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WikiPathways
WikiPathways: 생물학적 경로를 위한 개방형 자원.
WikiPathways logo
내용
설명생물학적 경로의 수집, 유지 및 분배를 위한 위키 기반 리소스
연락처
1차 인용PMID 18651794
접근
데이터 형식GPML
바이오팩스
웹사이트http://www.wikipathways.org
다운로드 URL경로
웹 서비스 URL쉬다
스파르ql 끝점http://sparql.wikipathways.org/sparql
잡다한
면허증크리에이티브 커먼즈 0
데이터 릴리스
빈도수		월례의

WikiPathways는[1][2] 생물학적 경로에 전념하는 콘텐츠를 기여하고 유지하기 위한 커뮤니티 자원이다.등록된 WikiPathway 사용자는 누구나 기부를 할 수 있으며, 누구나 등록 사용자가 될 수 있다.[3]기고는 관리자 그룹에 의해 감시되지만, 동료 검토, 편집 큐레이션 및 유지보수의 대부분은 사용자 커뮤니티의 책임이다.WikiPathways는 사용자 정의 그래픽 경로 편집 도구(PathVisio[4])인 MediaWiki 소프트웨어와 주요 유전자, 단백질, 대사물 시스템을 포괄하는 통합 BridgeDb[5] 데이터베이스를 사용하여 구축되었다.

경로 내용

WikiPathways의 각 기사는 특정 경로에 전념하고 있다.분자경로는 대사, [6]신호, 규제 등 여러 종류가 포함되며, 지원되는[7] 종은 인간, 쥐, 제브라피쉬, 과일파리, C. 엘레건, 효모, 쌀, 아라비도시스 등이며,[8] 박테리아와 식물종도 포함된다.검색 기능을 사용하면 이름, 유전자와 단백질 또는 설명에 표시된 텍스트로 특정 경로를 찾을 수 있다.경로 모음은 종 이름과 온톨로지 기반 범주의 조합으로도 탐색할 수 있다.

경로 다이어그램 외에도 각 경로 페이지에는 설명, 서지학, 경로 버전 이력 및 구성 요소 유전자와 공공 자원과 연계된 단백질의 목록도 포함되어 있다.개별 경로 노드의 경우 사용자는 해당 노드로 다른 경로 목록에 액세스할 수 있다.경로 변경은 이전 수정사항을 표시하거나 특정 수정사항 간의 차이를 확인하여 모니터링할 수 있다.경로 기록을 사용하면 경로의 이전 개정으로 되돌릴 수도 있다.경로에는 3가지 주요 BioPortal 온톨로지(Pathway, Disease 및 Cell Type)의 온톨로지 용어가 태그될 수 있다.

WikiPathways의 경로 콘텐츠는 여러 데이터 및 이미지 형식으로 자유롭게 다운로드할 수 있다.WikiPathways는 완전히 개방된 액세스와 오픈 소스 입니다.모든 콘텐츠는 크리에이티브 커먼즈 0에서 이용할 수 있다.WikiPathways 및 PathVisio 편집기의 모든 소스 코드는 Apache License 버전 2.0에서 사용할 수 있다.

액세스 및 통합

WikiPathways는 다양한 기본 데이터 형식(예: GPML, BioPAX, Reactome,[9] KEGG, RDF[10]) 외에도 경로 컨텐츠와 통합하고 상호작용하는 다양한 방법을 지원한다.여기에는 지시된 링크아웃, 이미지 맵, RSS 피드 및 심층 웹 서비스가 포함된다.[11]이것은 COVID19 질병 지도와 같은 프로젝트에서 재사용을 가능하게 한다.[12]

위키 경로의 내용은 다양한 유전자, 단백질, 대사물 및 경로를 다루는 위키피디아 기사에 주석을 달고 교차 링크하는 데 사용된다.여기 몇 가지 예가 있다.

참고 항목

참조

이 편집에서 이 문서는 다음 의 내용을 사용한다."WikiPathWikiPathWays:정보"Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported License에 따라 재사용을 허용하는 방식으로 라이센스가 부여되지만, GFDL에는 해당되지 않는 모든 관련 조항이 따라야 한다.

