RNA수식 데이터베이스

RNA modification database

이 RNA 수정 데이터베이스는 RNA 수정에 사용되는 데이터베이스, 웹 포털 및 서버의 모음입니다.RNA 변형은 모든 살아있는 유기체에서 일어나며, RNA의 [1][2][3]가장 진화적으로 보존된 특성 중 하나이다.모든 살아있는 유기체에 걸쳐 100가지 이상의 다른 유형의 RNA 수정이 특징지어졌습니다.그것은 RNA의 활동, 국소화, 안정성에 영향을 줄 수 있으며 인간의 암과 [1][2][3][4]질병과 관련이 있다.

RNA 수정 데이터베이스

이름. 묘사 유형 링크 레퍼런스
RMBase RMBase는 높은 처리량 시퀀싱 데이터(Pseudo-seq, δ-seq, CeU-seq, Aza-IP, MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, Ribo-se)에서 식별된 RNA 수정의 풍경을 디코딩하기 위해 설계되었다.mRNA, 조절 ncRNA(예: lncRNA, miRNA), miRNA 표적 부위, RNA 결합 단백질(RBPs) 결합 부위 및 질병 관련 SNPs에 위치한 수천 개의 RNA 변형을 보여주었다. 데이터베이스 웹 사이트 [5]
모듈러믹스 모도믹스는 변형된 리보뉴클레오시드의 화학적 구조, 생합성 경로, RNA 변형 효소 및 RNA 배열에서 변형된 잔류물의 위치에 관한 포괄적인 정보를 제공하는 RNA 변형 데이터베이스이다. 데이터베이스 웹 사이트 [6]
RNAMDB RNAMDB는 자연적으로 발생하는 RNA 수정과 관련된 정보의 초점 역할을 해왔다. 데이터베이스 웹 사이트 [7]
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레퍼런스

  1. ^ a b Li, S; Mason, CE (2013). "The pivotal regulatory landscape of RNA modifications". Annual Review of Genomics and Human Genetics. 15: 127–50. doi:10.1146/annurev-genom-090413-025405. PMID 24898039.
  2. ^ a b Song, CX; Yi, C; He, C (October 2012). "Mapping recently identified nucleotide variants in the genome and transcriptome". Nature Biotechnology. 30 (11): 1107–16. doi:10.1038/nbt.2398. PMC 3537840. PMID 23138310.
  3. ^ a b Meyer, KD; Jaffrey, SR (April 2014). "The dynamic epitranscriptome: N6-methyladenosine and gene expression control". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 15 (5): 313–26. doi:10.1038/nrm3785. PMC 4393108. PMID 24713629.
  4. ^ Jonkhout, Nicky; Tran, Julia; Smith, Martin Alexander; Schonrock, Nicole; Mattick, John S; Novoa, Eva Maria (30 August 2017). "The RNA modification landscape in human disease". RNA: rna.063503.117. doi:10.1261/rna.063503.117. PMC 5688997.
  5. ^ Sun, WJ; Li, JH; Liu, S; Wu, J; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (11 October 2015). "RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data". Nucleic Acids Research. 44: gkv1036. doi:10.1093/nar/gkv1036. PMC 4702777. PMID 26464443.
  6. ^ Machnicka, MA; Milanowska, K; Osman Oglou, O; Purta, E; Kurkowska, M; Olchowik, A; Januszewski, W; Kalinowski, S; Dunin-Horkawicz, S; Rother, KM; Helm, M; Bujnicki, JM; Grosjean, H (December 2012). "MODOMICS: a database of RNA modification pathways--2013 update". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D262-7. doi:10.1093/nar/gks1007. PMC 3531130. PMID 23118484.
  7. ^ Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF (December 2010). "The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D195-201. doi:10.1093/nar/gkq1028. PMC 3013656. PMID 21071406.