분리하다
SEQUEST| 원저작자 | Jimmy Eng, Ashley McCormack 및 John Yates |
|---|---|
| 운영 체제 | Windows, Linux |
| 유형 | 단백질 동정 |
| 면허증. | 특허(미국 특허 6,017,693 및 5,538,897 및 유럽 특허의 대상 알고리즘) |
| 웹 사이트 | 서모, 예이츠 연구실, UWPR |
SEQUEST는 단백질 [1]식별에 사용되는 탠덤 질량 분석 데이터 분석 프로그램입니다.단백질 배열 데이터베이스에서 생성된 펩타이드 배열에 대한 탠덤 질량 스펙트럼 수집을 확인한다.
적용들
이 도구는 프로테오믹스의 맥락에서 가장 유용하다.단백질의 복잡한 혼합으로 시작하는 이 전략은 일반적으로 단백질을 소화시키기 위해 트립신을 사용합니다.이 펩타이드들은 탠덤 질량 분석계로 가는 도중에 액체 크로마토그래피에 의해 분리된다.질량분석기는 특정 펩타이드의 이온을 분리하여 충돌로 인한 해리를 수행하고 생성된 단편들을 탠덤 질량 스펙트럼에 기록한다.이 과정은 몇 시간 동안 반복되며 수천 개의 연속 질량 스펙트럼을 생성한다.이러한 데이터 수집을 식별하려면 자동화가 필요하며, Sequest는 이러한 요구를 충족시키는 첫 번째 소프트웨어였습니다.
시퀀스는 각 탠덤 질량 스펙트럼을 개별적으로 식별합니다.소프트웨어는 데이터베이스의 단백질 시퀀스를 평가하여 각각에서 발생할 수 있는 펩타이드의 목록을 계산합니다.펩타이드의 온전한 질량은 질량 스펙트럼에서 알 수 있으며, Sequest는 이 정보를 사용하여 관찰된 펩타이드 이온의 질량 부근에만 포함시킴으로써 스펙트럼과 유의미하게 비교할 수 있는 후보 펩타이드 배열 세트를 결정한다.각 후보 펩타이드에 대해 Sequest는 이론적인 탠덤 질량 스펙트럼을 투영하고, Sequest는 교차 상관을 사용하여 이러한 이론적 스펙트럼을 관측된 탠덤 질량 스펙트럼과 비교한다.이론상 탠덤 질량 스펙트럼이 가장 일치하는 후보 시퀀스는 이 스펙트럼에 대한 최선의 식별으로 보고된다.
레퍼런스
- ^ Jimmy K. Eng, Ashley L. McCormack, and John R. Yates, III (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976–989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387.
{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