  1. ^ Alexander R. Pico; Thomas Kelder; Martijn P van Iersel; Kristina Hanspers; Bruce R Conklin; Chris T. Evelo (22 July 2008). "WikiPathways: pathway editing for the people". PLOS Biology. 6 (7): e184. doi:10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184. ISSN 1544-9173. PMC 2475545. PMID 18651794. Wikidata Q21092742.
  2. ^ Martina Summer-Kutmon; Anders Riutta; Nuno Nunes; et al. (4 January 2016). "WikiPathways: capturing the full diversity of pathway knowledge". Nucleic Acids Research. 44 (D1): D488-94. doi:10.1093/NAR/GKV1024. ISSN 0305-1048. PMC 4702772. PMID 26481357. Wikidata Q24082733.
  3. ^ Marvin Martens; Ammar Ammar; Anders Riutta; et al. (8 January 2021). "WikiPathways: connecting communities". Nucleic Acids Research. 49 (D1): D613–D621. doi:10.1093/NAR/GKAA1024. ISSN 0305-1048. PMC 7779061. PMID 33211851. Wikidata Q102205677.
  4. ^ Martijn P van Iersel; Thomas Kelder; Alexander R. Pico; Kristina Hanspers; Susan Coort; Bruce R Conklin; Chris T. Evelo; Bruce R Conklin (2008). "Presenting and exploring biological pathways with PathVisio". BMC Bioinformatics. 9 (1): 399. doi:10.1186/1471-2105-9-399. ISSN 1471-2105. PMC 2569944. PMID 18817533. Wikidata Q21284199.
  5. ^ Martijn P van Iersel; Alexander R. Pico; Thomas Kelder; Jianjiong Gao; Isaac Ho; Kristina Hanspers; Bruce R Conklin; Chris T. Evelo (4 January 2010). "The BridgeDb framework: standardized access to gene, protein and metabolite identifier mapping services". BMC Bioinformatics. 11 (1): 5. doi:10.1186/1471-2105-11-5. ISSN 1471-2105. PMC 2824678. PMID 20047655. Wikidata Q28842753.
  6. ^ Slenter, Denise N.; Kutmon, Martina; Hanspers, Kristina; Riutta, Anders; Windsor, Jacob; Nunes, Nuno; Mélius, Jonathan; Cirillo, Elisa; Coort, Susan L.; Digles, Daniela; Ehrhart, Friederike; Giesbertz, Pieter; Kalafati, Marianthi; Martens, Marvin; Miller, Ryan; Nishida, Kozo; Rieswijk, Linda; Waagmeester, Andra; Eijssen, Lars M.T.; Evelo, Chris T.; Pico, Alexander R.; Willighagen, Egon L. (10 November 2017). "WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research". Nucleic Acids Research. 46 (D1): D661–D667. doi:10.1093/NAR/GKX1064. PMC 5753270. PMID 29136241.
  7. ^ "Browse pathways - WikiPathways".
  8. ^ Hanumappa, Mamatha; Preece, Justin; Elser, Justin; Nemeth, Denise; Bono, Gina; Wu, Kenny; Jaiswal, Pankaj (2013). "WikiPathways for plants: a community pathway curation portal and a case study in rice and arabidopsis seed development networks". Rice. 6 (1): 14. doi:10.1186/1939-8433-6-14. PMC 4883732. PMID 24280312.
  9. ^ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L.; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T. (20 May 2016). "Reactome from a WikiPathways Perspective". PLOS Computational Biology. 12 (5): e1004941. Bibcode:2016PLSCB..12E4941B. doi:10.1371/journal.pcbi.1004941. PMC 4874630. PMID 27203685.
  10. ^ Waagmeester, Andra; Kutmon, Martina; Riutta, Anders; Miller, Ryan; Willighagen, Egon L.; Evelo, Chris T.; Pico, Alexander R. (23 June 2016). "Using the Semantic Web for Rapid Integration of WikiPathways with Other Biological Online Data Resources". PLOS Computational Biology. 12 (6): e1004989. Bibcode:2016PLSCB..12E4989W. doi:10.1371/journal.pcbi.1004989. PMC 4918977. PMID 27336457.
  11. ^ Kelder, T.; Pico, A. R.; Hanspers, K.; Van Iersel, M. P.; Evelo, C.; Conklin, B. R.; Hide, W. (2009). Hide, Winston (ed.). "Mining Biological Pathways Using WikiPathways Web Services". PLOS ONE. 4 (7): e6447. Bibcode:2009PLoSO...4.6447K. doi:10.1371/journal.pone.0006447. PMC 2714472. PMID 19649250.
  12. ^ Ostaszewski, M.; et al. (1 October 2021). "COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms". Molecular Systems Biology. 17 (10): e10387. doi:10.15252/msb.202110387. PMC 8524328. PMID 34664389.

외부 링크