OpenMS

OpenMS
OpenMS
개발자65명 이상
초기 릴리즈2007년 7월 1일; 14년 전(2007-07-01)
안정된 릴리스
2.6.0 / 2020년 9월 30일, 20개월 전(2020-09-30)
저장소
기입처C++(Python과의 바인딩 포함)
운영 체제Linux, Windows, MacOS
크기215 MB[1]
이용가능기간:영어
유형생체정보학/질량분석 소프트웨어
면허증.BSD 라이선스3절
웹 사이트openms.de

OpenMS는 질량분석 데이터 분석 및 처리를 위한 오픈 소스 프로젝트로, 3개 조항 BSD 라이선스에 따라 출시됩니다.Microsoft Windows, MacOS, Linux [2]등 가장 일반적인 운영체제를 지원합니다.

OpenMS는 프로테오믹스 데이터 분석 툴을 갖추고 있어 신호 처리, 특징 발견(디아이소토핑 포함), 1D(스펙트라 또는 크로마토그램 수준), 2D 및 3D 시각화, 지도 매핑 및 펩타이드 식별을 위한 알고리즘을 제공합니다.라벨 프리 및 동위원소 라벨 기반 정량화(iTRAQ, TMT, SILAC 등)를 지원합니다.OpenMS는 또한 DIA/SWATH [2]데이터의 메타로믹스 워크플로우와 표적 분석을 지원합니다.또한 OpenMS는 단백질-단백질, 단백질-RNA, 단백질-DNA 교차연결을 포함한 교차연계 데이터 분석을 위한 도구를 제공합니다.마지막으로 OpenMS는 RNA 질량 분석 데이터를 분석하기 위한 도구를 제공합니다.

OpenMS는 OpenMS 기능의 대부분을 명령줄 도구로 변환하는 OpenMS 파이프라인(TOPP)을 제공합니다.이러한 TOPP 도구는 워크플로우 매니저 NextFlow 또는 [3]KNIME을 사용하여 문제 고유의 분석 파이프라인에 체인으로 연결할 수 있습니다.

역사

OpenMS는 원래 버전 1.0으로 2007년에 출시되었으며, 2007년과 2008년에 BioInformatics에 발표된 두 개의 기사에서 설명되었으며, 그 이후로 계속 [4][5]출시되고 있습니다.2009년에는 시각화 도구 TOPPView가 공개되었고[6] 2012년에는 워크플로우 관리자 및 편집자 TOPPAS가 [7]설명되었습니다.2013년에는 OpenMS 1.8을 사용한 완전한 높은 처리량 라벨 프리 분석 파이프라인을 설명하고 유사한 독점 소프트웨어(MaxQuant 및 Progenesis 등)와 비교했습니다.저자들은 "[...] 3가지 소프트웨어 솔루션 모두 적절하고 대체로 동등한 정량 결과를 얻을 수 있습니다.모두 몇 가지 약점을 가지고 있으며, 우리가 조사한 모든 면에서 다른 두 가지를 능가할 수 있는 것은 없습니다.그러나 OpenMS의 퍼포먼스는 테스트된 두 경쟁사의 퍼포먼스와 동등합니다.[...][8]

OpenMS 1.10 릴리즈에는 OpenSWATH(타깃 DIA 데이터 분석 도구), 대사체 피처 파인더 및 TMT 분석 도구 등 몇 가지 새로운 분석 도구가 포함되어 있습니다.또한 TraML 1.0.0과 검색엔진 MriiMatch에 대한 완전한 지원이 추가되었습니다.[9]OpenMS 1.11 릴리스는 Python 프로그래밍 언어(termed pyOpenMS)[10]에 완전히 통합된 바인딩을 포함하는 첫 번째 릴리스입니다.또한 QcML(품질 관리)을 지원하고 정확한 질량 분석을 위해 새로운 툴이 추가되었습니다.메모리와 CPU의 [11]퍼포먼스에 관해서, 복수의 툴이 큰폭으로 개선되었습니다.

