2019). "REDfly: The transcriptional regulatory element database for Drosophila". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D828–D834. doi:10.1093/nar/gky957. PMC 6323911. PMID 30329093.
  15. ^ "REDfly About Us". REDfly. Retrieved 10 July 2019.