상대 접근 가능 표면적

단백질 잔류물의 상대적인 접근성 표면적 또는 상대적인 용매 접근성(RSA)은 잔류 용매 노출의 척도이다.다음 공식으로 계산할 수 있습니다.

$디스플레이 스타일RSA}}= 텍스트{ASA}}/{\text{MaxASA}}$ ^[1]

여기서 ASA는 용제 접근 가능 표면적이고 MaxASA는 ^[1]잔류물에 대한 가능한 최대 용제 접근 가능 표면적입니다.ASA와 MaxASA는 모두 ${\displaystyle {일반적}^{}}$으로$O2$로 측정됩니다(\ $displaystyle$\$mathrm \$$AA}$} {{$2$

잔류물 측쇄의 상대적인 용매 접근성만을 측정하기 위해서는 보통 Gly-X-Gly gly gupptide에서 얻은 MaxASA 값을 취한다. 여기서 X는 관심의 잔류물이다.여러 MaxASA 척도가 공개되었으며^[1][2][3] 일반적으로 사용됩니다(표 참조).

이 표에서 최근 발표된 MaxASA 값(Tien 등 2013년^[1])은 이전 값(Miller 등 1987년^[2] 또는 Rose 등 1985년^[3])보다 체계적으로 크다.이 불일치는 Gly-X-Gly 곱창이 평가되어 MaxASA가 계산되는 Conformation으로 거슬러 올라갈 수 있습니다.이전 연구에서는 $angles{\displaystyle }$ ${\displaystyle =}$ - ${\displaystyle {120}^{}}$ ${\$ \ $displaystyle \phi$= - 120 {\ \ phi = - $120^{\$ display$$}} 및 ${\displaystyle {140}^{}}$ $=$ 140 {\ \ $displaystyle \psi$=$140^{\ display$ $\}\}$^[2][3]의 백본 각도로 확장된 배열을 사용하였으나, Tien et al. 2013은^[1] 확장된 배열을 통해 최소 배열을 입증하였다.가장 큰 ASA 값은 알파 헬리크에서 일관되게 관찰되며, 골격 각도는 ${\displaystyle =}$ - ${\displaystyle {50}^{}}$µ {$style \phi$ = - $50^{\display}}$ 및$$ $\theta {\displaystyle }$ ${\displaystyle =}$ - ${\displaystyle {45}^{}}$µ {$displaystyle \psi$ =-$45^{\display$이며, 2013년 Tien 등은 이론 MaxASA 값을 사용할 것을 권고하였다(2번째 열).가능한 모든 컨피규레이션의 결합 및 관찰 가능한 ^[1]ASA에 대한 진정한 상한을 나타낼 수 있습니다.

ASA 및 RSA 값은 일반적으로 소프트웨어 DSSP ^[4]등의 단백질 구조에서 계산됩니다.그러나 기계 학습 방식을 ^[5]사용하여 시퀀스 데이터에서 RSA 값을 예측하려는 방대한 문헌도 있습니다.^[6]

예측 도구

RSA를 실험적으로 예측하는 것은 비용과 시간이 많이 드는 작업입니다.최근 수십 년 동안 RSA ^[7][8][9]예측을 위해 몇 가지 계산 방법이 도입되었습니다.

레퍼런스