모듈:ImportProtein/doc

Module

목적

이 모듈에서는 일반 텍스트 단백질 파일을 템플릿 매개 변수로 붙여넣어 주석이 달린 그림 및 범례를 가져올 수 있습니다.'모듈 토크' 참조:ImportProtein/Src(gene)는 Src(gene)에서 시험 사용 중인 예입니다.

일반적으로 그림은 별도의 페이지에 배치하고 변환해야 합니다.사람들이 반대로 조언할 때까지 우주 모듈은 다음과 같이 말합니다.여기에는 ImportProtein/(기사명)이 사용되고 있습니다(Wikipedia 기사 공간에는 AFIK가 설정되어 있지 않습니다).

파라미터

파라미터는 다음과 같습니다.

  • 파일이 이름 없는 매개 변수입니다.[1] 또는 [2]와 같은 사이트에서 잘라낸 표준 GenPept 형식 파일이어야 합니다.
  • tableoutput - 단백질 특징의 긴 표 표시 여부/방법을 결정합니다.기본값인 접힘은 표를 닫힌 형식으로 표시하는 것으로 시작합니다.접힘은 처음에 열린 상태로 둡니다.no는 테이블 출력이 없음을 의미합니다.다른 것은 비콜랩 테이블로 남습니다.
  • 높이(기본값 50) - 주변 내용을 세지 않는 단백질 막대 자체의 높이(픽셀)
  • 너비(기본값 500) - 단백질 막대와 다른 모든 표 및 범례 재료의 너비(픽셀 단위)
  • background(기본값 #33333) - 장식되지 않은 단백질 바의 색상(N 말단 및 C 말단 영역의 순서가 흐트러짐 등)
  • vtext(기본값 25) - 각 사이트 아래에 수직으로 쓴 주석 문자 수
  • vwidth(기본값 4) - 수직 레이블이 서로 근접할 수 있는 정도를 결정합니다.맞지 않는 레이블은 표시되지 않지만 누락된 레이블의 숫자 위치는 더 아래에 표시됩니다.일반적으로 사용자는 표를 참조하여 마지막에 있는 매개 변수를 사용하여 적합하도록 처리해야 합니다.
  • large only region(기본값 20) - 가로로 굵은 글씨로 표시된 큰 도메인에만 할당된 수직 픽셀 수입니다.

출력을 보다 쉽게 커스터마이즈하기 위해 많은 파라미터가 존재합니다.세로로 표시된 겹치는 피쳐는 무작위로 표시되지 않으므로 알려진 모든 사이트를 적절하게 설명하는 데 이러한 피쳐가 필요할 수 있습니다.그 외, 사용하는 라벨을 개량하는 경우도 있습니다.

  • usenotes - 별로 도움이 되지 않는 "region_name" 또는 "site_type" 이름의 목록입니다."notes" 아래의 항목은 다른 모든 작업의 기능 이름으로 사용됩니다.
  • include - 기본적으로 모두이며, 이 경우 제외할 레이블을 제외와 함께 개별적으로 언급해야 합니다.다른 값이 지정되면 따옴표로 둘러싸인 이름 리스트여야 합니다.이들 이름만 그림 또는 테이블에 표시됩니다.
  • exclude -- 기본 no effect에는 생략합니다.이름별 기능 목록(따옴표 포함)은 언급하지 않습니다.이들 또한 표에서 생략되어 있습니다.
  • substitute - 콜론으로 구분된 기능 이름 및 대체 기능 목록입니다."바인딩":ATP 바인딩 사이트"는 "바인딩"이라는 이름의 기능을 변환하여 대신 두 번째 이름을 표시합니다.이것은 모든 주석에 영향을 줍니다.이름을 "로 대체하면 텍스트는 억제되지만 단백질 다이어그램의 마킹은 억제되지 않습니다.
  • replace region -- 숫자 범위 xx 목록..yy 뒤에 콜론과 따옴표가 붙습니다.서로 다른 기능의 덩어리에 단일 요약이 필요한 경우 사용합니다.그래서 77...85:"PS/PT/PY"는 이 짧은 텍스트로 여러 개의 인산화 아미노산 그룹에 주석을 달 수 있다.텍스트의 배치는 선택한 영역의 중심에 있습니다.따라서 이 기능을 사용하여 필요에 따라 마킹을 추가할 수 있습니다.Replace region은 모티브 테이블에 영향을 주지 않습니다.
  • toprow - 단백질 그래픽 상자 상단에 컬러 표시로 표시되는 모티브(예: 2차 구조 - 나선형, 시트, 회전)의 목록입니다.수직 주석은 제공되지 않습니다.수직 주석 아래에 있는 범례에 색상별로 목록이 표시됩니다.

물론 많은 단백질의 경우 다기능성을 위해 원본의 손상되지 않은 사본을 유지할 수 있기를 바라며 모듈의 유연성이 제공되지만, 원래의 단백질 배열 주석을 직접 편집하여 문제를 해결할 수도 있다.

사용.

이 모듈에는 #가 직접 호출된 경우 보통 페이지를 압도하는 매우 큰 텍스트 입력이 필요합니다.출력은 일반적으로 대량의 HTML 스타일이며, 서브셋이 되어 있는 경우 페이지를 압도합니다.따라서 보통 서브페이지에서 호출하는 것이 가장 좋습니다.(컴팩트함의 또 다른 옵션은 스크린 캡을 사용하는 것일 수 있습니다.)이 영역의 권장 정책을 아직 쿼리하지 않았습니다.