랩터X
RaptorX | 이 문서에는 방법론에 대한 정보가 누락되어 있습니다(논문에 대해서는 설명 페이지 참조).(2019년 4월) |
| 개발자 |
|
|---|---|
| 초기 릴리즈 | 전( |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 단백질 구조 예측을 위한 생물정보학 도구 |
| 면허증. | 비상업적인 케이스 바이 케이스 |
| 웹 사이트 | raptorx |
RaptorX는 단백질 구조와 기능 예측을 위한 소프트웨어이자 웹 서버이며 비상업적인 용도로 무료로 사용할 수 있습니다.RaptorX는 단백질 구조를 [1][2][3][4][5]예측하는 가장 인기 있는 방법 중 하나이다.다른 원격 호몰로지 인식/단백질 스레딩 기술과 마찬가지로 RaptorX는 널리 사용되는 PSI-BLAST가 생성할 수 없는 경우 정기적으로 신뢰할 수 있는 단백질 모델을 생성할 수 있습니다.그러나 RaptorX는 구조정보를 이용하여 다수의 배열 호몰로그 없이 단백질 배열의 모델링에 탁월하다는 점에서 이들 프로파일 기반 방법(예: HHPred 및 Phyre2)과 유의하게 다르다.RaptorX Server는 단백질 구조 예측 방법에 정통하지 않은 사용자에게 친숙한 인터페이스를 제공하도록 설계되었습니다.
묘사
RaptorX 프로젝트는 2008년에 시작되었고 RaptorX[6] Server는 2011년에 일반에 공개되었습니다.
표준 사용법
RaptorX 제출 양식에 단백질 시퀀스를 붙여넣은 후 사용자는 일반적으로 예측이 완료될 때까지 몇 시간(시퀀스 길이에 따라 다름)을 기다립니다.결과의 웹 페이지에 대한 링크와 함께 사용자에게 이메일이 전송됩니다.RaptorX Server는 현재 3상태 및 8상태의 2차 구조 예측, 시퀀스 템플릿 정렬, 3D 구조 예측, 용매 접근성 예측, 장애 예측 및 바인딩 사이트 예측 등의 결과를 생성합니다.시각적 검사를 지원하기 위해 예측 결과가 표시됩니다.결과 파일도 다운로드할 수 있습니다.
또한 RaptorX Server는 예측된 3D 모델의 품질을 나타내는 신뢰도 점수를 생성합니다(해당 네이티브 구조가 없는 경우).예를 들어, 3D 모델의 상대적 글로벌 품질에 대한 P-값, 3D 모델의 절대 글로벌 품질에 대한 GDT(Global Distance Test) 및 uGDT(비정규화-GDT)를 생성하고, 3D 모델의 각 잔차에서 절대 로컬 품질에 대한 위치별 RMSD를 생성합니다.
응용 프로그램 및 퍼포먼스
RaptorX의 적용은 단백질 구조 예측, 기능 예측, 단백질 배열-구조 정렬, 단백질의 진화 분류, 부위 지향 돌연변이 유발 유도 및 분자 치환에 의한 단백질 결정 구조 해결 등을 포함한다.CASP9 블라인드 단백질 구조 예측 실험에서 랩터X는 약 80개의 자동 구조 예측 서버 중 2위를 차지했다.또한 RaptorX는 가장 어려운 50개의 CASP9 TBM(템플릿 기반 모델링) 타깃에 대해 최적의 얼라인먼트를 생성했습니다.CASP10에서 RaptorX는 가장 어려운 CASP10 TBM 타깃의 상위10개의 인간/서버 그룹 중 유일한 서버 그룹입니다.
역사
RaptorX는 RAPTOR 단백질 구조 예측 시스템의 후속 제품이다.랩터는 워털루 대학의 진보 쉬 박사와 밍 리 박사에 의해 설계되고 개발되었습니다.RaptorX는 Profess가 이끄는 연구 그룹에 의해 설계되고 개발되었습니다.시카고의 도요타 기술 연구소의 Jinbo Xu씨.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (Oct 2011). "RaptorX: exploiting structure information for protein alignment by statistical inference". Proteins. 79 (Suppl 10): 161–71. doi:10.1002/prot.23175. PMC 3226909. PMID 21987485.
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (July 2010). "Low-homology protein threading". Bioinformatics. 26 (12): i294–i300. doi:10.1093/bioinformatics/btq192. PMC 2881377. PMID 20529920.
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (April 2011). "a multiple-template approach to protein threading". Proteins. 79 (6): 1930–1939. doi:10.1002/prot.23016. PMC 3092796. PMID 21465564.
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (January 2009). "Boosting protein threading accuracy". Lecture Notes in Computer Science. 5541: 31–45. doi:10.1007/978-3-642-02008-7_3. ISBN 978-3-642-02007-0. PMC 3325114. PMID 22506254.
- ^ Ma, Jianzhu; Sheng Wang; Jinbo Xu (June 2012). "A conditional neural fields model for protein threading". Bioinformatics. 28 (12): i59-66. doi:10.1093/bioinformatics/bts213. PMC 3371845. PMID 22689779.
- ^ Källberg, Morten; Haipeng Wang; Sheng Wang; Jian Peng; Zhiyong Wang; Hui Lu; Jinbo Xu (July 2012). "Template-based protein structure modeling using the RaptorX web server". Nature Protocols. 7 (8): 1511–1522. doi:10.1038/nprot.2012.085. PMC 4730388. PMID 22814390.