2015년 4월에 출시된 OpenMS 2.0에서는 GPL 코드가 완전히 지워진 새로운 버전을 제공하고 버전 관리 및 티켓팅 시스템에 Git(GitHub와 조합)을 사용합니다.기타 변경사항으로는 mzIdentML, mzQuantML 및 mzTab이 지원되며 커널이 개선되어 mzML에 저장된 데이터에 보다 빠르게 액세스할 수 있으며 질량 분석 [12]데이터에 액세스하기 위한 새로운 API가 제공됩니다.2016년 OpenMS 2.0의 새로운 기능은 Nature [13]Methods 기사에서 설명되었습니다.

OpenMS는 현재 베를린 자유대학의 Knut[14] Reinert 그룹, Tübingen 대학의[15] Oliver Kohlbacher 그룹, ETH Zurich의 Ruei[16] Aebersold 그룹의 기부를 받아 개발되고 있습니다.

특징들

OpenMS는 질량 분석 데이터 분석(TOPP 도구)을 위해 파이프라인에 연결할 수 있는 100개 이상의 실행 도구 세트를 제공합니다.또한 스펙트럼 및 크로마토그램(1D), 질량 분석 열 지도(2D m/z 대 RT)를 위한 시각화 도구와 질량 분석 실험의 3차원 시각화를 제공한다.마지막으로 OpenMS는 LC/MS 데이터 관리 및 분석을 위한 C++ 라이브러리(1.11 이후 Python에 대한 바인딩 포함)를 제공하여 개발자가 OpenMS 라이브러리를 사용하여 새로운 도구를 만들고 자체 알고리즘을 구현할 수 있도록 합니다.OpenMS는 3조항의 BSD 라이선스(이전에는 LGPL)로 이용 가능한 무료 소프트웨어입니다.

특히 신호 처리, 특징 발견(디아이소토핑 포함), 시각화, 지도 매핑 및 펩타이드 식별을 위한 알고리즘을 제공합니다.라벨 프리 및 동위원소 라벨 기반 정량화(iTRAQ, TMT, SILAC 등)를 지원합니다.

TOPPView는 3D뿐만 아니라 MS1 및 MS2 수준에서 질량 분석 데이터를 시각화할 수 있는 뷰어이며, SRM 실험의 크로마토그래피 데이터도 표시합니다(버전 1.10).OpenMS는 질량 분석 데이터에 대해 현재 및 향후 출시될 프로테오믹스 표준 이니셔티브(PSI) 형식과 호환됩니다.

릴리스

버전 날짜. 특징들
이전 버전, 더 이상 유지 보수되지 않음: 2009년 11월 새로운 버전의 TOPPAS, 압축 XML 파일 읽기, 식별 기반 정렬
이전 버전, 유지 보수 불필요: 1.7.0 2010년 9월 단백질 정량, protXML 지원, 포함/제외 목록 생성
이전 버전, 유지 보수 불필요: 1.8.0 2011년 3월 식별 결과 표시, QT 클러스터링 기반 기능 링크
이전 버전, 유지 보수 불필요: 1.9.0 2012년 2월 대사학 지원, 원시(프로파일) 데이터에서의 특징 검출
이전 버전, 더 이상 유지 보수되지 않음: 1.10.0 2013년 3월 KNIME 통합, 대상 SWATH-MS 분석 지원, TraML 지원, SuperHirn 통합, MiriMatch 지원
이전 버전, 유지 보수 불필요: 1.11.0 2013년 8월 Python 바인딩 지원, 성능 향상, 마스코트 2.4 지원
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.0 2015년 4월 mzQuantL, mzIdentML, mzTab, 인덱스된 mzML, GPL 코드 삭제, git으로 전환, Fido 지원, MSGF+, Percolator
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.0.1 2016년 4월 파일 읽기 속도 향상, mzIdentML 및 mzTab 지원, 요소 플럭스 분석, 표적 분석 생성, Comet 및 Luciphor 지원
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.1.0 2016년 11월 대사물 SWATH-MS 지원, RT 정렬을 위한 낮은 변환, 개선된 대사 특성 소견
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.2.0 2017년 7월 KD 트리를 사용한 고속 기능 링크, RNA 가교 지원, SpectraST 지원, SWATH 검색 지원, SQLite 파일 형식
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.3.0 2018년 1월 단백질-단백질 가교, Comet 지원, 분수 지원, TMT 11plex, Python 바인딩 구축 개선
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.4.0 2018년 10월 MaraCluster, Crux, MSFragger, MSstats, SIRIUS, 이온 이동성 및 DIA 시각화, 라이브러리 개선 지원
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.5.0 2020년 2월 RNA 질량 분석 지원, QualityControl 워크플로우, 확장 OpenSWATH 지원, ProteomicsLFQ
이전 버전, 유지 보수 불필요: 2.6.0 2020년 9월 PyOpenMS 휠 빌드, 데이터베이스 적합성 도구, SLIM 라벨링 지원
현재 안정적인 버전: 2.7.0 2021년 7월 NOVOR 및 MSFragger 지원 향상, SIRIUS 4.9.0의 경우 QCCalculator에서 mzQC 형식 내보내기, NIST MSP 파일 읽기 및 쓰기 향상
향후 출시: 3.0.0 H2 2022
범례:
구버전
이전 버전, 아직 유지 관리됨
최신 버전
최신 프리뷰 버전
향후 출시

