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PSORT
PSORT는 단백질이 세포에서 어디로 보내질지 예측한다.

PSORT는 세포 [1][2]내 단백질 국재 부위의 예측에 사용되는 생체정보학 도구이다.아미노산 배열과 그 원산지 분류군(예: 그램 음성 박테리아)의 정보를 입력으로 받는다.그런 다음 알려진 단백질 분류 신호의 다양한 배열 특징에 대해 저장된 규칙을 적용하여 입력 시퀀스를 분석합니다.마지막으로 입력 단백질이 각 후보 부위에서 추가 정보와 함께 국재화될 가능성을 보고한다.

이 도구를 사용하는 연구원들은 어느 정도 이유가 있어서 단백질이 세포 내에서 어디에 위치할 가능성이 가장 높은지를 예측할 수 있다.이는 단백질이 신호 펩타이드 서열을 인식하고(우편 주소와 유사) 단백질을 적절한 위치로 이동하는 세포 기구에 의해 국부화되기 때문이다.신호 펩타이드는 종종 목적지에 도달한 후에 분리된다.PSORT는 알려진 신호 펩타이드 배열을 사용하여 입력 배열을 분석 및 예측한다.

단백질의 국소화는 단백질이 가질 수 있는 제안된 역할을 뒷받침하기 때문에 중요하다.예를 들어 카탈라아제 효소(과산화물을 물과 산소로 변환하는 단백질)는 과산화물 활성도가 높은 영역이기 때문에 과산화물 체내에 위치할 것으로 예상되어야 한다.GFP 발현에 의한 신호 펩타이드 배열 및 시각적 국부화를 분석함으로써 이 역할에 대한 강력한 증거를 얻을 수 있다.

이 프로그램은 일본 도쿄 대학 의학 연구소의 인간 게놈 센터의 켄타 나카이 박사가 작성했으며 모든 사용자가 무료로 이용할 수 있다.

외부 참조

레퍼런스

  1. ^ Nakai K, Horton P (January 1999). "PSORT: a program for detecting sorting signals in proteins and predicting their subcellular localization". Trends Biochem. Sci. 24 (1): 34–6. doi:10.1016/S0968-0004(98)01336-X. PMID 10087920.
  2. ^ Gardy JL, Spencer C, Wang K, et al. (July 2003). "PSORT-B: Improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria". Nucleic Acids Res. 31 (13): 3613–7. doi:10.1093/nar/gkg602. PMC 169008. PMID 12824378.