바이오루비

BioRuby
바이오루비
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Bioruby shell on rails.png
레일의 바이오루비 쉘
안정적 해제
2.0.2 / 2020년 12월 31일; 13개월 전(2020-12-31)
리포지토리
기록 위치루비
유형생물정보학
면허증GPL
웹사이트bioruby.open-bio.org

바이오루비는 컴퓨터 분자생물학과 생물정보학을 위한 수업으로 구성된 오픈소스 루비 코드 모음입니다.DNA 및 단백질 시퀀스 분석, 시퀀스 정렬, 생물학적 데이터베이스 파싱, 구조 생물학 및 기타 생물정보학 과제에 대한 클래스를 포함한다.[1]바이오루비는 GNU GPL 버전 2 또는 Ruby 라이선스에[2] 따라 출시되며, 코드 중복을 줄이기 위한 다수의 바이오* 프로젝트 중 하나이다.[3]null

2011년 바이오루비 프로젝트는 바이오젬 소프트웨어 플러그인 시스템을 도입해 매달 두세 개의 플러그인이 새로 추가됐다.[4]null

바이오루비는 바이오루비 웹사이트와 깃허브 저장소를 통해 관리된다.[5][6]null

역사

바이오루비

바이오루비 프로젝트는 2000년 가타야마 도시아키가 바이오펄, 바이오피톤 등 유사 바이오정보화 패키지의 루비 구현으로 처음 시작했다.버전 0.1의 초기 릴리스는 비공식적으로나 조직된 "해커톤" 이벤트에서 기여자들에 의해 자주 업데이트되었다. 2005년 6월, 바이오루비는 탐색적 소프트웨어 프로젝트로서 IPA의 자금 지원을 받아 2006년 2월 버전 1.0.0의 출시로 정점을 찍었다.[7][8]2009년과 2012년 사이 바이오루비는 코드베이스를 개선하기 위한 다수의 구글 서머 오브 코드 프로젝트의 초점이 되었다.[9]바이오루비 버전 2.0.0은 2019년에 출시되었다.[6]null

바이오젬

바이오젬은 바이오루비의 핵심 라이브러리를 사용하거나 확장하는 애플리케이션이나 라이브러리를 코딩하고자 하는 바이오정보학자들을 위해 일련의 도구를 제공하며, rubygems.org에서 보석으로 코드를 공유한다.[10]바이오젬 프레임워크를 통해 출판된 어떤 보석도 biogems.info에 등재되어 있다.[11]null

바이오젬은 git 저장소인 디렉토리/파일 비계 설치 및 온라인 패키지 데이터베이스 출시 프로세스를 자동화함으로써 바이오루비 패키지에 대한 모듈화 접근방식을 촉진하고 모듈 제작을 단순화하는 것이 목적이다.[12]null

인기 바이오젬스

# 바이오젬 설명 버전
1 생물학 생물정보학도서관 1.4.3.0001
2 생물다양성 학명 파서 3.1.5
3 단순 스프레드시트 추출기 Apache poi를 사용한 기본 스프레드시트 컨텐츠 추출 0.13.3
4 바이오젬 Ruby용 소프트웨어 생성기 1.36
5 바이오삼공구 Ruby용 Samtools 바인더 2.1.0
6 t2 서버 주점 2 서버와의 상호 작용 지원 1.1.0
7 바이오 ucsc api 루비 ucsc api 0.6.2
8 엔트레즈 http 요청 e-메일을 엔트리즈 0.5.8.1
9 바이오 기기 생물정보학용 가젯 0.4.8
10 시퀀스 서버 폭발물 수색은 쉬워졌어! 0.8.7

참고 항목

참조

  1. ^ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T (October 2010). "BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language". Bioinformatics. 26 (20): 2617–9. doi:10.1093/bioinformatics/btq475. PMC 2951089. PMID 20739307.
  2. ^ "bioruby/README.rdoc at master · bioruby/bioruby". 2014-05-08. Retrieved 2014-11-09.
  3. ^ Mangalam H (2002). "The Bio* toolkits--a brief overview". Brief Bioinform. 3 (3): 296–302. doi:10.1093/bib/3.3.296. PMID 12230038.
  4. ^ Bonnal R, Aerts J, Githinji G, Goto N, MacLean D, Miller C, Mishima H, Pagani M, Ramirez-Gonzalez R, Smant G, Strozzi F, Syme R, Vos R, Wennblom T, Woodcroft B, Katayama T, Prins P (April 2012). "Biogem: an effective tool-based approach for scaling up open source software development in bioinformatics". Bioinformatics. 28 (7): 1035–7. doi:10.1093/bioinformatics/bts080. PMC 3315718. PMID 22332238.
  5. ^ "bioruby/bioruby". BioRuby Project. 2021-05-15. Retrieved 25 May 2021.
  6. ^ a b "BioRuby". bioruby.org. Retrieved 25 May 2021.
  7. ^ "IPA Information-technology Promotion Agency, Japan : IPA:Exploratory IT Human Resources Project (The MITOH Program)".
  8. ^ "[BioRuby] BioRuby 1.0.0 released". 2006-02-27. Retrieved 2014-09-10.
  9. ^ "bioruby/documents". GitHub. Retrieved 25 May 2021.
  10. ^ "RubyGems.org your community gem host". rubygems.org. Retrieved 25 May 2021.
  11. ^ "biogems.info - gems for bioinformatics". biogems.info. Retrieved 25 May 2021.
  12. ^ "Plugins - BioRuby".

외부 링크