분자 모델링 툴킷
Molecular Modelling Toolkit| 원본 작성자 | 콘라드 힌센 |
|---|---|
| 초기 출시 | 2000년 1월 4일, 전 ( |
| 안정적 방출 | 2.7.4 / 2011년 4월 28일; 전 |
| 작성 위치 | 파이썬, C |
| 운영 체제 | 크로스 플랫폼 |
| 유형 | 생물정보학 |
| 웹사이트 | dirac |
MMTK(Molecular Modeling Toolkit)는 Python으로 작성된 오픈 소스 소프트웨어 패키지로 분자 [1]모델링에서 일반적인 작업을 수행합니다.
Molecular Modeling Toolkit은 생체 분자 시뮬레이션에 중점을 두고 일반적인 분자 시뮬레이션 기술을 구현하는 라이브러리입니다.생체 분자에 일반적으로 사용되는 대규모 모놀리식 시뮬레이션 프로그램과 관련된 한계를 극복하기 위해 최신 소프트웨어 엔지니어링 기술(객체 지향 설계, 고급 언어)을 사용합니다.주요 이점은 (1) 모듈형 라이브러리 설계로 인해 다른 라이브러리와의 손쉬운 확장 및 결합, (2) 단일 고급 범용 프로그래밍 언어(Python)가 라이브러리 구현 및 응용 프로그램 스크립트에 사용됨, (3) 모든 데이터 파일에 대해 문서화되고 기계에 독립적인 형식 사용,(4) 기타 시뮬레이션 및 시각화 프로그램에 대한 인터페이스.
— Konrad Hinsen, The Molecular Modeling Toolkit: A New Approach to Molecular Simulations[1]
2011년 4월[update] 28일 현재, MMTK는 약 18,000줄의 파이썬 코드, 12,000줄의 손으로 작성된 C 코드, 그리고 일부 기계에서 생성된 C 코드로 구성되어 있습니다.
특징들
- 단백질과 핵산에 대한 특별한 지원과 함께 분자 시스템의 구성
- 무한 시스템 또는 주기적인 경계 조건(정형 기본 셀)
- 좌표에 대한 일반적인 기하학적 연산
- 강체 핏
- 외부 PDB 및 VRML 뷰어를 사용한 시각화; 동적 궤적 및 일반 모드 애니메이션
- 정전 상호 작용을 처리하기 위한 몇 가지 옵션이 있는 황색 94 힘장
- 단백질에 대한 빠른 정상 모드 계산을 위한 변형력 필드
- 에너지 최소화(가장 낮은 강하 및 공액 구배)
- 분자 역학(선택 사항인 서모스탯, 바로스탯 및 거리 제약 조건 포함
- 정상 모드 분석
- 궤도 작전
- 점전하 적합
- 분자 표면 계산
- 다른 프로그램에 대한 인터페이스
참고 항목
레퍼런스
- ^ a b Hinsen K (2000). "The Molecular Modeling Toolkit: A New Approach to Molecular Simulations". J. Comput. Chem. 21 (2): 79–85. doi:10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<79::AID-JCC1>3.0.CO;2-B.
외부 링크
