타깃 스캔

TargetScan
타깃 스캔
내용
묘사
연락
실험실.데이비드 바텔 랩
접근
웹 사이트http://www.targetscan.org

생물정보학에서 TargetScan은 각 miRNA의 시드 영역과 일치하는 부위의 존재를 검색하여 마이크로RNA(miRNA)[1]의 생물학적 대상을 예측하는 웹 서버입니다.많은 종의 경우, 3' 보상[1] 사이트로 알려진 다른 유형의 사이트도 확인된다.이러한 miRNA 목표 예측은 Whitehead Institute Bioinformatics and Research Computing [citation needed]Group과 협력하여 David Bartel 연구소에서 정기적으로 업데이트 및 개선됩니다.

TargetScan에는 TargetScanHuman,[2][3][4][5][6] TargetScanMouse,[2][3][4][5][6] TargetScanFish,[6][7] TargetScanFly [8][9]및 TargetScanWorm이 [10]포함되어 있으며 각각 인간, 마우스, 제브라피쉬, 제브라피쉬, Drosophilaogaster 및 Caenhabditis elegans의 유전자를 중심으로 한 포유류, 제브라피쉬, 제브라피쉬, 곤충 및 선충에 대한 예측을 제공합니다.

TargetScan은 다른 목표 예측[which?] 도구와 비교하여 각 miRNA에 [6]대해 예측된 목표물의 정확한 순위를 제공합니다.이러한 순위는 진화적으로 보존된 표적화 확률(PCT 점수)[4] 또는 예측된 억제 효과(콘텍스트++ 점수)[6]에 기초한다.

TargetScan의 또 다른 구별되는[compared to?] 기능은 추가 mRNA 주석을 사용하는 것입니다.특히 TargetScanWorm 및 TargetScanFish는 정확한 높은 처리량 [7][10]방법을 사용하여 실험적으로 결정된 폴리아데닐화 사이트를 사용하여 3' 미번역 영역(3' UTR)을 정의하는 C. elegans 및 제브라피쉬 mRNA 모델을 기반으로 합니다.

레퍼런스

  1. ^ a b Bartel DP (2009). "MicroRNAs: target recognition and regulatory functions". Cell. 136 (2): 215–33. doi:10.1016/j.cell.2009.01.002. PMC 3794896. PMID 19167326.
  2. ^ a b Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (2005). "Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets". Cell. 120 (1): 15–20. doi:10.1016/j.cell.2004.12.035. PMID 15652477.
  3. ^ a b Grimson A, Farh KK, Johnston WK, Garrett-Engele P, Lim LP, Bartel DP (2007). "MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing". Mol. Cell. 27 (1): 91–105. doi:10.1016/j.molcel.2007.06.017. PMC 3800283. PMID 17612493.
  4. ^ a b c Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (2009). "Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs". Genome Res. 19 (1): 92–105. doi:10.1101/gr.082701.108. PMC 2612969. PMID 18955434.
  5. ^ a b Garcia DM, Baek D, Shin C, Bell GW, Grimson A, Bartel DP (2011). "Weak seed-pairing stability and high target-site abundance decrease the proficiency of lsy-6 and other microRNAs" (PDF). Nat. Struct. Mol. Biol. 18 (10): 1139–46. doi:10.1038/nsmb.2115. PMC 3190056. PMID 21909094.
  6. ^ a b c d e Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (2015-08-12). "Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs". eLife. 4: e05005. doi:10.7554/eLife.05005. ISSN 2050-084X. PMC 4532895. PMID 26267216.
  7. ^ a b Ulitsky I, Shkumatava A, Jan CH, Subtelny AO, Koppstein D, Bell GW, Sive H, Bartel DP (2012). "Extensive alternative polyadenylation during zebrafish development". Genome Res. 22 (10): 2054–66. doi:10.1101/gr.139733.112. PMC 3460199. PMID 22722342.
  8. ^ Ruby JG, Stark A, Johnston WK, Kellis M, Bartel DP, Lai EC (2007). "Evolution, biogenesis, expression, and target predictions of a substantially expanded set of Drosophila microRNAs". Genome Res. 17 (12): 1850–64. doi:10.1101/gr.6597907. PMC 2099593. PMID 17989254.
  9. ^ Agarwal, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitsky, I; Bartel, DP (4 October 2018). "Predicting microRNA targeting efficacy in Drosophila". Genome Biology. 19 (1): 152. doi:10.1186/s13059-018-1504-3. PMC 6172730. PMID 30286781.
  10. ^ a b Jan CH, Friedman RC, Ruby JG, Bartel DP (2011). "Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3'UTRs". Nature. 469 (7328): 97–101. Bibcode:2011Natur.469...97J. doi:10.1038/nature09616. PMC 3057491. PMID 21085120.

외부 링크