상대적 및 절대 정량화를 위한 이소바르틱 태그

Isobaric tag for relative and absolute quantitation
8plex iTRAQ 키트

상대적 및 절대적 정량화에 대한 이소바르틱 태그(iTRAQ)는 단일한 실험에서 다른 선원의 단백질 양을 결정하기 위해 탠덤 질량 분광법에 의해 정량적 프로테오믹스에 사용되는 이소바르식 라벨링 방법이다.[1][2][3] N-terminus와 단백질의 측면 체인 아민에 접합될 수 있는 안정적 동위원소 라벨 분자를 사용한다.

절차

ITRAQ 방법은 다양한 질량의 태그가 있는 단백질 소화 펩타이드의 N-terminus 및 측면 체인 아민에 대한 공동 라벨링을 기반으로 한다. 현재 주로 사용되는 시약은 4-플렉스 및 8-플렉스 두 가지가 있으며, 다른 시료/치료제의 모든 펩타이드에 라벨을 붙이는 데 사용할 수 있다.[citation needed] 그런 다음 이 샘플들은 보통 액체 크로마토그래피에 의해 분리되고 탠덤 질량 분석(MS/MS)에 의해 분석된다. 그런 다음, 데이터베이스 검색은 라벨이 부착된 펩타이드와 그에 상응하는 단백질을 식별하기 위해 조각화 데이터를 사용하여 수행된다. 첨부된 태그의 파편화는 낮은 분자량 리포터 이온을 생성하는데, 이 이온을 펩타이드와 그것들이 발원한 단백질을 비교적 정량화하는 데 사용할 수 있다.

데이터 평가

펩타이드 수준에서 각 MS/MS 스펙트럼의 리포터 이온 신호는 이 스펙트럼으로 식별된 펩타이드의 상대적 풍부함(비율)을 계산할 수 있다.[citation needed] 리포터 이온의 풍부함은 MS/MS 데이터에서 둘 이상의 단일 신호로 구성될 수 있으며, 그 신호는 히스토그램 스펙트럼으로부터 어떤 방식으로 통합되어야 한다.

단백질 수준에서 단백질 펩타이드의 결합 비율은 해당 단백질의 상대적 정량화를 나타낸다.

MS/MS 스펙트럼은 자유롭게 이용할 수 있는 i-Tracker와[4] jTraqX 소프트웨어를 사용해 분석할 수 있다.

참조

  1. ^ Ross PL, Huang YN, Marchese JN, Williamson B, Parker K, Hattan S, Khainovski N, Pillai S, Dey S, Daniels S, Purkayastha S, Juhasz P, Martin S, Bartlet-Jones M, He F, Jacobson A, Pappin DJ (2004). "Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents". Mol. Cell. Proteomics. 3 (12): 1154–69. doi:10.1074/mcp.M400129-MCP200. PMID 15385600.
  2. ^ Zieske LR (2006). "A perspective on the use of iTRAQ reagent technology for protein complex and profiling studies". J. Exp. Bot. 57 (7): 1501–8. doi:10.1093/jxb/erj168. PMID 16574745.
  3. ^ Gafken PR, Lampe PD (2006). "Methodologies for characterizing phosphoproteins by mass spectrometry". Cell Commun. Adhes. 13 (5–6): 249–62. doi:10.1080/15419060601077917. PMC 2185548. PMID 17162667.
  4. ^ Shadforth IP, Dunnley PJ, Lilley KS, Bessant C (2005). "i-Tracker: For quantitative proteomics using iTRAQ". BMC Genomics. 6: 145. doi:10.1186/1471-2164-6-145. PMC 1276793. PMID 16242023.
  5. ^ Muth, T, et al., jTraqX: 단백질 수준에서의 이소바라크 태그 정량화를 위한 무료 플랫폼 독립 도구, Proteomics, 2010, 10(6): 1223-1225, doi:10.1002/pmic.200900374
  6. ^ 단백질-ms - SourceForge.net에서 /jTraqX 찾아보기

추가 읽기

  • Ow, Saw Yen; Salim, Malinda; Noirel, Josselin; Evans, Caroline; Rehman, Ishtiaq; Wright, Phillip C. (2009). "iTRAQ Underestimation in Simple and Complex Mixtures: "The Good, the Bad and the Ugly"". Journal of Proteome Research. 8 (11): 5347–5355. doi:10.1021/pr900634c. ISSN 1535-3893. PMID 19754192.


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