열역학적 통합
Thermodynamic integration열역학 통합은 잠재적 에너지 와 B 가 공간 좌표에 따라 달라지는 두 상태(예: A와 B) 사이의 자유 에너지 차이를 비교하기 위해 사용하는 방법이다. 시스템의 자유 에너지는 단순히 시스템의 위상 공간 좌표의 함수가 아니라 볼츠만 가중 적분(즉, 파티션 함수)의 함수로 되어 있기 때문에, 두 상태 사이의 자유 에너지 차이는 단 두 좌표 집합의 전위 에너지로부터 직접 계산할 수 없다(st.A와 B를 각각 먹었다. 열역학 통합에서 자유 에너지 차이는 상태 사이의 열역학 경로를 정의하고 그 경로를 따라 앙상블 평균 엔탈피 변화를 통합함으로써 계산된다. 그러한 경로는 실제 화학적 과정이나 화학적 과정이 될 수 있다. 화학적 과정의 한 예는 커크우드의 결합 매개 변수 방법이다.[1]
파생
잠재적 에너지 및 U 인 두 시스템을 고려하십시오 어느 시스템에서든 전위 에너지는 적절한 볼츠만 가중치를 가진 분자 역학이나 몬테카를로 시뮬레이션에서 샘플링한 구성에 대한 앙상블 평균으로 계산할 수 있다. 이제 다음과 같이 정의되는 새로운 잠재적 에너지 기능을 고려하십시오.
Here, is defined as a coupling parameter with a value between 0 and 1, and thus the potential energy as a function of varies from the energy of system A for and system B for . In the canonical ensemble, 시스템의 파티션 함수는 다음과 같이 기록할 수 있다.
표기법에서 U () )는 위에서 정의한 바와 같이 잠재적 에너지 함수 ( ) 를 가진 앙상블에서 s 의 잠재적 에너지이다. 이 시스템의 자유 에너지는 다음과 같이 정의된다.
- Q
만약 우리가 λ에 관한 F의 파생상품을 취한다면, λ에 관한 잠재적 에너지 파생상품의 합주 평균과 같다는 것을 알게 될 것이다.
자유 에너지에서 국가 A와 B사이에 이에 따라 앙상블을 적분에서 계산할 수 있는 변화는 연결 장치 매개 변수에 잠재적 에너지의 파생 상품 평균 λ{\lambda\displaystyle}실제로, 이, 앙상블을 표본 추출을 잠재적인 에너지 함수 U(λ){U(\lambda)\displaystyle}을 정의함으로써 수행된다 .[2]. 의 의 {{\} 값에서 평형 구성 {\} 값에 대한 }의 앙상블 평균 파생값을 하고 마지막으로 앙상블 평균화 파생품에 대한 통합값을 계산한다.s
우산 샘플링은 관련된 자유 에너지 방법이다. 그것은 잠재적 에너지에 편견을 더한다. 무한히 강한 편향의 한계에서 그것은 열역학적 통합과 동등하다.[3]
참고 항목
참조
- ^ Kirkwood, John G. (1935). "Statistical Mechanics of Fluid Mixtures". The Journal of Chemical Physics. 3 (5): 300–313. Bibcode:1935JChPh...3..300K. doi:10.1063/1.1749657.
- ^ Frenkel, Daan and Smit, Berrend. 분자 시뮬레이션 이해: 알고리즘에서 애플리케이션으로. 2007년 아카데미 출판사
- ^ J Kästner; et al. (2006). "QM/MM Free-Energy Perturbation Compared to Thermodynamic Integration and Umbrella Sampling: Application to an Enzymatic Reaction". Journal of Chemical Theory and Computation. 2 (2): 452–461. doi:10.1021/ct050252w. PMID 26626532.