Systrip

Systrip
안정된 릴리스	1.0 / 2011년 5월 27일
저장소	tulip.labri.fr/Systrip/1.0/files/tulip_3_4_1_with_systrip_1_0.tar.gz ;
운영 체제	Windows, Linux
면허증.	LGPL, GPL
웹 사이트	tulip.labri.fr/TulipDrupal/?q=스타일

Systrip은 생체 네트워크의 맥락에서 시계열 데이터를 분석하기 위한 시각적 환경입니다.Systrip은 생물 정보학 및 그래프 이론 알고리즘을 수집합니다.이 알고리즘은 다양한 방법으로 조합하여 생물학자의 시각적 채굴 프로세스를 지원합니다.그것은 다양한 실제 생물학적 ^[1]데이터를 분석하는 데 사용되었다.

발표

Systrip은 C++에서 개발되었으며 관계형 데이터의 분석 및 시각화에 특화된 정보 시각화 프레임워크인 Tulip을 기반으로 합니다.

Tulip의 Model-View-Controller 아키텍처를 통해 Systrip은 여러 개의 동기화된 뷰를 지원할 수 있습니다.뷰의 상호작용(예: 요소 선택)은 이 데이터를 표시하는 모든 뷰의 자동 업데이트를 의미합니다.Systrip 전용으로 개발된 알고리즘과 뷰에 더해, Systrip 플러그 인 시스템은 Systrip 사용자가 사용 가능한 모든 플러그인(Tulip 릴리스에 통합된 플러그인 및 Tulip 플러그인 서버)에 액세스할 수 있도록 합니다.

특징들

입력

SBML 형식을 사용하여 대사 네트워크 가져오기 및 내보내기
CSV 파일의 시계열 데이터
CSV 파일에서 데이터 가져오기
세션 상태 로드 및 저장

구조 조작

경로 생성 및 제거
요소 제거
서브 네트워크 작성 및 조작(사용자가 네트워크의 작은 부분에 집중할 수 있도록 지원)

시각화

여러 종류의 대사 네트워크 표현(3D, 힘 지시, 생물학적 관습 보존, 계층적...)
시각화 인터랙션 도구(그림 그리기, 벤딩 등)
시계열 데이터 애니메이션
대사 네트워크의 맥락에서 시계열 시각화
데이터 분석 보기(히스토그램, 스프레드시트, 산점도, 병렬 좌표)
3차원 분자 시각화

분석.

튤립 그래프 분석 알고리즘
- 도
- 중심성
- 편심
- 스트라라
네트워크 분석 알고리즘
- 초크 포인트
- 최단 경로(대사 네트워크 전용)
- 범위 선택

레퍼런스

^ Copeland, WB; Bartley, BA; Chandran, D; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Maranas, CD; Sauro, HM (May 2012). "Computational tools for metabolic engineering". Metabolic Engineering. 14 (3): 270–80. doi:10.1016/j.ymben.2012.03.001. PMC 3361690. PMID 22629572.