PSORTDB
PSORTdb | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 단백질 세포하 국재 데이터베이스 |
| 유기체 | 원핵생물 |
| 연락 | |
| 연구소 | 사이먼 프레이저 대학교 |
| 실험실. | 분자생물생화학부 |
| 작가들 | 세바스티앙 레이 |
| 주요 인용문 | 레이&알 (2005)[1] |
| 발매일 | 2010년 (v.2.0) |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://db.psort.org/ |
| 여러가지 종류의 | |
| 면허증. | GNU 일반 공중 라이선스 |
| 버전 | 2.0 |
PSORTdb는 박테리아와 고세균에 대한 단백질 아세포 국재(SCL) 데이터베이스이다.PSORT 계열의 생물정보학 도구의 [1]일원입니다.데이터베이스는 ePSORTdb와 cPSORTdb라는 두 개의 데이터 세트로 구성되며, 각각 실험 검증과 계산 예측을 통해 결정된 정보를 포함합니다.ePSORTdb 데이터 세트는 실험적으로 검증된 SCL 데이터의 [2]가장 큰 큐레이티드 컬렉션입니다.
PSORTdb는 박테리아에 [3]대한 단백질 아세포 국재 예측을 포함하기 위해 2005년에 처음 개발되었다.cPSORTdb 데이터 세트의 계산 예측은 당대 [3][4]가장 정확한 SCL 예측 변수인 PSORTb 2.0 툴에 의해 생성되었다.
PSORTdb의 두 번째 최신 버전은 2010년에 출시되었습니다.NCBI를 통해 새롭게 배열된 원핵생물 게놈을 이용할 수 있게 되면 데이터베이스의 엔트리가 자동으로 생성됩니다.2차 발표 시점에서 ePSORTdb는 박테리아 단백질에 12,000개 이상의 엔트리, 고고 단백질에 800개 이상의 엔트리를 포함했으며, cPSORTdb는 총 3,700,000개 이상의 단백질에 대한 SCL 예측을 포함했다.ePSORTdb 데이터는 수동 문헌 검색(PubMed 사용) 및 Swiss-Prot 주석에서 파생됩니다.cPSORTb 예측은 업데이트된 PSORTb 3.0 [3]도구를 사용하여 생성됩니다.
PSORTdb에는 웹 인터페이스 또는 BLAST를 통해 액세스할 수 있습니다.GNU General Public License에서는 데이터베이스 전체를 다운로드할 수도 있습니다.데이터베이스의 각 용어는 다른 생물정보학 [1]자원과의 통합을 가능하게 하기 위해 Gene Ontology의 식별자와 관련지어진다.
2014년 현재 PSORTdb는 Simon Fraser [5][6]University의 Fiona Brinkman 연구실을 통해 관리되고 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ a b c Rey, Sébastien; Acab Michael; Gardy Jennifer L; Laird Matthew R; deFays Katalin; Lambert Christophe; Brinkman Fiona S L (Jan 2005). "PSORTdb: a protein subcellular localization database for bacteria". Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D164–8. doi:10.1093/nar/gki027. PMC 539981. PMID 15608169.
- ^ "PSORTdb :: Home". Retrieved 1 September 2014.
- ^ a b c Yu, N. Y.; Laird, M. R.; Spencer, C.; Brinkman, F. S. L. (10 November 2010). "PSORTdb--an expanded, auto-updated, user-friendly protein subcellular localization database for Bacteria and Archaea". Nucleic Acids Research. 39 (Database): D241–D244. doi:10.1093/nar/gkq1093. PMC 3013690. PMID 21071402.
- ^ Gardy, JL; Laird, MR; Chen, F; Rey, S; Walsh, CJ; Ester, M; Brinkman, FS (Mar 1, 2005). "PSORTb v.2.0: expanded prediction of bacterial protein subcellular localization and insights gained from comparative proteome analysis". Bioinformatics. 21 (5): 617–23. doi:10.1093/bioinformatics/bti057. PMID 15501914.
- ^ "PSORTdb :: About". Retrieved 1 September 2014.
- ^ "Computational Tools Developed - Fiona Brinkman Laboratory". Retrieved 1 September 2014.
