매트릭스DB
MatrixDB | |
|---|---|
| 내용 | |
| 설명 | 세포외 매트릭스 상호작용 데이터베이스. |
| 데이터 유형 발동. | 상호 작용 DataBase, 생화학, Biacore, SPR |
| 유기체 | 모두(인간만 가능) |
| 연락처 | |
| 실험실 | IBCP - UMR5086 CNRS / Univ Lyon1 - 프랑스 |
| 작가들 | 에밀리 차우타드, 기욤 라네, 니콜라스 티에리 미에그, 로맹 살자, 프랑크 페이셀론, 마리 파투아도르, 소피안 바다위, 실뱅 발레트, 리오넬 발루트, 도리안 멀티도, 실비 리카드 블럼. |
| 1차 인용 | PMID 20852260 |
| 접근 | |
| 표준 | PSI-MI |
| 웹사이트 | http://matrixdb.univ-lyon1.fr |
매트릭스DB는 세포외 단백질과 다당체 사이의 분자 상호작용에 초점을 맞춘 생물학적 데이터베이스다.[1]매트릭스DB는 세포외 단백질(예: 콜라겐, 라미네인, 트롬보스폰딘은 멀티머)의 복합성질을 고려한다.이 데이터베이스는 2009년에[2] 처음 공개되었으며, 클로드 버나드 대학교 라이온 1의 UMR5246에 있는 실비 리카드-블럼의 연구 그룹에 의해 유지되고 있다.
매트릭스DB는 유니제네와 인간 단백질 아틀라스와 연결되어 있다.또한 사용자들이 맞춤형 조직과 질병에 특화된 상호작용 네트워크를 구축할 수 있도록 해주며, 이는 사이토스케이프나 메두사를 사용하여 더욱 분석 및 시각화할 수 있다.[1]
매트릭스DB는 상호 작용 데이터의 주요 공공 제공자의 그룹인 [3]국제 분자 교환 컨소시엄(IMEx)의 활발한 회원이다.기타 참여 데이터베이스로는 BIND([4]Biomolecular Interaction Network Database), IntAct,[5] MINT(Molecular Interaction Database), MIPS, [6]MPact,[7] BioGRID 등이 있다.[3]IMEx의 데이터베이스는 노력의 중복을 방지하고, 중복되지 않는 소스에서 데이터를 수집하며, 큐레이션된 상호 작용 데이터를 공유하기 위해 함께 작동한다.IMEX 컨소시엄은 또한 상호 작용 데이터에 주석을 달고 교환하기 위한 HUPO-PSI-MI XML 표준 형식을 개발하기 위해 노력했다.[3][8]MatrixDB는 수동 큐레이션에 의해 문헌에서 추출된 상호작용 데이터를 포함하고 있으며, PSICQ를 통해 IMEx 파트너 데이터베이스에서 제공하는 세포외 단백질과 관련된 관련 데이터에 대한 액세스를 제공한다.UIC 웹 서비스 및 인간 단백질 참조 데이터베이스의 데이터.
참조
- ^ a b Chautard, E.; Fatoux-Ardore, M.; Ballut, L.; Thierry-Mieg, N.; Ricard-Blum, S. (17 September 2010). "MatrixDB, the extracellular matrix interaction database". Nucleic Acids Research. 39 (Database): D235–D240. doi:10.1093/nar/gkq830. PMC 3013758. PMID 20852260.
- ^ Chautard, E.; Ballut, L.; Thierry-Mieg, N.; Ricard-Blum, S. (15 January 2009). "MatrixDB, a database focused on extracellular protein-protein and protein-carbohydrate interactions". Bioinformatics. 25 (5): 690–691. doi:10.1093/bioinformatics/btp025. PMC 2647840. PMID 19147664.
- ^ a b c Orchard, S.; Kerrien, S.; Abbani, S.; Aranda, B.; Bhate, J.; Bidwell, S.; Bridge, A.; Briganti, L.; Brinkman, F.; Cesareni, G.; Chatr-Aryamontri, A.; Chautard, E.; Chen, C.; Dumousseau, M.; Goll, J.; Hancock, R.; Hannick, L. I.; Jurisica, I.; Khadake, J.; Lynn, D. J.; Mahadevan, U.; Perfetto, L.; Raghunath, A.; Ricard-Blum, S.; Roechert, B.; Salwinski, L.; Stümpflen, V.; Tyers, M.; Uetz, P.; Xenarios, I. (2012). "Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium". Nature Methods. 9 (4): 345–350. doi:10.1038/nmeth.1931. PMC 3703241. PMID 22453911.
- ^ Alfarano, C. (17 December 2004). "The Biomolecular Interaction Network Database and related tools 2005 update". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D418–D424. doi:10.1093/nar/gki051. PMC 540005. PMID 15608229.
- ^ Kerrien, S.; Aranda, B.; Breuza, L.; Bridge, A.; Broackes-Carter, F.; Chen, C.; Duesbury, M.; Dumousseau, M.; Feuermann, M.; Hinz, U.; Jandrasits, C.; Jimenez, R. C.; Khadake, J.; Mahadevan, U.; Masson, P.; Pedruzzi, I.; Pfeiffenberger, E.; Porras, P.; Raghunath, A.; Roechert, B.; Orchard, S.; Hermjakob, H. (24 November 2011). "The IntAct molecular interaction database in 2012". Nucleic Acids Research. 40 (D1): D841–D846. doi:10.1093/nar/gkr1088. PMC 3245075. PMID 22121220.
- ^ Zanzoni, A; Montecchi-Palazzi, L; Quondam, M; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Cesareni, G (Feb 20, 2002). "MINT: a Molecular INTeraction database". FEBS Letters. 513 (1): 135–40. doi:10.1016/s0014-5793(01)03293-8. PMC 1751541. PMID 11911893.
- ^ Guldener, U. (1 January 2006). "MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast". Nucleic Acids Research. 34 (90001): D436–D441. doi:10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366. PMID 16381906.
- ^ Hermjakob, Henning; Montecchi-Palazzi, Luisa; Bader, Gary; Wojcik, Jérôme; Salwinski, Lukasz; Ceol, Arnaud; Moore, Susan; Orchard, Sandra; Sarkans, Ugis; von Mering, Christian; Roechert, Bernd; Poux, Sylvain; Jung, Eva; Mersch, Henning; Kersey, Paul; Lappe, Michael; Li, Yixue; Zeng, Rong; Rana, Debashis; Nikolski, Macha; Husi, Holger; Brun, Christine; Shanker, K; Grant, Seth G N; Sander, Chris; Bork, Peer; Zhu, Weimin; Pandey, Akhilesh; Brazma, Alvis; Jacq, Bernard; Vidal, Marc; Sherman, David; Legrain, Pierre; Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004). "The HUPO PSI's Molecular Interaction format—a community standard for the representation of protein interaction data". Nature Biotechnology. 22 (2): 177–183. doi:10.1038/nbt926. PMID 14755292. S2CID 17557764.
