타임로직

TimeLogic
타임로직
유형사영회사
산업생물정보학 하드웨어 및 소프트웨어
설립됨1981
본부칼스배드, CA, 미국
서비스 영역
월드와이드
상품들DeCyper, Tera-BLAST, DeCyperSW, DeCyperHM, GeneDetective, PipeWorks
부모액티브 모티브, Inc.
웹사이트타임로직

타임로직은 액티브 모티브 주식회사의 생물정보학 부문이다.그 회사는 캘리포니아주 칼스바드에 본사를 두고 있다.타임로직은 고성능 생물정보학 및 생체투입 분야에서 생물학적 시퀀스 비교를 위한 FPGA 가속도구를 개발한다.

역사

타임로직은 1981년 제임스 W. (Jim) 린델리엔에 의해 설립되었으며, 최초의 상용 하드웨어 가속 도구인 생물정보학용 도구 중 하나를 개발했는데, 이는 스미스-워터맨 알고리즘의 FPGA 가속 버전이다.TimeLogic의 DeCyper 시스템은 FPGA(Field Programmable Gate Array) 기술을 사용하여 유비쿼터스 생물정보학 알고리즘인 VOLAST, Smith-Waterman, HMER의 신속한 구현을 제공하도록 확장되었다.

타임로직은 2003년 인비트로겐 공동 창업자인 조셉 페르난데스가 창업한 생명공학 시약 [1]회사 액티브 모티브에 인수됐다.

2008년 타임로직은 바이오매터스와 제휴하여 Geneious Pro와 DeCyper 시스템의 가속화된 알고리즘을 통합하였다.[2]

타임로직은 2011년 빌레펠트대 생명공학센터(CeBiTec)와 제휴를 맺고 가속 연산 툴을 공동 개발했다.[3]

선별된 과학적 공헌

가속화된 생물정보학 알고리즘은 높은 처리량의 유전체학에서 중요한 역할을 해왔으며, DeCyper 시스템은 아래 선택된 이정표를 포함하여 180개 이상의 동료 검토 과학 연구 논문에서 유전체 발견을 위한 활성화 기술로 널리 발표되었다.

1997년, 대장균 K12 게놈의 첫 번째 전체 염기서열 주석에서는 DeCyper Smith-Waterman을 사용하여 새로운 번역 염기서열의 기능을 결정하였다.[4]

2002년에는 완전하게 서열화된 최초의 작물인 쌀 게놈에 '인델에 의한 프레임 변형 보정'을 검출하고 지도하기 위해 DeCyper FrameSearch를 이용하여 주석을 달았다.[5][6]

2004년, 식물-기생성 네마토드의[7] 수평 유전자 전달 연구에 대한 높은 처리량 게놈 접근법이 Timelogic의 블라스트 알고리즘 구현인 DeCyper Tera-BLAST를 사용하여 수행되었다.

2007년에는 소서러 II 글로벌 오션 샘플링 원정대(GOS)에 의해 생성된 메타게노믹스 시퀀스의 HMM 프로파일링이 DeCyper를 이용하여 수행되었다.HMM은 1700개의 새로운 단백질 제품군을 발견하고 이전에 과학 문헌에서 ORFANs로 분류된 6000개의 시퀀스와 일치한다.[8]크레이그 벤터 박사는 타임로직의 전기에서 디사이퍼 시스템이 "과거에 달성했던 것보다 두 배 이상 더 많은 양을 수행했다"고 밝혔다.최종 연산에는 2주가 걸렸지만 표준 컴퓨터로는 1세기 이상 작동했을 것이라고 말했다.[9]

또한 2007년에는 콩 병원체 후사륨 처녀자리메의 물리적 지도가 DeCyfer GeneDetective로 식별된 외음 파편을 이용하여 개발되었다.[10]

2011년에는 "SNP 사이트의 염색체 위치를 정확하게 검출하기 위해"[11] DeCyper Tera-BLAST를 사용하여 소의 유전체 변화에 대한 글로벌 평가를 실시했다.

상품들

  • 디사이퍼 서버는 디사이퍼 유사성 검색 엔진 FPGA 기반 가속기를 탑재한 고성능 서버로, 타임로직의 가속 검색 알고리즘을 모두 실행할 수 있도록 즉석에서 재프로그래밍할 수 있다.
  • Tera-BLAST는 가속형 VOLAST 알고리즘 구현으로 Tera-BLASTN, Tera-BLASTP, Tera-BLASTX, Tera-TBLASTN, Tera-TBLASTX를 포함한다.Tera-BLAST에는 프로브 설계의 독점 알고리즘인 Tera-Probe도 포함되어 있다.
  • DeCyper Smith-Waterman은 가속화된 Smith-Waterman 알고리즘 구현으로, FrameSearch도 포함한다.
  • 디사이퍼HMM은 가속 HMER 알고리즘 구현으로, 프레임 내성 HMM 검색인 HFST도 포함한다.
  • 진디텍티브(GeneDetective)는 진핵 게놈에서 유전자, 인트론, 엑손, 스플라이스 부위의 발견을 위해 이완 비니의 진와이즈와[12] 유사한 가속화된 구현이다.
  • PipeWorks는 가속 생물정보학 파이프라인 설계를 위한 드래그 앤 드롭 그래픽 인터페이스다.

