단백질 구조 예측 소프트웨어 목록
List of protein structure prediction software | 이 문서의 외부 링크 사용은 Wikipedia의 정책 또는 지침을 따르지 않을 수 있습니다.(2014년 11월 (이 및 ) |
단백질 구조 예측 소프트웨어의 이 목록은 호몰로지 모델링, 단백질 스레드화, ab initio 방법, 2차 구조 예측, 막간 나선 및 신호 펩타이드 예측을 포함한 단백질 구조 예측에서 주목할 만한 소프트웨어 도구를 요약한 것이다.
소프트웨어 리스트
아래는 구조 예측에 사용되는 방법에 따라 프로그램을 구분한 목록입니다.
호몰로지 모델링
| 이름. | 방법 | 묘사 | 링크 | 발매일 |
|---|---|---|---|---|
| 폴더 | 통합 인터페이스:3차 구조 예측/3D 모델링, 3D 모델 품질 평가, 고유 장애 예측, 도메인 예측, 단백질-리간드 결합 잔류물 예측 | 자동화된 웹 서버 및 다운로드 가능한 프로그램 | 서버 및 다운로드 | |
| 랩터X | 원격 호몰로지 검출, 단백질 3D 모델링, 바인딩 사이트 예측 | 자동화된 웹 서버 및 다운로드 가능 프로그램 | 서버 및 다운로드 | |
| 비스킷 | 외부 프로그램을 자동화된 워크플로우로 줄 바꿉니다. | BLAST 검색, T-Coffee 정렬 및 MODELLER 구조 | 프로젝트 사이트 | |
| ESyPred3d | 템플릿 검출, 얼라인먼트, 3D 모델링 | 자동 웹 서버 | 서버 | |
| 폴드X | 에너지 계산 및 단백질 설계 | 다운로드 가능한 프로그램 | 다운로드. | |
| 피레 및 피레2 | 리모트 템플릿 검출, 얼라인먼트, 3D 모델링, 멀티 템플릿, ab 초기화 | 웹 서버(작업 매니저, 자동 갱신된 폴더 라이브러리, 게놈 검색 및 기타 기능 포함) | 서버 | |
| 하드웨어 | 템플릿 검출, 얼라인먼트, 3D 모델링 | 도움말 기능을 갖춘 인터랙티브 웹 서버 | 서버 다운로드. 기사 | |
| 모듈러 | 공간 구속의 만족도 | 주로 Fortran과 Python에 있는 독립 실행형 프로그램 | 다운로드. 서버 | |
| 접속했다 | 접촉 및 거리 제한의 만족도 | 주로 Fortran 및 Perl에 있는 스탠드아론 프로그램 | 다운로드. | |
| MOE(분자 동작 환경) | 템플릿 식별, 여러 템플릿 사용 및 기타 환경(예: 배위자 볼륨 제외), 루프 모델링, 측면 체인 구성을 위한 로타머 라이브러리, MM 힘장을 이용한 완화. | Windows, Linux 및 Mac에서 지원되는 자체 플랫폼 | 위치 | |
| 로베타 | 긴즈 도메인 예측을 통한 로제타 호몰로지 모델링 및 ab initio fragment 조립 | 웹 서버 | 서버 | |
| BHAGERATH-H | ab initio 폴딩과 호몰로지 방법의 조합 | 단백질 3차 구조 예측 | 서버 | |
| 스위스 모델 | 국소적인 유사성/조각 | 자동화된 웹 서버(ProModII 기반) | 서버 | |
| 야사라 | 템플릿 검출, 얼라인먼트, 모델링 포함.리간드와 올리고머, 모델 프래그먼트 교배 | 그래피컬 인터페이스 또는 텍스트모드(클러스터) | 홈페이지 CASP8 결과 | |
| AWSEM-Suite | 템플릿 유도, 공진화 강화 최적화된 접힘[1] 환경에 기반한 분자 역학 시뮬레이션 | 자동 웹 서버 | 서버 |
스레드/폴드 인식
| 이름. | 방법 | 묘사 | 링크 | 발매일 |
|---|---|---|---|---|
| 폴더 | 통합 인터페이스:3차 구조 예측/3D 모델링, 3D 모델 품질 평가, 고유 장애 예측, 도메인 예측, 단백질-리간드 결합 잔류물 예측 | 자동화된 웹 서버 및 다운로드 가능한 프로그램 | 서버 및 다운로드 | |
| 랩터X | 리모트 템플릿 검출, 싱글 템플릿 및 멀티 템플릿 스레드화(같은 그룹에 의해 설계된 이전 프로그램 RAPTOR와는 전혀 다른 기능) | 웹 서버(작업 관리자 포함), 자동으로 업데이트된 폴더 라이브러리 | 다운로드. 서버 | |
| 하드웨어 | 템플릿 검출, 얼라인먼트, 3D 모델링 | 도움말 기능을 갖춘 인터랙티브 웹 서버 | 서버 다운로드. 기사 | |
| 피레 및 피레2 | 리모트 템플릿 검출, 얼라인먼트, 3D 모델링, 멀티 템플릿, ab 초기화 | 웹 서버(작업 매니저, 자동 갱신된 폴더 라이브러리, 게놈 검색 및 기타 기능 포함) | 서버 | |
| 아이태서 | 스레드 프래그먼트 구조 재구성 | 단백질 모델링을 위한 온라인 서버 | 서버 |
Ab 초기 구조 예측
| 이름. | 방법 | 묘사 | 링크 | 발매일 |
|---|---|---|---|---|
| 로제타 | trRosetta는 빠르고 정확한 de novo 단백질 구조 예측을 위한 알고리즘입니다.억제된 로제타로 직접 에너지 최소화를 기반으로 단백질 구조를 구축합니다.제약사항에는 심층 잔류 신경망에 의해 예측되는 잔류 간 거리와 방향 분포가 포함된다. | 웹 서버 및 소스 코드.AA 300개 이하의 단백질을 접는 데 약 1시간이 걸린다. | 서버 | |
| 로베타 | 긴즈 도메인 예측을 통한 로제타 호몰로지 모델링 및 ab initio fragment 조립 | 웹 서버 | 서버 | |
| Rosetta@home | Rosetta 알고리즘의 분산 컴퓨팅 구현 | 다운로드 가능한 프로그램 | 메인 페이지 | |
| 전복 | 분자역학 폴딩 | 프로그램. | 예 | |
| C쿼크 | C-QUARK는 ab initio 단백질 구조를 예측하는 방법이다.fragment 어셈블리의 시뮬레이션에 대한 딥 러닝 기반의 컨택 맵 예측에 근거합니다. | 웹 서버 | https://zhanggroup.org/C-QUARK/ |
이차 구조 예측
자세한 프로그램 목록은 단백질 2차 구조 예측 프로그램 목록에서 확인할 수 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
외부 링크
- bio.tools, 추가 도구 찾기
레퍼런스
- ^ Jin, Shikai; Contessoto, Vinicius G; Chen, Mingchen; Schafer, Nicholas P; Lu, Wei; Chen, Xun; Bueno, Carlos; Hajitaheri, Arya; Sirovetz, Brian J; Davtyan, Aram; Papoian, Garegin A; Tsai, Min-Yeh; Wolynes, Peter G (2 July 2020). "AWSEM-Suite: a protein structure prediction server based on template-guided, coevolutionary-enhanced optimized folding landscapes". Nucleic Acids Research. 48 (W1): W25–W30. doi:10.1093/nar/gkaa356. PMC 7319565. PMID 32383764.
