리보타이핑

Ribotyping

리보타이핑은 rRNA 기반 계통 분석의 정보를 이용하는 박테리아 식별과 특성화를 위한 분자 기법이다.[1] 식품, 물, 음료 등의 미생물 집단에 대한 임상 진단과 분석에 널리 사용되는 빠르고 구체적인 방법이다.[1]

모든 박테리아는 리보솜 유전자를 가지고 있지만 정확한 순서는 각 종마다 고유하여 유전 지문의 역할을 한다. 따라서 특정 16S 유전자의 염기서열 분석과 데이터베이스와의 비교를 통해 특정 종을 식별할 수 있게 된다.[2]

테크닉

리보타이핑은 특정한 제한효소를 가진 박테리아 유전체 DNA의 소화를 포함한다. 각각의 제한효소는 특정한 뉴클레오티드 순서에 따라 DNA를 잘라내 다른 길이의 파편을 만들어 낸다.[3]

그런 다음, 이 조각들은 크기에 따라 분리되는 젤 전기장에서 작동된다. 즉, 이 조각들이 매달려 있는 젤에 전기장을 적용하면 DNA 조각들이 양극으로 충전된 필드의 끝을 향해 매트릭스를 통해 이동하게 된다. 작은 파편들은 매트릭스를 통해 더 쉽고 빠르게 이동하며, 큰 파편보다 출발 위치에서 더 큰 거리에 도달한다.

젤 매트릭스에서의 분리에 따라, DNA 조각들은 나일론 막으로 옮겨지고 16S 또는 23S rRNA라는 라벨이 붙은 프로브와 혼합된다. 이러한 방법으로 그러한 rRNA에 대한 부호화 단편만 가시화되고 분석할 수 있다.[4] 그런 다음 이 패턴은 디지털화되어 컴퓨터 데이터베이스의 기준 유기체와의 비교에 의해 DNA의 기원을 식별하는데 사용된다.[1]

개념적으로 리보타이핑은 복제된 탐침(Virulence factor와 같은 특정 코딩 시퀀스에서 파생된 무작위 복제 탐침 또는 탐침)으로 염색체 DNA의 제한 파편을 조사하는 것과 유사하다.[5]

참고 항목

참조

  1. ^ a b c Madigan, Michael T. (2012). Biology of Microorganisms. Pearson. p. 491. ISBN 978-0-321-73551-5.
  2. ^ "Investigating Microbial Diversity: Then and Now". learn.genetics.utah.edu. Retrieved 2016-03-15.
  3. ^ "Restriction Enzymes ASU - Ask A Biologist". askabiologist.asu.edu. Retrieved 2016-03-13.
  4. ^ "ribotype". courses.cit.cornell.edu. Retrieved 2016-03-13.
  5. ^ 그리몬트, F, P. A. 그리몬트 1986. 잠재적 분류 도구로서 리보솜 리보핵산 유전자 제한 패턴. 앤 인스트 파스퇴르 마이크로바이올. 137B:165–175


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