암 이미징 아카이브

The Cancer Imaging Archive

암 이미징 아카이브(TCIA)는 암 연구를 위한 의료 이미지의 개방형 액세스 데이터베이스입니다.이 사이트는 국립암연구소(NCI)의 암 이미징 프로그램에서 자금을 지원받고 있으며 계약은 아칸소 의과대학에서 운영하고 있습니다.아카이브 내의 데이터는 일반적으로 공통 암 유형 및/또는 해부학적 사이트를 공유하는 컬렉션으로 구성됩니다.데이터의 대부분은 DICOM 형식으로 저장된 CT, MRI 및 핵의학(예: PET) 영상으로 구성되지만, 연구 [1]효용성을 강화하기 위해 많은 다른 유형의 지원 데이터도 제공되거나 연결됩니다.모든 데이터는 의료보험의 이동성 및 설명 책임법 및 국립보건원 데이터 공유 정책을 준수하기 위해 식별 해제됩니다.

TCIA 리소스는 다음 지원을 목적으로 합니다.

  • 컴퓨터 지원 진단 방법 개발(정량 영상)
  • 허용 가능한 표준 통계적 방법에 의한 편향되지 않은 과학 재현성 평가
  • 임상진단 의료 영상과 디지털 현미경 조직학적 영상과의 상관관계에 관한 연구
  • 이미징이 핵심 요소인 탐색적 바이오마커 연구
  • 환자 간 및 종양 내 종양 이질성 연구에 이미징이 중요한 분야 간 연구자 간 협업, 조직 시간 반응 추적 - 종양 진행의 객관적 측정, 이미징 유전체학 및 빅데이터 연결 및 분석(임상, 조직 병리학, 유전체학)[2]

TCIA는 Scientific Data,[4] PLOS One [3]및 F1000 Research 저널의 권장 저장소입니다.연구 데이터 [5]저장소 레지스트리에도 등록되어 있습니다.

역사

TCIA가 만들어지기 전에 NCI는 국립 생물의학 영상 보관소의 개발에 자금을 지원했습니다.NBIA는 DICOM 이미지를 저장하고 쿼리할 수 있도록 설계된 오픈 소스 웹 응용 프로그램입니다.TCIA는 이후 2010년 12월에 의료 영상 연구와 관련된 기술적 및 정책적 과제에 대처하는 데 도움이 되는 서비스 컴포넌트에 자금을 지원함으로써 데이터 공유 활동을 확대하기 위해 시작되었습니다.TCIA는 [6][7]서비스를 제공하기 위해 NBIA 및 임상시험 프로세서 등의 오픈 소스 도구를 활용합니다.

아카이브의 구성

사이트 콘텐츠는 다음 5가지 [8]범주로 구성됩니다.

  • [About Us] : 사이트 운영을 담당하는 조직의 일반적인 개요를 제공합니다.
  • 데이터 공유 - 아카이브에 데이터를 업로드하기 위해 신청하는 방법에 대한 개요를 제공합니다.
  • 아카이브 액세스 - 사용 가능한 데이터, 해당 데이터에 액세스하는 방법 및 시스템 사용량 메트릭에 대한 정보를 제공합니다.
  • 연구 활동 - TCIA 데이터를 사용하여 수행 중인 주요 연구 이니셔티브에 대한 정보와 출판 가이드라인을 제공합니다.
  • 도움말 - 문서 및 데이터 사용 정책뿐만 아니라 아카이브를 사용하여 지원을 받는 방법에 대한 정보를 제공합니다.

데이터 액세스 방법

Cancer Imaging Archive(암 이미징 아카이브)의 대부분의 컬렉션은 계정 없이 액세스할 수 있지만, 일부 컬렉션에서는 [2]특정 사용자만 액세스할 수 있으므로 계정이 필요합니다.TCIA에는 데이터를 참조, 필터링 및 다운로드하는 여러 가지 방법이 있습니다.다음과 같은 것이 있습니다.

  • 컬렉션의 전체 내용 대량 다운로드
  • NBIA 응용 프로그램을 사용하여 컬렉션 내 또는 컬렉션 간에 필터링 또는 검색
  • RESTful 애플리케이션 프로그래밍 인터페이스를 사용하여 컬렉션 내 또는 컬렉션 간에 필터링 또는 검색

참조, 대량 다운로드 및 지원 데이터 접근

홈 페이지에는 사용 가능한 모든 컬렉션 목록이 포함됩니다.암 유형, 암 위치, 형태, 피험자 수 등의 데이터에 대한 기본 정보도 제공됩니다.컬렉션 이름을 클릭하면 원래 조사 목적, 데이터 생성 방법 및 다른 TCIA 사용자에게 유용한 방법을 포함한 데이터가 포함된 페이지가 나타납니다.예를들면,doi:10.7937/K9/TCIA.2015.L4FRET6Z는 NSLC-Radiomics-Genomics 컬렉션을 설명합니다.페이지 하단에는 데이터 액세스 탭에 이미지와 사용 가능한 지원 데이터를 검색하거나 다운로드할 수 있는 링크가 있습니다.추가 탭은 데이터 버전에 대한 정보와 게시물에 사용되는 경우 데이터를 인용하는 방법을 제공합니다.

많은 컬렉션에는 유전체학, 환자 인구통계학, 치료 세부 정보 및 이미지의 전문가 분석과 같은 추가 데이터 유형이 포함되어 있습니다.이 데이터는 보통 NBIA에서 검색하거나 API를 사용하는 대신 컬렉션 페이지를 탐색하는 방식으로만 찾을 수 있습니다.

