동위원소 코드화된 선호도 태그

Isotope-coded affinity tag

ICAT(동위원소 코딩 선호도 태그)는 화학적 라벨링 시약을 사용하는 질량 분광법에 의한 정량적 프로테오믹스에 사용되는 체내 동위원소 라벨링 방법이다.[1][2][3] 이러한 화학 탐침은 아미노산 사이드 체인에 라벨을 붙이기 위한 반응성 그룹(예: 시스테인 잔류물을 수정하기 위한 이오도아세타미드), 동위원소 코딩 링커, 라벨이 부착된 단백질/펩타이드의 친화도 격리를 위한 태그(예: 바이오틴)의 세 가지 요소로 구성된다. 샘플들은 결합되어 크로마토그래피를 통해 분리된 다음 질량 분광계를 통해 보내져 단백질 사이의 질량 대 충전 비율을 결정한다. 펩타이드 성분이 함유된 시스테인만 분석할 수 있다. 펩타이드 성분이 함유된 시스테인만 분석하기 때문에, 종종 사후 변환 수정은 상실된다.[4]

개발

원래의 태그는 중수소를 사용하여 개발되었으나, 후에 같은 그룹이 13C를 사용하여 태그들을 재설계하여 중수소가 기둥의 정지 위상과 상호 작용하여 액체 크로마토그래피 중에 피크 분리 문제를 회피하였다.[5]

정량적 프로테오믹스

두 개의 프로테오메트의 정량적 비교를 위해, 한 표본은 동위원소 빛(d0) 탐침으로, 다른 표본은 동위원소 무게(d8) 버전으로 라벨을 부착한다. 그런 다음 오류를 최소화하기 위해 두 검체를 결합하여 프로테아제(즉, 트립신)로 소화하고 아비딘 친화도 크로마토그래피에 따라 동위원소 코딩 태그 시약이 부착된 펩타이드 성분을 분리한다. 이 펩타이드들은 액체 크로마토그래피-질량분석(LC-MS)에 의해 분석된다. 차등 질량 태그 펩타이드 쌍의 신호 강도 비율을 정량화하여 두 표본의 단백질 상대 수준을 결정한다.

참조

  1. ^ Colangelo, Christopher M.; Williams, Kenneth R. (2006). "Isotope-Coded Affinity Tags for Protein Quantification". New and Emerging Proteomic Techniques. Methods in Molecular Biology. Vol. 328. pp. 151–158. doi:10.1385/1-59745-026-X:151. ISBN 978-1-59745-026-3. PMID 16785647.
  2. ^ Gygi SP, Rist B, Gerber SA, Turecek F, Gelb MH, Aebersold R (October 1999). "Quantitative analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tags". Nature Biotechnology. 17 (10): 994–9. doi:10.1038/13690. PMID 10504701.
  3. ^ US 6670194 "복합 혼합물의 단백질 또는 단백질 함수에 대한 신속한 정량 분석," 루돌프 한스 애버솔드 외 연구진.
  4. ^ "iCAT". Proteomics. Retrieved 2020-06-07.
  5. ^ Yi, E.C; et al. (2005). "Increased quantitative proteome coverage with (13)C/(12)C-based, acid-cleavable isotope-coded affinity tag reagent and modified data acquisition scheme". Proteomics. 5 (2): 380–7. doi:10.1002/pmic.200400970. PMID 15648049.