SILVA 리보솜 RNA 데이터베이스

SILVA ribosomal RNA database

SILVA는 독일 브레멘의 막스플랑크 해양미생물연구소, 뮌헨 공과대학 미생물학부,[4][5] 리보콘의 미생물 유전체 그룹이 공동으로 구축한 리보솜 RNA[1][2][3] 데이터베이스다.

데이터베이스 릴리스 117(2014년 1월)은 400,000개 이상의 소형 서브 유닛(SSU - 16S/18S)과 400,000개 이상의 대형 서브 유닛(LSU - 23S/28S) 시퀀스를 보유했다.[6][failed verification]시퀀스는 ARB 소프트웨어 [4]환경용 파일로 제공됩니다.

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레퍼런스

  1. ^ Christian Quast, Elmar Pruese, Pelin Yilmaz, Jan Gerken, Timmy Schweer, Pablo Yarza, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner(2013).SILVA 리보솜 RNA 유전자 데이터베이스 프로젝트: 향상된 데이터 처리 및 웹 기반 도구.핵산 연구 41(D1): D590-D596. doi:10.1093/nar/gks1219[third-party source needed]
  2. ^ Pelin Yilmaz; Laura Wegener Parfrey; Pablo Yarza; Jan Gerken; Elmar Pruesse; Christian Quast; Timmy Schweer; Jörg Peplies; Wolfgang Ludwig; Frank Oliver Glöckner (2014). "The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks". Nucleic Acids Research. 42 (D1): D643–D648. doi:10.1093/nar/gkt1209.
  3. ^ Elmar Pruese, Christian Quast, Katrin Knittel, Bernhard M.Fuchs, Wolfgang Ludwig, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2007).SILVA: ARB와 호환되는 품질 확인 및 정렬된 리보솜 RNA 배열 데이터를 위한 포괄적인 온라인 리소스.핵산 연구 35(21) : 7188-7196. doi : 10.1093/nar / gkm864[third-party source needed]
  4. ^ a b 실바, 리보콘 GmbH2016년 11월에 접속.
  5. ^ 환경생물정보학막스 플랑크 해양 미생물 연구소 미생물 유전체 및 생물 정보학 그룹.2016년 [third-party source needed]11월에 접속.
  6. ^ Marc P. Hoppner, Lars E. Barquist, Paul P. Gardner(2014).RNA 데이터베이스 소개.분자생물학 1097: 107–123. doi: 10.1007/978-1-62703-709-9_6.