참고 항목

참조

  1. ^ GenomeWeb staff reporter (26 August 2003). "Reagent Firm Active Motif Acquires TimeLogic". GenomeWeb. Retrieved 20 September 2011.
  2. ^ "TimeLogic's latest FPGA technology to be coupled with Geneious Server". January 18, 2011. Retrieved 20 November 2011.
  3. ^ "Active Motif and the CeBiTec Form Partnership to Jointly Develop Computational Tools for TimeLogic Corporation's FPGA-Based Hardware Accelerated Bioinformatics Platform". November 14, 2011. Archived from the original on 14 February 2012. Retrieved 1 December 2011.
  4. ^ Blattner, F. R.; Plunkett g, G.; Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. (1997). "The Complete Genome Sequence of Escherichia coli K-12". Science. 277 (5331): 1453–1462. doi:10.1126/science.277.5331.1453. PMID 9278503.
  5. ^ Gillis, Justing (August 11, 2005). "Rice Genome Fully Mapped". washingtonpost.com.
  6. ^ Goff, S. A.; Ricke, D.; Lan, T. H.; Presting, G.; Wang, R.; Dunn, M.; Glazebrook, J.; Sessions, A.; Oeller, P.; Varma, H.; Hadley, D.; Hutchison, D.; Martin, C.; Katagiri, F.; Lange, B. M.; Moughamer, T.; Xia, Y.; Budworth, P.; Zhong, J.; Miguel, T.; Paszkowski, U.; Zhang, S.; Colbert, M.; Sun, W. L.; Chen, L.; Cooper, B.; Park, S.; Wood, T. C.; Mao, L.; Quail, P. (2002). "A Draft Sequence of the Rice Genome (Oryza sativa L. Ssp. Japonica)". Science. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci...296...92G. doi:10.1126/science.1068275. PMID 11935018. S2CID 2960202.
  7. ^ Scholl, E. H.; Thorne, J. L.; McCarter, J. P.; Bird, D. M. (2003). "Horizontally transferred genes in plant-parasitic nematodes: A high-throughput genomic approach". Genome Biology. 4 (6): R39. doi:10.1186/gb-2003-4-6-r39. PMC 193618. PMID 12801413.
  8. ^ Yooseph, S.; Sutton, G.; Rusch, D. B.; Halpern, A. L.; Williamson, S. J.; Remington, K.; Eisen, J. A.; Heidelberg, K. B.; Manning, G.; Li, W.; Jaroszewski, L.; Cieplak, P.; Miller, C. S.; Li, H.; Mashiyama, S. T.; Joachimiak, M. P.; Van Belle, C.; Chandonia, J. M.; Soergel, D. A.; Zhai, Y.; Natarajan, K.; Lee, S.; Raphael, B. J.; Bafna, V.; Friedman, R.; Brenner, S. E.; Godzik, A.; Eisenberg, D.; Dixon, J. E.; Taylor, S. S. (2007). "The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the Universe of Protein Families". PLOS Biology. 5 (3): e16. doi:10.1371/journal.pbio.0050016. PMC 1821046. PMID 17355171.
  9. ^ Venter, J. Craig (October 18, 2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. New York, New York: Viking Adult. ISBN 978-0-670-06358-1. OCLC 165048736.
  10. ^ Shultz, J. L.; Ali, S.; Ballard, L.; Lightfoot, D. A. (2007). "Development of a physical map of the soybean pathogen Fusarium virguliforme based on synteny with Fusarium graminearum genomic DNA". BMC Genomics. 8: 262. doi:10.1186/1471-2164-8-262. PMC 1978504. PMID 17683537.
  11. ^ Zhan, B.; Fadista, J.; Thomsen, B.; Hedegaard, J.; Panitz, F.; Bendixen, C. (2011). "Global assessment of genomic variation in cattle by genome resequencing and high-throughput genotyping". BMC Genomics. 12: 557. doi:10.1186/1471-2164-12-557. PMC 3248099. PMID 22082336.
  12. ^ Birney, E.; Clamp, M.; Durbin, R. (2004). "GeneWise and Genomewise". Genome Research. 14 (5): 988–995. doi:10.1101/gr.1865504. PMC 479130. PMID 15123596.