이웃사촌망

Neighbor-net
SplitsTree v4.6에 의해 생성된 인접 네트워크 계통 생성 네트워크의 예.

NeighborNet은[1] 인접 결합 알고리즘에 기반한 계통 생성 네트워크를 구축하기 위한 알고리즘이다.이 방법은 이웃 결합과 마찬가지로 거리 행렬을 입력으로 삼고 군집을 응집하여 작용한다.그러나 NeighborNet 알고리즘은 겹치고 계층을 형성하지 않는 클러스터의 집합으로 이어질 수 있으며, 분할 그래프라고 하는 일종의 계통 생성 네트워크를 사용하여 표현된다.거리 행렬이 Kalmanson 결합 조건을 만족하는 경우 Neighbor-net은 해당 원형 순서를 반환한다.[2][3]이 방법은 SplitsTree 및 R/Pangorn[4][5] 패키지에 구현된다.

이웃넷의 적용 예는 바이러스학,[6] 원예학,[7] 공룡유전학,[8] 비교언어학,[9] 고고학에서 찾을 수 있다.[10]

참조

  1. ^ Bryant D, Moulton V (February 2004). "Neighbor-net: an agglomerative method for the construction of phylogenetic networks". Molecular Biology and Evolution. 21 (2): 255–65. doi:10.1093/molbev/msh018. PMID 14660700.
  2. ^ Bryant D, Moulton V, Spillner A (June 2007). "Consistency of the neighbor-net algorithm". Algorithms for Molecular Biology. 2: 8. doi:10.1186/1748-7188-2-8. PMC 1948893. PMID 17597551.
  3. ^ Levy D, Pachter L (August 2011). "The neighbor-net algorithm". Advances in Applied Mathematics. 47 (2): 240–58. doi:10.1016/j.aam.2010.09.002.
  4. ^ Schliep KP (February 2011). "phangorn: phylogenetic analysis in R". Bioinformatics. 27 (4): 592–3. doi:10.1093/bioinformatics/btq706. PMC 3035803. PMID 21169378.
  5. ^ Schliep K, Potts AA, Morrison DA, Grimm GW (2017). "Intertwining phylogenetic trees and networks". Methods in Ecology and Evolution. 8 (10): 1212–1220. doi:10.1111/2041-210X.12760.
  6. ^ Schmidt-Chanasit J, Bialonski A, Heinemann P, Ulrich RG, Günther S, Rabenau HF, Doerr HW (March 2009). "A 10-year molecular survey of herpes simplex virus type 1 in Germany demonstrates a stable and high prevalence of genotypes A and B". Journal of Clinical Virology. 44 (3): 235–7. doi:10.1016/j.jcv.2008.12.016. PMID 19186100.
  7. ^ Kilian B, Ozkan H, Deusch O, Effgen S, Brandolini A, Kohl J, et al. (January 2007). "Independent wheat B and G genome origins in outcrossing Aegilops progenitor haplotypes". Molecular Biology and Evolution. 24 (1): 217–27. doi:10.1093/molbev/msl151. PMID 17053048.
  8. ^ Buckley M, Walker A, Ho SY, Yang Y, Smith C, Ashton P, et al. (January 2008). "Comment on "Protein sequences from mastodon and Tyrannosaurus rex revealed by mass spectrometry"". Science. 319 (5859): 33, author reply 33. Bibcode:2008Sci...319...33B. doi:10.1126/science.1147046. PMC 2694913. PMID 18174420.
  9. ^ Bowern, Claire (2010). "Historical linguistics in Australia: trees, networks and their implications". Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 365 (1559): 3845–3854. doi:10.1098/rstb.2010.0013. ISSN 0962-8436. PMC 2981908. PMID 21041209.
  10. ^ Shennan S (2009). Pattern and process in cultural evolution. University of California Press.
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