ProtCID
ProtCID | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 다결정 형태의 상동 단백질의 유사한 상호작용 |
| 연락 | |
| 연구소 | 폭스 체이스 암 센터 |
| 실험실. | 암 연구소 |
| 작가들 | 치팡 쉬, 롤랜드 던브랙 |
| 주요 인용문 | Xu & Dunbrack (2011)[1] |
| 발매일 | 2010 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://dunbrack2.fccc.edu/protcid |
단백질 공통 인터페이스 데이터베이스(ProtCID)는 상동 [1][5]단백질의 결정 구조에서 유사한 단백질-단백질 계면의 데이터베이스이다.
그것의 주요 목표는 상동 단백질의 다중 결정 형태에서 관찰되는 균질체 및 이질체 계면을 식별하고 클러스터하는 것이다.이러한 계면, 특히 동일하지 않은 단백질 또는 단백질 복합체의 계면은 생물학적으로 관련된 [6]상호작용과 관련이 있다.
ProtCID의 공통 인터페이스는 다른 결정 형태로 발생하는 체인 체인 또는 도메인 상호 작용을 나타냅니다.단백질 데이터 뱅크(PDB)[7]에서 알려진 구조의 모든 단백질 배열에는 예를 들어 (Pkinase) 또는 (Cyclin_N)_(Cyclin_C)와 같이 해당 배열에 대한 순서화된[8] Pfam 할당을 나타내는 "Pfam 체인 아키텍처"가 할당된다.특정 도메인 또는 체인 아키텍처를 포함하는 모든 결정의 균질체 계면은 결정 내에 다른 단백질 유형이 있는지 여부에 관계없이 비교됩니다.2개의 다른 Pfam 도메인 또는 이들을 포함하는 모든 PDB 엔트리의 Pfam 아키텍처 간의 모든 인터페이스도 비교됩니다(예를 들어 (Pkinase)와 (Cyclin_N)_(Cyclin_C)).호모디머와 헤테로디머의 양쪽 모두에서 인터페이스는 유사성 점수에 따라 공통 인터페이스로 클러스터화됩니다.
ProtCID는 공통 인터페이스를 포함하는 결정 형태의 수, PDB 엔트리의 수, 동일한 인터페이스를 포함하는 PDB 및[9] PISA 생물학적 어셈블리 주석의 수, 평균 표면적 및 인터페이스를 포함하는 단백질의 최소 시퀀스 ID를 보고합니다.ProtCID는 PDB 엔트리에 대해 생물학적 상호작용에 대해 공개적으로 사용 가능한 주석을 독립적으로 점검합니다.
ProtCID는 또한 단백질 도메인과 펩타이드, 핵산 및 리간드 사이의 계면 클러스터를 포함한다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ a b Xu, Q.; Dunbrack, R. L. (2010). "The protein common interface database (ProtCID)—a comprehensive database of interactions of homologous proteins in multiple crystal forms". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D761–70. doi:10.1093/nar/gkq1059. PMC 3013667. PMID 21036862.
- ^ Zhang, X.; Gureasko, J.; Shen, K.; Cole, P. A.; Kuriyan, J. (2006). "An Allosteric Mechanism for Activation of the Kinase Domain of Epidermal Growth Factor Receptor". Cell. 125 (6): 1137–1149. doi:10.1016/j.cell.2006.05.013. PMID 16777603.
- ^ Aertgeerts, K.; Skene, R.; Yano, J.; Sang, B. -C.; Zou, H.; Snell, G.; Jennings, A.; Iwamoto, K.; Habuka, N.; Hirokawa, A.; Ishikawa, T.; Tanaka, T.; Miki, H.; Ohta, Y.; Sogabe, S. (2011). "Structural Analysis of the Mechanism of Inhibition and Allosteric Activation of the Kinase Domain of HER2 Protein". Journal of Biological Chemistry. 286 (21): 18756–18765. doi:10.1074/jbc.M110.206193. PMC 3099692. PMID 21454582.
- ^ Qiu, C.; Tarrant, M. K.; Choi, S. H.; Sathyamurthy, A.; Bose, R.; Banjade, S.; Pal, A.; Bornmann, W. G.; Lemmon, M. A.; Cole, P. A.; Leahy, D. J. (2008). "Mechanism of Activation and Inhibition of the HER4/ErbB4 Kinase". Structure. 16 (3): 460–467. doi:10.1016/j.str.2007.12.016. PMC 2858219. PMID 18334220.
- ^ Xu, Q; Dunbrack, RL (5 February 2020). "ProtCID: a data resource for structural information on protein interactions". Nature Communications. 11 (1): 711. Bibcode:2020NatCo..11..711X. doi:10.1038/s41467-020-14301-4. PMC 7002494. PMID 32024829.
- ^ Xu, Qifang; Canutescu, Adrian A.; Wang, Guoli; Shapovalov, Maxim; Obradovic, Zoran; Dunbrack, Roland L. (2008). "Statistical Analysis of Interface Similarity in Crystals of Homologous Proteins". Journal of Molecular Biology. 381 (2): 487–507. doi:10.1016/j.jmb.2008.06.002. PMC 2573399. PMID 18599072.
- ^ Berman, H. M.; Battistuz, T.; Bhat, T. N.; Bluhm, W. F.; Bourne, P. E.; Burkhardt, K.; Feng, Z.; Gilliland, G. L.; Iype, L.; Jain, S.; Fagan, P.; Marvin, J.; Padilla, D.; Ravichandran, V.; Schneider, B.; Thanki, N.; Weissig, H.; Westbrook, J. D.; Zardecki, C. (2002). "The Protein Data Bank". Acta Crystallographica Section D. 58 (Pt 6 No 1): 899–907. doi:10.1107/S0907444902003451. PMID 12037327.
- ^ Punta, M.; Coggill, P. C.; Eberhardt, R. Y.; Mistry, J.; Tate, J.; Boursnell, C.; Pang, N.; Forslund, K.; Ceric, G.; Clements, J.; Heger, A.; Holm, L.; Sonnhammer, E. L. L.; Eddy, S. R.; Bateman, A.; Finn, R. D. (2011). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D290–D301. doi:10.1093/nar/gkr1065. PMC 3245129. PMID 22127870.
- ^ Krissinel, E.; Henrick, K. (2007). "Inference of Macromolecular Assemblies from Crystalline State". Journal of Molecular Biology. 372 (3): 774–797. doi:10.1016/j.jmb.2007.05.022. PMID 17681537.
