세퍼롬

Sequerome
세퍼롬
SEQUEROME logo.jpg
개발자베넷 N.F. 가네산 N 조지타운 대학교
안정된 릴리스
NA
운영 체제Linux, Mac, MS-Windows
유형바이오 인포매틱스 - 시퀀스 프로파일링
라이선스프리웨어
웹 사이트www.sequerome.org

Sequerome은 BLAST 시퀀스 정렬 보고서 결과를 고급 시퀀스 조작을 수행하는 외부 조사 도구 및 서버와 통합하여 사용자가 이러한 분석 단계를 기록할 수 있도록 하는 웹 기반 시퀀스 프로파일링 도구입니다.Sequerome은 BLAST 쿼리의 프런트 엔드 역할을 하는 웹 기반 Java 툴로 단백질 및 핵산 분석을 위해 웹에서 분산된 리소스에 쉽게 액세스할 수 있습니다.

2005년에 시작된 이래, 이 도구는 Science에[1] 실렸으며 전 세계의 많은 생물 정보학 포털과 공식적으로 연결되어 있다.

묘사

Sequerome에는 다음과 같은 기능이 있습니다.BLAST에서 제공하는 시퀀스 얼라인먼트 보고서 프로파일링(결과 페이지를 서드파티 서비스 패널에 링크), 사용자가 이전 작업을 다시 수행할 수 있는 탭 브라우징, 서드파티 서비스 방문 시 맞춤 시퀀스 조작, 원박스 임의 형식 시퀀스 입력 및 seq 대체 옵션서드파티 사이트 방문, 입력 시퀀스 및 검색 캐시 스토리지, 여러 시퀀스를 동시에 입력 및 분석할 수 있는 3개의 창 브라우징 환경, 각 창의 결과를 위한 각 아이콘 위에 아카이브 옵션 등 다양한 입력 가능

소프트웨어 애플리케이션에 직접 액세스 할 수 있습니다.홈페이지에는 3개의 패널이 있습니다.[ Query ]페인, [Results]페인 및 [Search History]페인사용자는 이러한 창의 크기를 조정하여 이러한 창에서 병렬 작업을 수행할 수 있습니다.단일 브라우저에서 여러 시퀀스에 대해 병렬 BLAST 검색을 실행하여 BLAST 결과의 각 문서에 대한 제한 요약을 볼 수 있습니다.타밀의 연구원인 산지예프 다파는 세케롬을 비판했지만 질문에 더 이상의 자세한 내용은 밝히지 않았다.

[ Query ]페인

처음에 너무 많은 질문을 하지 않고 각 브라우저 세션을 시작할 수 있습니다.사용자는 [Query]페인에 시퀀스를 덤프하고 표준 파라미터로 시퀀스를 즉시 블래스트해야 합니다.경험이 풍부한 사용자는 고급 옵션에서 추가 특수 작업을 수행할 수 있습니다.일부 기능에는 BLAST에서 사용할 특정 데이터베이스 선택, 개별 컴퓨터에 저장된 FASTA 파일로 작업할 수 있는 업로드 기능, NCBI ID를 사용한 시퀀스 검색 및 사용자 정의 URL에 액세스하여 시퀀스를 드래그 N 드롭하는 기능이 있습니다.또는 사용자는 웹에서 사용할 수 있는 기존 도구를 사용하여 시퀀스 조작, 분석 및 정렬 등 다양한 작업을 수행할 수도 있습니다.One-box any-sequence는 모든 형식(FASTA, 공백/숫자 있음 또는 없음...)으로 입력을 받습니다.잘못된 선택(DNA/RNA/단백질)을 경고하는 경고도 존재합니다.예를 들어 '시퀀스 조작'에서 얻은 결과는 이전 검색의 이력을 보존하면서 추가 BLAST 분석을 수행하기 위해 추가로 수행될 수 있다.

[ Results 창

【PDBid】는 BLAST 보고서의 모든 레코드를 분석하여 최종 선택하기 위한 별도의 명령 버튼으로 제공됩니다.단백질 BLAST에 의한 결과의 경우, BLAST 기록 옆에 PDBids가 눈에 띄게 표시되므로 일치하는 분자의 구조를 직접 볼 수 있다(Cn3D, PyMol, Rasmol 등 이미 다운로드된 버전의 분자 구조 뷰어로).결과 창에 BLAST 보고서가 표시되면 사용자는 각 서버/사이트에 연결된 일련의 명령 버튼을 사용하여 직접 BLAST 적중 분석을 수행할 수 있습니다.ORF 예측, Protparam 등의 브라우저를 열지 않고도 서드파티 서버의 결과를 [Results]페인으로 직접 표시할 수 있습니다.

[ Search History ]페인

입력 시퀀스 데이터의 프로파일링의 주요 특징 중 하나는 오래된 입력을 저장, 검색 및 효과적으로 조합하여 재사용하는 것입니다.이러한 기능은 수행된 각 작업에 대해 검색 옵션이 있는 경우 더욱 향상될 수 있습니다.브라우저의 오른쪽 하단 패널은 이전에 입력한 모든 입력 시퀀스를 저장하면서 이 작업을 수행합니다.따라서 브라우저는 탭 브라우징을 수행할 수 있는 환경을 제공합니다.저장된 결과에 연결되는 각 아이콘에 대해 인쇄, 저장 및 메일 옵션을 포함하여 해당 아이콘을 보관할 수 있습니다.각 아이콘 위에 작은 색상의 그림으로 표시됩니다.

실행

Sequerome은 Java Servlet 및 Server Page 기술을 Java Database Connectivity(JDBC; Java 데이터베이스 연결)와 함께 사용하는 3계층 아키텍처를 가지고 있어 서버와 플랫폼에 의존하지 않습니다.Sequerome은 기본적으로 모든 Java 지원 그래픽 브라우저와 호환되지만 Internet Explorer를 사용하여 더 잘 액세스할 수 있으며 Java Virtual Machine(JVM) 및 Jakarta Tomcat 서버를 갖춘 대부분의 운영 체제에서 실행할 수 있습니다.최종 사용자는 단백질 데이터 뱅크(PyMOL, Cn3D, 라스몰, SwissPDB 등)에서 분자 구조를 표시하기 위한 플러그인을 다운로드해야 합니다.

추가 지시

"포스트 게놈" 시대는 단백질 구조, 유전자 주석, 배열 정렬 및 기타 일반적인 생물 정보학 태스크뿐만 아니라 많은 양의 일차 배열 정보를 컴파일, 구성 및 전달하는 다양한 웹 기반 도구와 소프트웨어를 만들어냈다.간단한 웹 검색으로 이러한 서비스 및 소프트웨어 도구가 원하는 수만큼 반환됩니다.

레퍼런스

  1. ^ "A Bigger Blast", NetWatch, Science VOL 309, 2005년 9월 23일, p-1971 doi:10.1126/science.309.5743.1971b, Seq and Find"

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