NB를 사용한 필터링 또는 검색IA

각 컬렉션 페이지 및 사이트의 메인 메뉴에는 "TCIA 검색" 링크가 있습니다.이렇게 하면 NBIA 응용 프로그램이 로드되어 단순하고 고급적이며 무료 텍스트 검색이 가능합니다.검색 결과는 환자 -> 스터디 -> 시리즈의 기존 DICOM 계층을 따릅니다.TCIA는 NBIA 소프트웨어의 [9]다양한 기능에 대한 포괄적인 문서를 제공합니다.

RESTFul API

API를 통해 다수의 검색 및 다운로드 명령어를 사용할 수도 있습니다.API의 새로운 반복은 새로운 버전으로 출시되므로 이전 버전의 API에 대해 개발된 기존 응용 프로그램이 [10]계속 작동합니다.

연구 활동

TCIA 데이터를 기반으로 한 알려진 출판물 목록은 [11]이전에 어떻게 사용되었는지를 조사하고자 하는 연구자들의 편의를 위해 유지된다.안전 점검 간행물 외에도 사이트의 연구 활동 섹션에 설명된 몇 가지 주요 연구 이니셔티브가 있습니다.

방사선유전학 연구를 위한 CIP TCGA 방사선 이니셔티브

다수의 컬렉션에는 암 게놈 아틀라스(TCGA)로 알려진 NIH/NHGRI 데이터베이스의 일부로 분석된 피험자가 포함되어 있습니다.이를 통해 연구자들은 TCGA의 광범위한 게놈 분석, 디지털 병리학 슬라이드 및 개별 인구통계 데이터와 임상 데이터의 대량 다운로드가 있는 각 연구의 공유 고유 식별자를 사용하여 임상 이미지를 상호 연관시킬 수 있습니다.시간을 자원하는 연구자들의 다중 기관 네트워크는 예후를 판단하거나 [12]치료에 대한 반응을 예측하는 방법을 개발하기 위해 데이터를 사용하고 있다.TCGA 컬렉션은 TCGA Data[13] Portal이 공유하는 명명법에 의해 지정됩니다(예:TCGA-BRCA, TCGA-GBM 등)TCIA의 [14]다른 공개 데이터와는 다른 특별한 발행 정책이 적용됩니다.

경쟁에 도전하다

TCIA는 또한 MICCAI, SPIE 또는 ISBI와 같은 디지털 이미지 중심의 국제 프로페셔널 소사이어티와 같은 "챌린지" 경기에 사용되는 특정 데이터 세트를 제공합니다.이전 과제와 향후 과제에 대한 디렉토리가 [15]이 사이트에서 관리되고 있습니다.

디지털 객체 식별자

데이터 공유를 촉진하기 위해 많은 출판물은 저자가 학술 논문에 기술된 결과를 만드는 데 사용한 데이터에 데이터 인용을 포함하도록 권장하고 있다.또한, 데이터 수집을 기술하기 위한 새로운 저널(예: Nature Scientific Data)을 이용할 수 있다.TCIA는 디지털 객체 식별자(DOI)를 제출할 때 모든 컬렉션에 할당하고, 저자가 학술 [16]논문의 데이터 인용에 사용할 수 있는 TCIA 내에 보관되어 있는 데이터의 서브셋에 링크된 영구 식별자를 생성할 수 있습니다.

외부 링크

레퍼런스

  1. ^ Vendt, Clark (June 2013). "The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a Public Information Repository". Journal of Digital Imaging. 26 (6): 1045–57. doi:10.1007/s10278-013-9622-7. PMC 3824915. PMID 23884657.
  2. ^ a b "About The Cancer Imaging Archive (TCIA) - The Cancer Imaging Archive (TCIA)". The Cancer Imaging Archive (TCIA). Retrieved 2016-03-24.
  3. ^ "PLOS ONE: accelerating the publication of peer-reviewed science". journals.plos.org. Retrieved 2016-06-11.
  4. ^ "Data guidelines - F1000Research". f1000research.com. Retrieved 2016-06-11.
  5. ^ "The Cancer Imaging Archive re3data.org". service.re3data.org. Retrieved 2016-06-11.
  6. ^ Clark, Kenneth; Vendt, Bruce; Smith, Kirk; Freymann, John; Kirby, Justin; Koppel, Paul; Moore, Stephen; Phillips, Stanley; Maffitt, David (2013-07-25). "The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a Public Information Repository". Journal of Digital Imaging. 26 (6): 1045–1057. doi:10.1007/s10278-013-9622-7. ISSN 0897-1889. PMC 3824915. PMID 23884657.
  7. ^ "The Cancer Imaging Archive". Cancer Imaging Program - National Cancer Institute. Retrieved 2016-03-24.
  8. ^ "The Cancer Imaging Archive (TCIA) - A growing archive of medical images of cancer". The Cancer Imaging Archive (TCIA). Retrieved 2016-03-24.
  9. ^ "Cancer Imaging Archive User's Guide - TCIA Online Help - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.
  10. ^ "TCIA Programmatic Interface (REST API) Usage Guide - The Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.
  11. ^ "Publications - The Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.
  12. ^ "CIP TCGA Radiology Initiative - The Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.
  13. ^ TCGA 데이터 포털
  14. ^ "Data Usage Policies and Restrictions - The Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.
  15. ^ "Challenge competitions - The Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.
  16. ^ "TCIA Digital Object Identifiers - TCIA DOIs - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Retrieved 2016-03-24.