확장 폴리(A) 검정
Extension Poly(A) Test![]() |
확장 폴리(A) 시험(ePAT)은 mRNA 분자의 폴리(A) 꼬리 길이를 결정하는 방법을 설명한다. A가 개발하여 기술하였다. 2012년 야닉케 외.
이 방법은 세 단계로 구성된다: 첫 번째 단계에서, 폴리-아데닐화 RNA는 5' 끝에서 폴리-데옥시미딘 시퀀스를 특징으로 하는 DNA 올리고뉴클레오타이드에 혼합된다. 클레노우 중합효소는 그 후 DNA 올리고뉴클레오티드를 템플릿으로 사용하여 mRNA의 3'끝의 연장을 촉매로 한다. 이 반응은 25 °C에서 일어난다. 두 번째 단계에서 역분해효소 합성은 mRNA의 확장된 3의 끝으로 분해된 DNA 올리고뉴클레오티드를 확장한다. 내부 폴리(A) 시퀀스에 혼합된 DNA 과점자가 역전사의 프라이머 역할을 하지 않도록 하기 위해 55°C에서 두 번째 단계를 수행한다. 세 번째 및 마지막 단계는 PCR을 통해 새로 합성된 cDNA를 증폭하는 것이다. 이 PCR에는 유전자별 프라이머 1개와 범용 프라이머 1개가 필요하다. 증폭기 길이를 분석하면 두 개의 프라이머가 나란히 배치된 시퀀스(즉, 샘플 mRNA의 폴리(A) 꼬리 길이)를 추정할 수 있다.
저자들에 따르면, 폴리(A) 꼬리 길이의 측정과 다른 기록들 사이의 분포에 따르면, 이 방법은 단백질 번역 상태에 대한 더 지루한 분석 대신에 세포의 번역 상태를 결정하는 데 사용될 수 있다.[1]
참조
- ^ Jänicke A, Vancuylenberg J, Boag PR, Traven A, Beilharz TH (June 2012). "ePAT: a simple method to tag adenylated RNA to measure poly(A)-tail length and other 3' RACE applications". RNA. 18 (6): 1289–95. doi:10.1261/rna.031898.111. PMC 3358650. PMID 22543866.