마넷 데이터베이스

MANET database

MANET(Molecular Chenesry Network) 데이터베이스는 단백질 구조의 진화적 관계를 생물학적 네트워크에 직접 매핑하는 생물정보학 데이터베이스다.[1]그것은 원래 Jay E, Kim Hee Shin에 의해 개발되었다.Urbana-Champaign에서 일리노이 대학 곡물 과학부의 미텐탈과 구스타보 카에타노 아놀레스.[2]null

MANET는 예를 들어 생물정보학, 계통유전학, 통계적 방법으로 신진대사에서 개별 대사효소의 조상을 추적한다.MANET는 현재 보편적인 수준에서 단백질 접힘 구조의 진화를 기술하는 구조 분류(SCOP) 데이터베이스, 교토 유전자와 게놈 백과사전(KEGG)의 대사 경로 데이터베이스, 계통학적 재구성 등의 정보를 링크하고 있다.[3]그 데이터베이스는 단백질 접힘 가족의 수준에서 신진대사의 진화를 반영하도록 갱신되었다.[4]마네는 말 그대로 뿌리내린 계통생식 나무에서 파생된 효소의 조상을 100개가 넘는 대사 경로 표현에 직접 "증상"하여 인상주의의 아버지 중 한 명에게 경의를 표한다.또한 정해진 조계값으로 특정 단백질 접종을 검색할 수 있고, 도색된 효소의 분포를 표시하고, 개별 단백질 접종을 기술하는 정량적 세부사항을 탐구할 수 있는 수많은 기능성을 제공한다.이를 통해 글로벌 및 로컬 대사 네트워크 아키텍처에 대한 연구와 글로벌 및 로컬 수준에서 진화 패턴 추출이 가능하다.null

예를 들어 MANET의 데이터에 대한 통계적 분석은 각 하위 네트워크에서 단백질 접힘에 할당된 조상 값의 단편적인 분포를 보여주었고, 이는 효소의 광범위한 모집에 의해 신진대사의 진화가 세계적으로 발생했음을 보여준다.[2]MANET는 최근 대사 네트워크에서 효소 모집 과정을 분류하고 현대 대사가 푸린 뉴클레오티드 대사 하위 네트워크에서 비롯되었다고 제안하기 위해 사용되었다.[5]그 데이터베이스는 신진대사 진화의 연구에 유용하다.null

외부 링크

참조

  1. ^ "Archived copy". www.manet.uiuc.edu. Archived from the original on 9 July 2017. Retrieved 14 January 2022.{{cite web}}: CS1 maint: 타이틀로 보관된 사본(링크)
  2. ^ a b Kim HS, Mittenthal JE, Caetano-Anolles G (2006). "MANET:tracing evolution of protein architecture in metabolic networks". BMC Bioinformatics. 7: 351. doi:10.1186/1471-2105-7-351. PMC 1559654. PMID 16854231.
  3. ^ Caetano-Anolles G, Caetano-Anolles D (2003). "An evolutionarily structured universe of protein architecture". Genome Res. 13 (7): 1563–71. doi:10.1101/gr.1161903. PMC 403752. PMID 12840035.
  4. ^ Mughal F, Caetano-Anolles G (2019). "MANET 3.0: Hierarchy and modularity in evolving metabolic networks". PLOS ONE. 14 (10): e0224201. Bibcode:2019PLoSO..1424201M. doi:10.1371/journal.pone.0224201. PMC 6812854. PMID 31648227.
  5. ^ Caetano-Anolles G, Kim HS, Mittenthal JE (2007). "The origin of modern metabolic networks inferred from phylogenomic analysis of protein architecture". Proc Natl Acad Sci USA. 104 (22): 9358–63. Bibcode:2007PNAS..104.9358C. doi:10.1073/pnas.0701214104. PMC 1890499. PMID 17517598.