인간 암 데이터베이스의 마우스 모델
Mouse Models of Human Cancer database| 내용 | |
|---|---|
| 묘사 | 인간 암의 마우스 모델에 대한 정보 리소스입니다. |
| 데이터형 발동. | 마우스 모델, 유전학, 유전학, 종양 병리 이미지. |
| 유기체 | 호모 사피엔스근육 |
| 연락 | |
| 연구소 | 잭슨 연구소 |
| 주요 인용문 | Krupke et al. (2017) PMID: 29092943 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://www.tumor.informatics.jax.org/ |
실험용 쥐는 110년 [1]이상 암을 포함한 인간 질병의 유전학을 연구하는 데 중요한 역할을 해왔다.실험용 쥐는 인간과 매우 유사한 생리적, 유전적 특성을 가지고 있어 [2]질병의 유전적 특성을 조사할 수 있는 강력한 모델을 제공한다.
MMHCdb(Mouse Models of Human Cancer database)는 미국 국립암연구소(NCI)[3]의 자금 지원을 받아 잭슨 연구소가 주최하는 인간암 쥐 모델의 유일하고 포괄적인 온라인 지식 기반입니다.MMHCdb는 MGI(Mouse Genome Informatics Consorth)의 일부이며 1998년 MTB([4]Mouse Tumor Biology) 데이터베이스로 처음 출시되었습니다.MMHCdb에는 인간 암의 근친 생쥐 변종, 유전자 공학 생쥐 모델(GEMM) 및 환자 파생 이종 이식(PDX) 모델에 대한 유전 및 게놈 정보가 포함되어 있습니다.MMHCdb의 데이터는 동료 검토된 과학 출판물에서 전문적으로 큐레이션되거나 개별 조사자 및 대규모 [5]연구 이니셔티브로부터 직접 데이터 제출로 입수된다.MMHCdb는 EMBL-EBI와 협력하여 PDX [6]모델의 글로벌 카탈로그 역할을 하는 PDX Finder 리소스를 공동 개발했습니다.
동종 마우스 모델
근친교배된 쥐주는 최소 20세대의 연속된 형제 자매 교배의 결과이며, 이는 최소한의 분리 유전 변이를 가진 집단을 이끈다.근친교배된 쥐의 변종은 연구자들이 암의 민감성과 치료 반응에서 유전자가 하는 역할을 조사할 수 있게 해준다.최초의 근친종인 DBA는 [7]1909년에 개발되었습니다.암에서 근친교배 생쥐의 사용에 대한 최초의 언급은 자연 폐종양에 대한 [8]근친교배 생쥐의 관찰된 감수성이었다.MMHCdb는 700개 이상의 서로 다른 근종 생쥐 변종에서 관찰된 특징적인 암에 대한 대화형 그래픽 요약을 제공한다.그림 1은 이러한 도구 중 하나인 Tumor Frequency Grid(종양 주파수 그리드)를 보여 줍니다. 이 그리드는 서로 다른 근친교배된 균주에 걸쳐 서로 다른 유형의 종양의 빈도를 표시합니다.
유전자 조작 마우스 모델(GEMM)
분자생물학과 게놈 편집 기술은 연구자들이 특정한 돌연변이를 가지고 있거나 인간 유전자를 발현한 동물 모델을 개발할 수 있게 함으로써 암 연구에서 생쥐의 사용을 변화시켰다.유전자 변형 동물의 유전적 배경은 관찰된 표현형에 영향을 미칠 수 있으며 인간 암의 마우스 모델이 개발될 때 그리고 이러한 모델에 의해 생성된 데이터를 해석할 때 고려되어야 한다.예를 들어 인간 HRAS를 발현하는 혼합 C57BL/6J 및 SJL 배경상의 트랜스제닉 마우스는 유선암 빈도가 45~50%인 반면 FVB/N 마우스에서 발현되는 동일한 트랜스제닉 마우스는 100% 유선암을 [9]일으킨다.MMHCdb는 서로 다른 유전적 배경에서 유사한 유전자 변형의 종양 빈도를 보여주는 검색 도구와 디스플레이를 제공합니다.그림 2는 Faceted Search 페이지를 사용한 병리 영상으로 폐선암을 검색한 결과와 그 검색 결과에 대한 링크를 보여준다.
