모바일 데이터베이스
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|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | MobiDB 단백질 장애 및 이동성 주석 데이터베이스 |
| 데이터형 발동. | 단백질 이동성과 장애에 대한 주석 |
| 유기체 | 모든. |
| 연락 | |
| 연구소 | 파두아 대학교 생물의학부 |
| 실험실. | 바이오 컴퓨팅 UP |
| 주요 인용문 | PMID 29136219 |
| 발매일 | 2017년 12월 |
| 접근 | |
| data 형식 | JSON |
| 웹 사이트 | mobidb.org |
| 웹 서비스 URL | REST API는 여기를 참조하십시오. |
| 여러가지 종류의 | |
| 면허증. | CC 기준 4.0 |
| 버전 | 3.0.0 |
| 큐레이션 정책 | 있음 - 수동 및 자동 |
분자생물학에서 MobiDB는[1][2][3] 본질적인 단백질 장애의 주석을 위한 중앙 집중식 자원을 제공하도록 설계된 큐레이션된 생물학적 데이터베이스입니다.단백질 장애는 본질적으로 구조화되지 않은 단백질로 알려진 두드러진 구성원을 가진 많은 수의 단백질을 특징짓는 구조적 특징이다.데이터베이스에는 수동 큐레이션, 간접 및 예측의 세 가지 수준의 주석이 있습니다.MobiDB는 단백질 장애의 다른 데이터 소스를 합의된 주석으로 결합함으로써 특정 단백질의 "질서 지형"에 대한 최상의 그림을 제공하는 것을 목표로 합니다.
Mobile DB 데이터 소스
큐레이티드 데이터 및 추가 주석
MobiDB에 대한 큐레이티드 데이터는 문헌에서 수동으로 추출한 정보와 장애 주석을 제공하는 DisProt[4] 데이터베이스에서 가져옵니다.MobiDB는 장애 주석을 보완하기 위해 외부 소스의 주석을 추가로 제공합니다.
- UniProt: UniProt 데이터베이스의 주석에는 유기체, 세포하 위치, 조직의 특이성, 기능, 관련 사이트, 관련 영역, 번역 후 수정 및 선형 모티브가 포함됩니다.
- Pfam: 단백질 도메인 주석은 그래픽 형태로 표시되며 링크를 사용할 수 있으므로 사용자는 해당 Pfam 페이지를 방문하여 자세한 정보를 볼 수 있습니다.
- PDB: 2차 구조는 PDB에서 언제든지 추출되어 그래픽 형태로 3D로 표시됩니다.
- STRING: "데이터베이스" 및 "실험"에 증거가 있는 알려진 인터랙터가 정렬 가능한 테이블에 표시됩니다.
간접 소스
- PDB X선:단백질 구조를 분해하기 위한 결정학적 실험을 할 때 특정 잔류물의 위치를 정확하게 파악하지 못하는 경우가 있다.가능한 원인 중 하나는 잔여물이 유연하고 무질서한 영역의 일부이기 때문입니다.이러한 이유로 PDB 실험에서 누락된 잔류물은 내인성 장애의 표시로 간주됩니다.
- PDB NMR: 단백질 구조 분해에 대한 NMR 실험의 보관 파일에는 동일한 단백질의 다른 구조를 나타내는 여러 모델이 포함되어 있는 경우가 많습니다.각 모델의 잔류물의 위치 차이를 계산함으로써 이 위치가 변화하는 정도를 측정할 수 있다.이 변화는 단백질이 얼마나 유연하고 무질서한지를 나타내는 척도로 해석될 수 있다.MOBI 웹 서버(이 데이터베이스의 이름이 유래)는 PDB 형식의 파일을 입력으로 사용하여 이 계산을 자동화합니다.
예측
지난 10년 동안 다양한 내재성 단백질 장애 예측 요인들이 훈련되어 왔다.이들 대부분은 앞에서 설명한 주석의 특성을 모방하도록 훈련되어 있습니다.MobiDB는 현재 UniProt 시퀀스의 전체 세트를 커버하고 있기 때문에 포함된 예측 변수는 매우 빨라야 합니다.현재 포함된 10개의 예측 변수(ESPRITZ는 세 가지 향미에서 IUPred, 두 가지 향미 중 두 가지 향미에서 DisEMBL, GlobPlot, VSL2b 및 JRONN)를 통해 MobiDB는 큐레이션 또는 간접 데이터가 없는 경우에도 모든 단백질에 대한 장애 주석을 제공할 수 있다.
Mobile DB 컨센서스
주어진 단백질에 가장 적합한 주석을 제공하기 위해 MobiDB는 모든 데이터 소스를 합의된 주석으로 결합합니다.이 주석은 "구조화" 및 "무질서화" 외에 세 번째 상태를 특징으로 한다는 점에서 소스 자체에 속하는 주석과 다릅니다. 즉, 두 개의 권위 있는 소스가 일치하지 않을 경우 영역을 "모호한"으로 표시합니다.현재 사용 가능한 주석에서 이 충돌은 수동으로 큐레이션된 소스가 특정 영역에 무질서로 주석을 달지만 동일한 영역에 PDB 구조를 사용할 수 있는 경우 발생합니다.
웹 사이트
MobiDB 웹사이트는 사용자에게 UniProt ID, 단백질 이름 또는 무료 텍스트로 검색할 수 있는 인터페이스를 제공합니다.제출 후, 사용자는 합의 장애 예측을 포함한 다양한 소스로부터 통합된 장애 정보로 각각 주석을 단 단백질 목록을 제공한다.
MobiDB 웹 서버는 일부 RESTful 엔드포인트를 제공하여 MobiDB에 프로그래밍 방식으로 액세스하고 다양한 데이터 유형을 검색할 수 있도록 합니다.사용 가능한 GET 경로를 통해 UniProt, STRING, Pfam 및 장애 데이터에 JSON 형식으로 액세스할 수 있습니다.
외부 링크
레퍼런스
- ^ Di Domenico, Tomás; Walsh, Ian; Martin, Alberto J. M.; Tosatto, Silvio C. E. (2012-08-01). "MobiDB: a comprehensive database of intrinsic protein disorder annotations". Bioinformatics. 28 (15): 2080–2081. doi:10.1093/bioinformatics/bts327. ISSN 1367-4811. PMID 22661649.
- ^ Potenza, Emilio; Di Domenico, Tomás; Walsh, Ian; Tosatto, Silvio C. E. (2015-01-01). "MobiDB 2.0: an improved database of intrinsically disordered and mobile proteins". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D315–320. doi:10.1093/nar/gku982. ISSN 1362-4962. PMC 4384034. PMID 25361972.
- ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Paladin, Lisanna; Necci, Marco; Micetic, Ivan; Camilloni, Carlo; Davey, Norman; Dosztányi, Zsuzsanna; Mészáros, Bálint (2018-01-04). "MobiDB 3.0: more annotations for intrinsic disorder, conformational diversity and interactions in proteins". Nucleic Acids Research. 46 (D1): D471–D476. doi:10.1093/nar/gkx1071. PMC 5753340. PMID 29136219.
- ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Mičetić, Ivan; Necci, Marco; Quaglia, Federica; Oldfield, Christopher J.; Aspromonte, Maria Cristina; Davey, Norman E.; Davidović, Radoslav (2016-12-13). "DisProt 7.0: a major update of the database of disordered proteins". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D1123–D1124. doi:10.1093/nar/gkw1279. ISSN 1362-4962. PMC 5210598. PMID 27965415.
