플라이 익스프레스
FlyExpress
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| 안정된 릴리스 | v7 |
|---|---|
| 유형 | 생물정보학 |
| 면허증. | 프리웨어 |
| 웹 사이트 | www |
FlyExpress는 BDGP, Fly-FISH에서 제출한 일련의 이미지와 4,000개가 넘는 [1]유전자의 10만 개 이상의 이미지를 포함하는 다른 연구자들의 출판물을 통해 배아 발생 시 드로소필라 멜라노거스터의 발현 패턴을 수집하는 무료 데이터베이스입니다.현재 온라인 및 아이폰 어플리케이션 [2][3]모두 무료로 이용하실 수 있습니다.
역사
FlyExpress는 애리조나 주립대학 바이오데사인 연구소의 진화 의학 및 정보학 센터에 의해 개발되었으며 NIH 조성금의 자금과 지원을 받아 2011년에 출시되었습니다.
특징들
FlyExpress에서 사용할 수 있는 주요 이미지는 GEM 또는 게놈 전체 표현 맵으로, 열 지도를 통해 플라이 발달 상태에서의 유전자의 공간 패턴을 표시합니다.열 지도의 어두운 영역이 더 높은 발현 유전자 [4]수와 관련이 있기 때문에, 이러한 유전자가 어디에서 발현되는지에 대한 시각적 단서가 될 뿐만 아니라, 얼마나 많은 유전자가 같은 근방에서 발현되는지에 대한 시각적 단서도 제공합니다.
이미지(유전자명, PubMed ID, 이미지 ID 또는 특정 키워드를 사용하여)를 검색할 때, 일련의 GEM이 유전자가 내림차순 단계 및 [5]배아의 뷰에 포함된 두 개의 데이터베이스에서 표시됩니다.배아의 소스 및 실험 프로토콜과 같은 다양한 세부 사항도 표시됩니다.모든 발현 패턴은 유전자의 야생형 대립 유전자를 반영한다.
유전자를 이미지로 분류하는 것은 유전자의 영향을 이해하는 시각화를 가능하게 할 뿐만 아니라 여러 개의 다른 유전자 사이의 패턴을 대조하는 것을 가능하게 한다.FlyExpress에는 Basic Expression Search Tool for Images(BESTi)를 통해 지정된 공간 프로파일을 사용하여 이미지 간에[6] 유사한 표현 패턴을 검색하는 주요 기능이 있으며 패턴의 기준에 맞는 모든 이미지와 유전자를 불러옵니다.BDGP 및 Fly-FISH 데이터베이스 내에서 유전자의 특정 분류 및 발현 위치를 검색하여 우선 특정 유전자를 특정하지 않고도 유사한 결과를 얻을 수 있습니다.GEM 간 검색은 텍스트 기준을 통해 유전자를 검색하는 것보다 더 나은 결과를 제공하는 경향이 있으며, 텍스트는 항상 모든 것을 포함하는 텍스트 주석과 레이블을 포함하지 않을 수 있으므로 검색 시 중복되는 유전자의 수가 적다.
레퍼런스
- ^ Wolf, M. J.; Rockman, H. A. (2011). "Drosophila, Genetic Screens, and Cardiac Function". Circulation Research. 109 (7): 794–806. doi:10.1161/CIRCRESAHA.111.244897. PMC 3678974. PMID 21921272.
- ^ Kumar, S.; Konikoff, C.; Van Emden, B.; Busick, C.; Davis, K. T.; Ji, S.; Wu, L. -W.; Ramos, H.; Brody, T.; Panchanathan, S.; Ye, J.; Karr, T. L.; Gerold, K.; McCutchan, M.; Newfeld, S. J. (2011). "FlyExpress: Visual mining of spatiotemporal patterns for genes and publications in Drosophila embryogenesis". Bioinformatics. 27 (23): 3319–3320. doi:10.1093/bioinformatics/btr567. PMC 3223365. PMID 21994220.
- ^ Kumar, S.; Boccia, K.; McCutchan, M.; Ye, J. (2012). "Exploring spatial patterns of gene expression from Fruit Fly embryogenesis on the iPhone". Bioinformatics. 28 (21): 2847–2848. doi:10.1093/bioinformatics/bts518. PMC 3476331. PMID 22923306.
- ^ Konikoff, C. E.; Karr, T. L.; McCutchan, M.; Newfeld, S. J.; Kumar, S. (2012). "Comparison of embryonic expression within multigene families using the flyexpress discovery platform reveals more spatial than temporal divergence". Developmental Dynamics. 241 (1): 150–160. doi:10.1002/dvdy.22749. PMC 3241901. PMID 21960044.
- ^ "Best Of The Web: FlyExpress", GEN: Genetic Engineering & Biotechnology News, Oct 15, 2012
- ^ Guo, Fan; Li, Lei; Faloutsos, Christos; Xing, Eric P. (2008). "C-DEM: a multi-modal query system for Drosophila Embryo databases". Proceedings of the VLDB Endowment. 1 (2): 1508–1511.