환자 파생 Xenograft 모델(PDX)
환자 유도 이종 이식편(PDX)은 면역 결핍 또는 인간화된 숙주 생쥐 균주에 인간 종양 조직을 이식함으로써 생성됩니다.PDX는 암 [10]치료의 효과를 평가하기 위한 강력한 임상 전 모델 시스템입니다.MMHCdb의 PDX 모델은 대부분 면역 결핍 NSG 숙주(일명 NOD scid gamma; NOD)의 이종 이식물에서 유래한다.잭슨 [11]연구소에서 개발한 Cg-Prkdc <scid> Il2rg <tm1> Wjl/SzJ 마우스.MMHCdb는 연구자들이 암 부위, 진단, 이식된 인간 종양의 게놈 특성, 모델 치료 반응과 같은 매개 변수를 통해 PDX 모델을 검색할 수 있게 해준다.그림 3은 이식된 종양이 KRAS, TP53 A159V 돌연변이, ALB 유전자의 결실 및 높은 KIT 발현을 가진 PDX 모델의 검색 결과이다.
MMHCdb와 EMBL-EBI는 전 세계 저장소에서 제공되는 검색 가능한 PDX 모델 카탈로그인 PDX Finder를 공동 개발했습니다.
데이터베이스 콘텐츠
MMHCdb에는 다양하고 상세한 대량의 데이터가 포함되어 있으며 새로운 데이터와 데이터 유형을 지속적으로 추가하고 있습니다.이 대분류는 2020년 2월 현재 MMHCdb의 내용을 요약한 것이다.
| 데이터형 | 내용 |
|---|---|
| 데이터 소스 | 17413 |
| 근친종 | 727 |
| GEMM | 5695 |
| PDX 모델(PDX 파인더) | 2000 이상 |
| 모델(변형 + 종양 유형) | 102296 |
| 병리 이미지 | 6452 |
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Naf, Dieter (Mar 2002). "The mouse tumor biology database: a public resource for cancer genetics and pathology of the mouse" (PDF). Cancer Res. 62 (5): 1235–40. PMID 11888882. Retrieved 18 February 2020.
- ^ Justice, M.J. (2011). "Technical approaches for mouse models of human disease". Dis. Models Mech. 4 (3): 305–10. doi:10.1242/dmm.000901. PMC 3097452. PMID 21558063.
- ^ "MGI-MGI Current Funding Support". jax.org. Retrieved 14 Feb 2020.
- ^ Bult, C.J. (1999). "Electronic access to mouse tumor data: the Mouse Tumor Biology Database (MTB) project". Nucleic Acids Res. 27 (1): 99–105. doi:10.1093/nar/27.1.99. PMC 148106. PMID 9847151.
- ^ Krupke, Debra (Oct 2017). "The Mouse Tumor Biology Database: A Comprehensive Resource for Mouse Models of Human Cancer". Cancer Res. 77 (21): e67–e70. doi:10.1158/0008-5472.CAN-17-0584. PMC 5679300. PMID 29092943.
- ^ Conte, N (Jan 2019). "PDX Finder: A portal for patient-derived xenograft model discovery". Nucleic Acids Res. 8 (47(D1)): D1073–D1079. doi:10.1093/nar/gky984. PMC 6323912. PMID 30535239.
- ^ Little, C.C. (1916). "Further experimental studies on the inheritance of susceptibility to a transplantable tumor, carcinoma (J.w.A.) of the Japanese waltzing mouse". J. Med. Res. 33 (3): 393–453. PMC 2083849. PMID 19972275.
- ^ Tyzzer, E.E. (1909). "A series of spontaneous tumors in mice with observations on the influence of heredity on the frequency of their occurrence". J. Med. Res. 21 (3): 479–518.13. PMC 2099039. PMID 19971929.
- ^ Bult, C.J. (Jan 2015). "Mouse Tumor Biology (MTB): a database of mouse models for human cancer". Nucleic Acids Research. 43 (D1): D818-24. doi:10.1093/nar/gku987. PMC 4384039. PMID 25332399.
- ^ Zhou, G. (2014). "Humanized NOD-SCID IL2rg(-/-) mice as a preclinical model for cancer research and its potential use for individualized cancer therapies". Cancer Lett. 344 (1): 13–19. doi:10.1016/j.canlet.2013.10.015. PMID 24513265.
- ^ Shultz, L.D. (Feb 2007). "Humanized mice in translational biomedical research". Nat. Rev. Immunol. 7 (2): 118–30. doi:10.1038/nri2017. PMID 17259968. S2CID 7933096.
