마이크로어레이 데이터베이스
Microarray databases마이크로어레이 데이터베이스는 마이크로어레이 유전자 발현 데이터를 포함하는 리포지토리다.마이크로 어레이 데이터베이스의 주요 용도는 측정 데이터를 저장하고, 검색 가능한 색인을 관리하며, 데이터를 분석 및 해석(직접 또는 사용자 다운로드를 통해)을 위해 다른 애플리케이션에 사용할 수 있도록 하는 것이다.null
마이크로어레이 데이터베이스는 두 가지 고유한 클래스로 분류될 수 있다.
- 동료 검토 대상인 공공 저장소는 학술 또는 산업 표준을 준수하며 많은 분석 애플리케이션과 그룹이 사용하도록 설계된다.그 좋은 예가 NCBI의 GEO(Gene Expression 옴니버스)나 EBI의 ArrayExpress이다.
- 상업적이든 비영리적이든 학술적이든 특정 기업(랩, 회사, 대학, 컨소시엄, 그룹), 애플리케이션 제품군, 주제 또는 분석 방법과 주로 연관된 전문 저장소.이러한 데이터베이스는 다음 특성 중 하나 이상을 가질 수 있다.
- 전체 접속을 위해서는 가입이나 면허가 필요할 수 있다.
- 내용은 주로 특정 그룹(예: SMD 또는 UPSC-BASE), 면역 게놈 프로젝트에서 나올 수 있다.
- 누가 데이터를 사용할 수 있는지 또는 어떤 목적으로 데이터를 사용할 수 있는지에 제약이 있을 수 있다.
- 새로운 데이터를 제출하기 위해 특별한 허가가 필요할 수도 있고, 또는 명백한 과정이 전혀 없을 수도 있다.
- 데이터를 사용하기 위해 특정 애플리케이션만 장착할 수 있으며, 동일한 엔티티와도 종종 관련될 수 있다(예를 들어, NCI의 caArray는 caB에 특화되어 있다).IG),
- 표준 애플리케이션 또는 분석을 위해 데이터의 추가 처리 또는 재포맷이 필요할 수 있다.
- 그들은 마이크로 어레이 데이터를 위한 표준 중앙 집중식 저장소를 보유해야 하는 '긴급 요구'를 해결한다고 주장한다.(예: 2003년에 마지막으로 업데이트된 YMD 참조)
- 공공 리포지토리 중 하나에 대해 점진적으로 개선해야 한다는 주장이 있다.
- 하나 이상의 공용 데이터베이스의 연구를 통합하는 메타 분석 애플리케이션(예: Gemma는 주로 GEO 연구를 사용하며 NextBio는 다양한 소스를 사용함)
가장 잘 알려진 커리큘럼 마이크로 어레이 데이터베이스는 다음과 같다.
| 데이터베이스 | 범위 | 마이크로어레이 실험 세트 | 단면 검토 | 현재 |
|---|---|---|---|---|
| 배열트랙 | ArrayTrack은 통합 분석 툴을 사용하여 MAQC 벤치마크 데이터를 포함한 공용 및 개인 데이터를 모두 호스팅한다. | 1622 | 50,093 | 2012년 2월 |
| NCI mAdb | 통합 분석 및 통계 도구를 사용하여 NCI 데이터 호스팅 | ? | 105,000 | 2012년 3월 |
| ImGen 데이터베이스 | 모든 면역 시스템 셀에 대한 개방형 액세스, 표현 데이터, 차등 표현, 상관식 클러스터, 규제 | 267 | 1059 | 2012년 1월 |
| 게네베스티게이터 | 수동으로 커스터마이징되고 주석을 잘 붙인 공공 및 독점 마이크로어레이 및 RNA-seq 데이터셋을 기반으로 하는 유전자 표현 검색 엔진 | 3228 | 232,855 | 2016년 10월 |
| 진 표현 옴니버스 - NCBI | 모든 MIAME 준수 분자 풍부 연구 | 25859 | 641770 | 2011년 10월 28일 |
| EBI에서 ArrayExpress | 큐레이션된 MIAME 또는 MINSEQE 호환 Transcriptomics 데이터 | 24838 | 708914 | 2011년 10월 28일 |
| Stanford Microarray 데이터베이스 | 비공개 및 게시된 마이크로 어레이 및 분자 풍부 데이터베이스(현재 삭제됨) | 82542 | ? | 2011년 10월 23일 |
| 암 게놈 지도책(TCGA) | 다른 암에 대한 표현 데이터 수집 | 21229 | ? | 2013년 8월 30일 |
| 진네트워크 시스템 | 분석 제품군을 통해 유전자 분석을 위한 RNA-seq 데이터(eQTL 연구)에 대한 개방형 액세스 표준 어레이, exon 어레이 및 RNA-seq 데이터 | ~100 | ~10000 | 2010년 7월 |
| UNC modENcODE Microarray 데이터베이스 | Nimblegen 고객 210만 어레이 | ~6 | 180 | 2009년 7월 17일 |
| UPSC-베이스 | UPSC(Umeå Plant Science Center) 내에서 마이크로 어레이 분석을 통해 생성된 데이터. | ~100 | ? | 2007년 11월 15일 |
| UPenn RAD 데이터베이스 | ArrayExpress와 연결된 MIAME 호환 공용 및 개인 스터디 | ~100 | ~2500 | 2007년 9월 1일 |
| UNC 마이크로어레이 데이터베이스 | 마이크로 어레이 데이터 스토리지, 검색, 분석 및 시각화를 위한 서비스 제공 | ~31 | 2093 | 2007년 4월 1일 |
| MUSC 데이터베이스 | 이 데이터베이스는 세계 연구계의 연구자뿐만 아니라 MUSC 조사관들이 생성하는 DNA 마이크로 어레이 데이터의 보고다. | ~45 | 555 | 2007년 4월 1일 |
| NCI의 CaArray | caB 분석을 위해 준비된 암 데이터IG | 41 | 1741 | 2006년 11월 15일 |
