경로비시오
PathVisio | |
| 초기 릴리즈 | 2008 |
|---|---|
| 안정적 해제 | 3.3.0 / 2018년 1월 28일 |
| 리포지토리 | |
| 기록 위치 | 자바 |
| 운영 체제 | 임의(Java 기반) |
| 유형 | 경로 편집, 분석, 시각화 |
| 면허증 | 아파치 2.0 |
| 웹사이트 | www |
PathVisio는 무료 오픈 소스 경로 분석 및 도면 소프트웨어다.생물학적 경로를 그리고 편집하고 분석할 수 있다.데이터 집합에 과도하게 표현된 관련 경로를 찾기 위한 경로에 대한 하나의 실험 데이터를 시각화할 수 있다.[1][2][3]
PathVisio는 경로 도면, 분석 및 시각화를 위한 기본 기능 세트를 제공한다.[4][5]플러그인으로 추가 기능을 사용할 수 있다.
역사
PathVisio는 주로 Maastricht 대학과 Gladstone Institute에서 만들어졌다.[6]이 소프트웨어는 자바에서 개발되었으며, 또한 애플릿으로 위키패스웨이 프레임워크의 일부로 사용된다.[7]버전 3.0(2012년 출시)부터 플러그인은 OSGi와 호환되며 이를 설명하는 플러그인 디렉토리가 개발됐다.2015년 버전 3.2가 출시되었다.이는 인증기관에서 발급한 인증서로 서명된 첫 번째 버전이었다.새로운 보안 규칙으로 자바 1.7과 1.8에 의해 도입된 실행 문제들이 많이 해결되었다.2013년부터 애플릿을 대체할 자바스크립트 버전(PVJS)이 개발되고 있다.2015년부터는 작은 편집도 할 수 있으며, 향후에는 전체 편집자가 될 것이다.
특징들
- 경로 도면 및 주석[8]
- 경로 분석[9]
- WikiPathways와의 통합으로 편집/게시 용이
- Cytoscape와의[10] 통합
- PathVisioRPC를[11] 통한 다른 프로그래밍 언어와의 통합
참조
- ^ "What is PathVisio?". Retrieved 19 September 2013.
- ^ van Iersel, Martijn P; Kelder, Thomas; Pico, Alexander R; Hanspers, Kristina; Coort, Susan; Conklin, Bruce R; Evelo, Chris (2008). "Presenting and exploring biological pathways with PathVisio". BMC Bioinformatics. 9 (1): 399. doi:10.1186/1471-2105-9-399. ISSN 1471-2105. PMC 2569944. PMID 18817533.
- ^ Kutmon, Martina; van Iersel, Martijn P.; Bohler, Anwesha; Kelder, Thomas; Nunes, Nuno; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T.; Murphy, Robert F. (23 February 2015). "PathVisio 3: An Extendable Pathway Analysis Toolbox". PLOS Computational Biology. 11 (2): e1004085. Bibcode:2015PLSCB..11E4085K. doi:10.1371/journal.pcbi.1004085. PMC 4338111. PMID 25706687.
- ^ Jaiswal, Pankaj; Usadel, Björn (2016). "Chapter 4: Plant Pathway Databases". Plant Bioinformatics. Springer. pp. 71–87. ISBN 978-1-4939-3166-8.
- ^ Habermann, Bianca; Villaveces, Jose; Koti, Prasanna (June 2015). "Tools for visualization and analysis of molecular networks, pathways, and -omics data". Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry. 8: 11–22. doi:10.2147/AABC.S63534. PMC 4461095. PMID 26082651.
- ^ "About/Core development team". Retrieved 10 February 2014.
- ^ Pico, AR; Kelder T; van Iersel MP; Hanspers K; Conklin BR; et al. (22 July 2008). "WikiPathways: Pathway Editing for the People". PLOS Biology. 6 (7): e184. doi:10.1371/journal.pbio.0060184. PMC 2475545. PMID 18651794.
- ^ "Tutorial 1: Drawing and annotating pathways in PathVisio".
- ^ "Tutorial 2: Analyzing experimental data in PathVisio (data import, visualization and statistics)".
- ^ Kutmon, Martina; Lotia, Samad; Evelo, Chris T; Pico, Alexander R (2014). "WikiPathways App for Cytoscape: Making biological pathways amenable to network analysis and visualization". F1000Research. 3: 152. doi:10.12688/f1000research.4254.1. ISSN 2046-1402. PMC 4168754. PMID 25254103.
- ^ Bohler, Anwesha; Eijssen, Lars M T; van Iersel, Martijn P; Leemans, Christ; Willighagen, Egon L; Kutmon, Martina; Jaillard, Magali; Evelo, Chris T (2015). "Automatically visualise and analyse data on pathways using PathVisioRPC from any programming environment". BMC Bioinformatics. 16: 267. doi:10.1186/s12859-015-0708-8. PMC 4546821. PMID 26298294.