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ OpenMS 릴리즈
  2. ^ a b Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U, Veit J, Walzer M, Wojnar D, Wolski WE, Schilling O, Choudhary JS, Malmström L, Aebersold R, Reinert K, Kohlbacher O (2016). "OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis" (PDF). Nat. Methods. 13 (9): 741–8. doi:10.1038/nmeth.3959. PMID 27575624. S2CID 873670.
  3. ^ Alka O, Sachsenberg T, Bichmann L, Pfeuffer J, Weisser H, Wein S, Netz E, Rurik M, Kohlbacher O, Röst H (2020). "CHAPTER 6:OpenMS and KNIME for Mass Spectrometry Data Processing". OpenMS and KNIME for Mass Spectrometry Data Processing. pp. 201–231. doi:10.1039/9781788019880-00201. S2CID 216209215.
  4. ^ Sturm, M.; Bertsch, A.; Gröpl, C.; Hildebrandt, A.; Hussong, R.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Zerck, A.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. (2008). "OpenMS – an open-source software framework for mass spectrometry". BMC Bioinformatics. 9: 163. doi:10.1186/1471-2105-9-163. PMC 2311306. PMID 18366760.
  5. ^ Kohlbacher, O.; Reinert, K.; Gropl, C.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Sturm, M. (2007). "TOPP--the OpenMS proteomics pipeline". Bioinformatics. 23 (2): e191–e197. doi:10.1093/bioinformatics/btl299. PMID 17237091.
  6. ^ Sturm, M.; Kohlbacher, O. (2009). "TOPPView: An Open-Source Viewer for Mass Spectrometry Data". Journal of Proteome Research. 8 (7): 3760–3763. doi:10.1021/pr900171m. PMID 19425593.
  7. ^ Junker, J.; Bielow, C.; Bertsch, A.; Sturm, M.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. (2012). "TOPPAS: A Graphical Workflow Editor for the Analysis of High-Throughput Proteomics Data". Journal of Proteome Research. 11 (7): 3914–3920. doi:10.1021/pr300187f. PMID 22583024.
  8. ^ Weisser, H.; Nahnsen, S.; Grossmann, J.; Nilse, L.; Quandt, A.; Brauer, H.; Sturm, M.; Kenar, E.; Kohlbacher, O.; Aebersold, R.; Malmström, L. (2013). "An Automated Pipeline for High-Throughput Label-Free Quantitative Proteomics". Journal of Proteome Research. 12 (4): 1628–44. doi:10.1021/pr300992u. PMID 23391308.
  9. ^ "OpenMS 1.10 released". Retrieved 4 July 2013.
  10. ^ "pyopenms 1.11 : Python Package Index". Retrieved 27 October 2013.
  11. ^ "OpenMS 1.11 released". Retrieved 27 October 2013.
  12. ^ Röst HL, Schmitt U, Aebersold R, Malmström L (2015). "Fast and Efficient XML Data Access for Next-Generation Mass Spectrometry". PLOS ONE. 10 (4): e0125108. Bibcode:2015PLoSO..1025108R. doi:10.1371/journal.pone.0125108. PMC 4416046. PMID 25927999.
  13. ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, et al. (2016). "OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis" (PDF). Nature Methods. 13 (9): 741–8. doi:10.1038/nmeth.3959. PMID 27575624. S2CID 873670.
  14. ^ 그룹 재삽입
  15. ^ 콜바허 군
  16. ^ "Aebersold group". Archived from the original on 2011-07-20. Retrieved 2013-07-01.

외부 링크